駐防將軍、兵部尚書，這兩個職位的產生時間，各有不同。兵部尚書是在隋唐時期就已經產生職位。清朝建立後，沿襲了這一職位。而駐防將軍卻是清朝的特色。因爲它是清朝駐守在各地的八旗兵長官。從大範圍的看，這兩個職位都有承擔軍務的職權。
因爲兵部尚書管理的是全國的軍隊調動、糧草分配，以及軍隊中官員的任命。就等於說，地方軍隊的事務，基本都要交給中央朝廷處理。即便是總督、巡撫這樣的封疆大吏也不例外。
但是，駐防將軍確有一些例外。畢竟他們管理的是八旗兵。而八旗兵這支軍隊跟其他軍隊相比，有一個很大的不同。這是一支民兵結合的軍隊。士兵在平時可能就是一個農民，或者從事其他職業。他們只需要照常參加訓練。等到戰爭爆發的時候，再重新回到編制，參加戰鬥即可。
作爲這樣一支軍隊的指揮官，註定他們跟兵部之間，有非常特殊的關係。而且，如果是與總督駐守在同一領地內，駐防將軍的地位是高於總督的。
所以，要講清楚他們與兵部尚書之間的職權關係，就要先弄清楚駐防將軍自身的職權範圍。首先，就是軍務方面的職權。清朝的駐防將軍一般都是鎮守在各地的重要地區。各地根據自身情況不同，駐守的士兵數量不同。
而駐守在當地後，駐防將軍的日常任務，就是訓練軍隊，整修武備，保持戰鬥力。這是他們日常軍務中，很關鍵的一點。軍事是朝廷對駐防將軍最重要的要求。
八旗軍還有一個很重要的要求，就是監視綠營。他們是跟綠營駐紮在同一地方，但數量較少。雖然有較高的權限，但是軍隊的調動，還是歸兵部處理。除了駐紮在京城的禁軍可以有一些例外。全國各地的軍隊，如綠營的調動，都要歸兵部調動。
如果私自調動軍隊，要受到重罰，會被皇帝認爲是謀反的意思。所以，這是駐防將軍職權範圍之外的事情，不能干涉。當然，在官階上，駐防將軍跟兵部尚書是屬於同一等級，都是從一品官職，沒有明確的上下級關係。
不過，正如前面講到，駐防將軍負責的，不只是軍事，還有政務。尤其是盛京、吉林、黑龍江、伊犁、烏里雅蘇臺這五個地方。這裏沒有設立總督、巡撫，駐防將軍就是當地最高的行政長官。像盛京、吉林、黑龍江這三個地方，位於東三省，被視爲清朝的龍興之地，旗人衆多。清朝不放心外人，自然要讓駐防將軍負責管理。
這裏的一切政務，如錢糧、刑名、治安、風俗等事務，都要由駐防將軍負責。因爲朝廷對駐防將軍的要求是以軍事第一，所以這些只設立駐防將軍的地方，政務以及官吏作風都挺糟糕的。當然，這是後話。
也正是因爲駐防將軍有軍務以外的職權，所以，他們的這部分職權是不歸兵部尚書調動管轄的。而是歸其他部門，或者一些重要事情是由皇帝跟他們對接處理的。這個就是駐防將軍跟其他駐紮在各地的軍事長官相比，有自己特點的地方。
