夷陵之戰後，劉備在白帝城把後主劉禪託付給諸葛亮。劉備死後，諸葛亮盡忠竭力輔佐後主劉禪，後主時期的政事，無論鉅細皆由諸葛亮專主。他治國時勵精圖治，任人唯賢，賞罰分明，注意發展蜀中經濟，並妥善解決民族矛盾，受到蜀中各族人民的擁戴。
諸葛亮自主治蜀時，蜀漢政權的政治結構，有三種勢力：益州土著、劉璋舊部、荊襄集團。當然，劉備諸葛亮帶來的荊襄集團是勝利者，是立國的根本。劉璋舊部對蜀漢政權也比較忠心，但這種忠心的基礎是“興復漢室”。麻煩的是益州土著，這一集團內部有忠於蜀漢政權的人，比如李恢、王平、楊洪等，也有相當一部分人心中不服蜀漢統治，如杜瓊、譙周等益州名士。如何凝聚這三股勢力，是蜀漢政權的根本大計。
看一看蜀漢政權官員結構。在權力中樞，先看尚書令，有劉巴、李嚴、陳震、蔣琬、費禕、董允、呂乂、陳祗、董厥和樊建等。除陳祗外，都是荊州人，沒有益州人。擴展到錄尚書事、平尚書事，可以再增加諸葛瞻和馬忠二人，當中僅馬忠是益州人。可以說，益州土著遠離蜀漢權力中樞。
但是，本地土豪力量強大，佔有田地人口，掌握經濟軍事力量，不可能徹底消滅。諸葛亮他們只能選擇性拉攏部分本地人來分化瓦解，比如秦宓、譙周等人，給予位高但無實際權力的官職。在地方級官吏中，如治中從事、別駕從事、議曹從事、督軍從事等，出於治事的需要，多用益州當地人。益州土著中對蜀漢政權不滿者大有人在，比如劉備方逝，後主幼弱，益州就曾爆發了一系列土著士人的反抗。再如後來鄧艾偷襲，本地世家拒絕抵抗。可以說，蜀漢政權沒有從根本上安撫住益州土著勢力。
出於政權穩定的需要，當內部的權力結構無法達到利益均衡的要求時，一般的做法是，內強管控，外樹強敵，這纔是凝聚人心、穩定政權的不二法門。諸葛亮高舉“北伐中原，興復漢室，還於舊都”這杆大旗，是爲了彈壓一切異言，把人們牢牢地捆綁在一起。
諸葛亮第一個動作，重新撿起聯吳抗曹國策。
諸葛亮以丞相開府治事後，辦的第一件大事，就是派鄧芝出使孫吳，勸說孫權與蜀漢和好。在劉備剛剛因伐吳失敗去世的背景下，諸葛亮此爲，需要大的膽略。和吳成功，安定了蜀漢東邊國境，其更積極的意義是，諸葛亮已經牢牢地控制了蜀漢的政治走向。
229年，孫權稱帝，諸葛亮力排衆議，派衛尉陳震出使吳國恭賀。“震到武昌，孫權與震升壇歃盟，交分天下”。諸葛亮放下意識形態的爭論，從現實出發，恭賀孫權稱帝，此舉在心理上消除了蜀吳成見，鞏固了兩國同盟。此後諸葛亮北伐，不僅無東顧之憂，反而能夠得到孫吳北進遙相呼應。
諸葛亮南征平叛，是其一生中最輝煌的成就。
南中是蜀漢的大後方。南中四郡，包括今四川西南部、雲南東部和貴州南部地區，居住着今稱苗、彝等少數民族，兩漢時稱西南夷。因秦漢以來大量移民，形成了漢人大姓豪族與當地民族之間的矛盾。由於地理位置較偏，天高皇帝遠，朝廷派去的官員不易實現有效的管理。民族首領、漢族大姓對苛捐雜稅心存怨恨，官員貪腐欺詐也極易引發民憤，各類矛盾交織，南中地區始終存在叛亂危機。
