1636年，皇太極將國號改爲 “清”，同時也改元“崇德”。1644年李自成攻入北京，明朝覆滅。清軍一路屠殺，收買漢奸，逐步攻取全中國政權，最終建立統一中央王朝——清朝。清軍入關之初，爲了鞏固統治，從外貌上消除漢滿差異，防止激起漢人知識分子的華夷之辨，下令“剃髮易服”。但是剃服令卻激起了漢人民衆強烈的排斥反抗，清軍對漢人民衆進行了殘酷的屠殺，從北殺到南，製造彌天大罪，導致人口銳減，社會經濟文化倒退。清代廣泛實施文字獄，鉗制知識分子思想。
在穩固統治之後，清帝逐漸進行補救。先後追尊崇禎帝廟號，興建帝陵等。在官方史書中，亦悲憫崇禎帝“非亡國之君”。稱李自成“流寇"等。清軍入關之初的屠戮和文字獄客觀上是使得中國經濟文化倒退，社會進一步走向保守，封閉，中國近代積貧積弱由此出。
康熙時期，準噶爾部首領噶爾丹在俄國政府的慫恿支持下，於康熙二十七年(1688)進攻喀爾喀蒙古，並藉口追擊土謝圖汗部餘衆，進軍內蒙古烏朱穆沁。 康熙帝3次率軍親征漠北。二十九年七月，他親自進駐博洛河屯(今河北隆化)節制全軍。八月一日兩軍在烏蘭布通(今內蒙古克什克騰旗境內)交戰。噶爾丹僅率數千人逃回科布多。
三十四年五月，東犯克魯倫河(今蒙古國境內)以北巴顏烏蘭。三十五年五月，康熙帝命費揚古統帥清軍在昭莫多(今蒙古烏蘭巴托南之宗莫德)與噶爾丹主力軍隊激戰竟日，噶爾丹軍陣大亂，清軍追擊30餘里，殲敵數千。噶爾丹率殘部倉皇西逃。次年春，康熙帝親赴寧夏，進剿噶爾丹殘部。同年三月，噶爾丹暴病而亡。繼噶爾丹成爲準噶爾部首領的策忘阿拉布坦，於五十五年進犯西藏。次年十一月攻佔喇薩(今西藏拉薩)，造成西藏地方動亂。五十九年八月，清軍進入喇薩，控制西藏政局，準噶爾殘部逃回伊犁。
雍正時期，雍正五年(1727)噶爾丹策零繼策妄阿拉布坦爲準噶爾首領後，即遣使清廷要求派人入藏熬茶(向喇嘛寺廟發放佈施)，清政府未允其請，並令噶爾丹策零將發動叛亂的青海和碩特部貴族首領羅卜藏丹津送回。一年之後， 雍正帝決意出兵準部。八年，噶爾丹策零押送羅卜藏丹津的隊伍行至中途，探知清軍西進來討，便返回伊犁。九年六月噶爾丹策零大敗清軍。十年六月，噶爾丹策零進掠克魯倫地區，與清軍相遇，雙方在額爾德尼昭(光顯寺)激戰，準噶爾軍隊中伏被圍，僅噶爾丹策零等率殘部突圍。
乾隆時期，清政府爲了完成對西北邊疆地區的統一，曾兩次出兵準噶爾部、進軍伊犁。乾隆十年(1745)噶爾丹策零死。十七年達瓦齊在阿睦爾撒納支持下奪取了準噶爾部統治權，不久兩人又發生火併。十九年阿睦爾撒納投清。清政府決定進軍伊犁。二十年五月，達瓦齊退守格登山(今新疆昭蘇縣松柏邊卡)，遭清軍夜襲，達瓦齊越天山奔南疆，在烏什爲回部霍吉斯擒獲，押交清廷。八月，阿睦爾撒納發動叛亂。清政府於二十一年三月佔領伊犁，阿睦爾撒納逃入哈薩克阿克賚牧地。
不久他又向俄國求援。二十二年二月清軍再次進軍伊犁。七月，阿睦爾撒納兵敗逃入俄境，不久死於痘疫。清政府通過上述戰爭，打擊了準噶爾貴族上層的割據勢力，統一了西北邊疆，有力地抵制了俄國勢力的擴張。
清王朝從維護政權長治久安的利益出發，在康乾盛世時期，進行了一系列鞏固邊疆、抵抗外國侵略、維護祖國統一的政治軍事活動。如康熙年間，平息吳三桂“三蕃之亂”，維護了國家的統一;收復臺灣，並設立一府三縣，隸福建省。經過雅克薩反擊戰，阻止了沙俄侵略者對中國東北邊疆的蠶食。清俄雙方締結了《中俄尼布楚條約》，劃定中俄東段邊界。
清政府歷經康熙、雍正、乾隆三代，用了70餘年時間，征服了雄踞西北的準噶爾蒙古汗國，統一了天山南北，設立伊犁將軍嚴兵把守，粉碎了沙俄向中國西北邊疆擴張的陰謀。在西藏地區，清政府選派駐藏大臣，實行政教合一的統治體制，並且確立了達賴與班禪轉世的“金瓶掣籤”制度，使西藏直接爲中央政府所管轄。與此同時，清政府先後平定了上層貴族叛亂和受英國殖民主義者支持的廓爾喀(尼泊爾歷史上的統治王朝)入侵，鞏固了中國西南邊疆。
清王朝的漫長統治中，中國國內各民族基本已結成比較穩固的政治、經濟、文化聯繫。從近代鴉片戰爭以來，無論是帝國主義的武裝侵略還是陰謀顛覆，都沒能使中國重演歷史上的分裂局面。大清王朝的建立和發展，最終確定了中國現代統一多民族國家的基本格局。而極盛時的清朝版圖僅次於元朝，西抵蔥嶺和巴爾喀什湖北岸，西北包括唐努烏梁海地區，北至漠北和西伯利亞，東到太平洋(包括庫頁島)，南達南沙羣島。從17世紀後半葉(康熙朝)到18世紀末(乾隆朝)，是中國帝制及傳統社會的鼎盛時期。期間雖有戰爭，但工商業百年興旺，人口升至3億，竟佔到當時全世界人口的三分之一。
可不幸的是，清王朝接着逐漸走入腐敗沒落之途。由於保守思想的沉積，閉關鎖國和妄自尊大，當世界大變革風起雲涌的時候，當中國必須直面西方勢力的時候，卻只能糾纏於內部錯綜複雜的矛盾之中，導致了中國近代史上的落伍。雖然清王朝在最後階段，曾推行過一系列的“新政”，但爲時已晚。儘管如此，沒落的清王朝縱然一再被迫割地(總共割掉了150餘萬平方千米)，清帝退位時，仍給中國留下了1,140多萬平方千米的遼闊疆域。