劉備去世後，越巂郡的高定元行爲開始放縱不羈，建寧郡的雍闓也飛揚跋扈，據《華陽國志南中志》記載，越嶲叟帥高定元殺郡將焦璜，舉郡稱王以叛。益州大姓雍闓亦殺太守正昂。朝廷又派張裔爲太守，結果被雍闓流放到東吳。最重要的事件是，223年，牂牁郡太守朱褒起兵造反，地方政府公然與朝廷對抗，加上地方大姓造反，真正威脅到了蜀漢後方的安危。
建興三年春，諸葛亮在隱忍、積蓄力量三年後，出兵平叛。史載，諸葛亮225年率軍南下前，參軍馬謖獻“心戰計”。大意是，南中地區地險位偏，教化難行，夷人屢破屢反，且蜀軍不可久師無功，只能打一場速決戰。相較之下，只能在軍事征服的同時，實現心理征服，恩威並濟，才能收到長治久安的效果。
南征時，諸葛亮利用夷人信鬼神的心理，採用藏甲、建塔、立碑、鑿龍脈等手段，進行一系列的心理恐嚇和攻擊。使夷人認爲，他們所對抗的是天神的代表，諸葛亮具有無邊的法力，從而在心理上產生動搖。接下來是恩威並重，寬嚴相濟，利用夷人愛誓盟、重詛盟的特點，七擒七縱孟獲，分化瓦解，爭取民心。
最後是採取以夷制夷的策略。
在服從蜀漢政權的前提下，讓夷人自己處理自己的事務。諸葛亮分南中四郡爲六郡，以當地人或將領統領。有人曾勸諫諸葛亮留兵鎮守，諸葛認爲，留人要留兵，留兵要消耗，且易產生摩擦，不易取得夷人信任，長久必成禍患。決定“不留兵，不運糧，綱紀粗定。”併爲夷人封官加爵，籠絡南人。如“亮收其後傑建寧爨習，朱提孟琰及獲爲官屬，習官至領軍，琰，輔漢將軍，獲，御史中丞。”封世代統治洱海地區的龍佑爲酋長，賜姓張。諸葛亮爲這些首領和豪強打上了蜀漢政權的烙印。
此外，諸葛亮還引入先進的生產技術，改變了當地刀耕火種的落後生產方法，吸引了許多原以狩獵爲生的少數民族“漸去山林，徒居平地，建城邑，務農桑”。走向定居的農業社會。使老百姓也從中受益良多。至今雲貴一帶還流傳着諸葛亮的一些神奇故事傳說。不到半年時間，諸葛亮成功地收復南中，使其成爲蜀漢北伐的大後方。此後，南中的強兵勁卒，金銀、丹漆、耕牛、戰馬等人員物資，源源不斷輸入蜀國，爲北伐提供了有力的支持。
經濟建設方面。建興二年春，開始實行“務農殖穀，閉關息民”。一是實行休養生息，夷陵之戰消耗甚大，諸葛亮提出“唯勸農業，無奪其時;唯薄賦斂，無盡民財。如此，富國安家，不亦宜乎?”提倡與民休息。安農措施主要有，安撫流亡，打擊豪強，閉關息民，養育民物等。二是休士屯田，增加糧食供應，改善軍民關係。如建興十年，“休士勸農於黃沙”，十二年“是以分兵屯田，爲久駐之基。”“耕者雜於渭濱居民之間，而百姓安堵，軍無私焉。”
此外，重視水利設施建設，據《水經注》記載，公元228年，諸葛亮北伐路上發現，都江堰水利設施是農業的根本，派兵1200人守護，而且簽署了維護都江堰的政令拓本，設置專職的官員進行日常性的管理維護，開闢了以後歷代設專職水利官員管理都江堰的先河。
諸葛亮還特別重視蜀錦和鹽鐵的生產。設錦官和建立錦官城以保護蜀錦生產，獎勵農桑，推行先進紡織技術，擴大蜀錦生產。諸葛亮曾說：“民貧國虛，決敵之資，惟仰錦耳”。蜀漢亡國之時，府庫中還存有錦、綺、綠、絹各二十萬匹，可見蜀錦的產量相當驚人的。
設置鹽府校尉和司金中郎將，專管鹽鐵生產。傳說諸葛亮親自指導鹽鐵生產。《博物志》載：“臨邛火井一所……諸葛丞相往視之，後火轉盛熱。以盆蓋井上，煮鹽得鹽。”《山川記異》載“諸葛鹽井有十四”。成都市郊漢墓出土的“鹽井”畫像磚重現當時景象：鹽井開挖在羣山之中，高架取滷，架上安置滑車和吊桶。架分兩層，兩層對立二人，以轆轤提取滷水。然後再將井內的鹽滷利用梘筒引流，經山溪流入鹽缸內，最後放入鹽鍋熬煮。此外，諸葛亮“好修官府、次舍、橋樑、道路”，使物資流通交易便利。
蜀漢政權成立之前，益州等地的社會風氣已經被劉璋父子搞壞，“德政不舉，威刑不肅”。諸葛亮強調峻刑重法，劉備在時，他與法正、伊籍、劉巴、李嚴共同編制“蜀科”。諸葛亮提出“威之以法，法行則知恩。限之以爵，爵加則知榮。恩榮並濟，上下有節，爲治之要。”力行法治，限制和打擊“專權自恣”的官僚及豪強。
在治軍方面，諸葛亮尤其重視律法。在諸葛亮軍事著作中，僅“軍令”、“兵要”和有關軍事教令就佔有較大篇章，且具體、嚴酷。如“聞雷鼓音，舉白幢絳旗，大小船進戰，不進者斬。”“凡戰臨陣，皆無喧譁，明聽鼓音，謹視幡麾，麾前則前，麾後則後，麾左則左，麾右則右，不聞令而擅前後左右者斬。”從而收到“戎陳整齊，賞罰肅而號令明”的效果。向來不以戰鬥聞名的蜀人，經過諸葛亮一番訓練，竟然成爲“節制之師”。
諸葛亮執法嚴峻，有時甚至加罪除之，如懲罰劉封、彭羕、廖立等。此外，史載諸葛亮“惜赦”。當時，爲政者定期或逢好日子發佈的減免罪刑或賦役的命令是常態，但諸葛亮爲從嚴執法，較少頒佈赦免政令。有人曾經責難諸葛亮，說他惜赦。諸葛亮回答到，劉景升父子年年都大赦人犯，但對治理國家又有什麼好處呢?400年後，唐太宗誇讚諸葛亮，“諸葛理政十年，不赦而蜀大化。”
北伐是諸葛亮執政後的重心。
從戰略層面講，蜀漢北伐，是爲了凝聚人心，穩固政權。從戰術的層面講，北伐的目的，法正在217年勸劉備取漢中時，就已經講明上中下三策。上可以傾覆寇敵;中可以蠶食雍涼，廣拓境土;下可以固守要害，爲持久之計。以北伐之名，時時出兵，襲擾魏境，觀釁伺隙，就是諸葛亮首要選項。
建興四年，魏文帝曹丕去世，曹睿初登帝位，忙於內務。孫權親自率兵攻江夏，諸葛瑾率兵攻襄陽。內外形勢有利，是蜀國北伐的良好時機。建興五年三月，諸葛亮上《出師表》，率軍出發，北駐漢中，開始北伐。
諸葛亮北伐率兵與魏戰爭共有5次。第一次，建興六年春，出祁山，先勝後敗。第二次，建興六年冬，出散關，圍陳倉，糧盡而還。第三次，建興七年，攻武都、陰平，大獲全勝。第四次，建興九年二月，復出祁山，糧盡退軍。第五次，建興十二年春，由斜谷出,據武功五丈原，與司馬懿對陣於渭南。相持百餘日，諸葛亮染病死於軍，時年54歲。離他27歲出山輔佐劉備，正好27年。出師未捷身先死，長使英雄淚滿襟。諸葛亮不折不扣地實踐了他“鞠躬盡瘁，死而後已”的諾言。
總的來說，諸葛亮北伐，消耗甚大，傷亡甚大，得地甚少，得不償失。陳壽論及諸葛亮北伐失敗，總結了五條原因。一是將略爲短，非其所長。二是攻戰對手，時值人傑。三是衆寡懸殊，蜀弱魏強。四是缺少輔佐，蜀無名將。五是天命有歸，不可以智力爭。如果再加上一條，就是人心向背。三國鼎立後，人心厭戰，曹魏休養生息政策很是得人心，而諸葛亮一再北伐，打消耗戰，民窮兵疲，不敗若何?
諸葛亮北伐沒能成功，除了蜀漢國小力弱，以一隅敵全國之外，他沒能協調好戰略戰術的關係，片面求穩，將己方置於不利位置，也是主要原因。北伐以漢中爲基地，北出秦川，隔着一道秦嶺。兵出渭水，奪關中居高臨下以窺中原，就是當年劉邦的出兵路線。諸葛亮在隆中對中也是這樣規劃的。在荊州已失的現實下，諸葛亮以穩爲主要考慮，繞道出隴右，奪取雍涼，蠶食魏境，結果形成蜀魏在邊界對峙打消耗戰的局面。蜀的國力遠不及魏，以小搏大，不出奇兵，哪有勝利的可能?歷次北伐，都是弱蜀攻堅，強魏守險，邊戰皆北，就是必然的結果。諸葛亮星落五丈原，留下千古遺恨。
諸葛亮忠實地履行着“博施於民而能濟衆”、“修己以安百姓”等儒家思想精髓。儘管他留下的著述，多以形而下的治事爲要，極少形而上的學理闡發。但他一生實踐，就是一個忠貞不二的儒者，儒家理想的踐行者，一代大儒。
建興十二年諸葛亮在奔波途中病逝於五丈原。諸葛亮的去世是蜀國的一大損失，就在人們預測沒有了他，蜀國會在“草包”劉禪的統治下分崩離析時卻驚奇地發現，之後的蜀國雖日漸勢微，但依舊存活了將近30年才被司馬一族所滅。蜀國爲何在諸葛亮死後還可以殘存近30年?
首先，沒有諸葛亮的蜀國依然到處都是諸葛亮的影子，蜀國的國家機器仍然能正常運轉。諸葛亮擔任蜀國宰相期間可謂是嘔心瀝血，對蜀國發展所做出的貢獻有口皆碑。他在位期間全心全力輔佐兩位皇帝，在蜀國經濟、農業等諸多方面的發展上都有很大功績，可以說諸葛宰相就是蜀國發展的總設計師!而蜀國這套政治、經濟、農業發展框架在諸葛亮死後也並沒有被破壞，再加上諸葛亮生前提拔、培養的一幫能臣干將盡心盡力繼承了諸葛亮的遺志，蜀國的發展並沒有因爲諸葛亮的死發生大的危機。
第二，諸葛亮死後蜀國的周邊政治形勢趨於穩定，這對蜀國的繼續存活非常有利。當時，蜀國最大的安全威脅魏國內外部也發生了重大變化。年僅35歲的曹叡突然病死了，曹叡生前就一直體弱多病，所以蜀國也因此獲得了一個比較好的發展機遇期。曹叡死後，僅僅八歲的曹芳繼位。沒有了強有力的皇帝統治，魏國內部馬上就變成了一盤散沙，四分五裂。再加上當時的魏國也面臨着來自北方鮮卑、匈奴和東北朝鮮半島外敵政權的威脅，曹魏第一選擇肯定是先解決遼東、朝鮮半島等地，所以當時根本無暇進攻蜀國，更別提去南征北戰，統一天下了!
第三，魏國也相當顧忌蜀吳聯盟。當年赤壁之戰，曹操就被劉孫聯軍痛擊，吃了一個大敗仗。慘痛的記憶總是刻骨銘心，再加上當時蜀國再度與吳國結盟，一時間使得蜀國有了底氣，挺直了腰板兒，一心一意搞內部建設。而諸葛亮死後，東吳國力也不容小覷，如若曹魏膽敢起兵進攻蜀國，勢必會在東南方向受到吳國的威脅，到時候腹背受敵自然勝算不大，所以以不變應萬變自然是魏國最好的對策!因此，蜀國雖然沒有了諸葛宰相，可卻獲得了一個可以安身立命的契機!
第四，蜀國的存在一定意義上有助於司馬懿家族的崛起。曹芳繼位之後，由於皇帝幼小，所以朝政一時間被司馬懿把控。一個臣子想要圖謀不軌總是需要一些“威脅”作爲藉口才能將大權握在手中!而蜀國的存在勢必是有利於司馬懿的，否則試想一下，一旦蜀國或者吳國被滅亡，司馬懿將沒有強有力的藉口將軍權獨攬，司馬懿這個外族人也很可能就被朝中其他有野心的競爭對手鏟除了!所以，即使蜀國在劉禪手中苟延殘喘是攻打的最佳時期，司馬懿也需要等到自己權利穩固之後再去將其消滅，納入到自己的版圖。
所以，諸葛亮死後蜀國能在草包劉阿斗的統治之下存活近三十年，並不是源於自己的實力有多強大，僅僅是因爲自己內部沒有因爲“定海神針”諸葛亮的去世發生大的動盪，在加上機緣巧合碰到了最大敵人魏國自己出現了一系列的問題，蜀漢根本不會有繼續存在的可能……
