萬曆十五年，爲了躲避羣臣的騷擾，萬曆帝宣佈實行“靜攝”，從此不上朝。許多人認爲萬曆長年“不朝”，是萬曆怠政的一個重要表現，也是國事艱難的原因。事實上，不上朝和不理政是完全不同的兩個概念，“萬曆三大徵”的勝利就是在不上朝的時期取得的。
《明史·神宗本紀》可以看到，關於萬曆十五年以後朝政的記載，與萬曆十五年以前的並沒有區別。賑濟荒災、整頓吏治、平定叛亂、治理河道、發展經濟、對外交往等工作，一個也沒有少，絲毫也看不出怠政的樣子，反而能看出隨着年齡的增長，萬曆的執政能力也在不斷增長，許多疑難雜症得到妥善處理，尤其是“萬曆三大徵”的勝利，尤其來之不易。
而關於所謂的怠政的表現也存在巨大的質疑。種種跡象表明，清人所編寫的《明史》問題很多。著名歷史學家孟森認爲，自古以來，朝代更替之際，後代在修前代歷史的時候，在涉及到新朝的地方，無一例外都要有所隱沒，但是大多數情況下涉及的年代不長，所有隱沒的地方，後人在讀史的過程中也能發現並瞭解，從來沒有像《明史》這樣，隱沒一代史的全部。
這些問題大多集中在萬曆以後，出現問題的原因來自兩個方面：一個是滿清的御用文人，一個是東林黨的殘餘勢力。
滿清出於維護統治的需要，爲消除人們對明朝的歸屬感，對明史進行了隱蔽的歪曲，有意放大污點，以偏蓋全，詆譭明朝皇帝的形象。另一方面，參與編寫《明史》的東林黨殘餘勢力，從自己黨派的立場出發，維護黨派的利益，將明末黨爭的實際情況進行歪曲，對涉及到人和事按照東林黨的是非對錯標準進行評判，有失公允。
“不朝”和“不見”的質疑
關於萬曆帝不上朝的說法，不少人提出質疑。在明代，上朝就像是召開全會，人多嘴雜，並不適合問政，上朝只能是給大家提供吵架的機會，對於政務的處理，沒有什麼益處，將其取締，對於遏制不正之風，倒是有一定的積極作用。皇帝處理政務的主要渠道，跟現今有相通之處，也是召開小範圍會議，召見相關人員或是通過公文(奏摺)等渠道。
從《明史·神宗本紀》可以看到，關於萬曆十五年以後朝政的記載，與萬曆十五年以前的並沒有區別。賑濟荒災、整頓吏治、平定叛亂、治理河道、發展經濟、對外交往等工作，一個也沒有少，絲毫也看不出怠政的樣子，反而能看出隨着年齡的增長，萬曆帝的執政能力也在不斷增長，許多疑難雜症得到妥善處理，尤其是“萬曆三大徵”的勝利.
明代完善的制度，爲萬曆帝實行“靜攝”提供了條件。朱元璋奪得天下以後，爲確保皇權不受威脅，子孫後代長治久安，在總結歷代政治得失和自身統治經驗的基礎上，設計了一整套制度法令，集中體現在《皇明祖訓》、《太祖寶訓》中。在祖訓中，朱元璋加以訓誡，事無鉅細，幾近絮叨，在制度法令、機構設置、皇帝的基本言行、百官的行爲規範、後宮的操守等方面，都作了十分具體而細緻的規定，建構了權力運作和制衡網絡。
應該說朱元璋在制度建設上達到了封建社會的最高水平，各項制度不僅全面，而且完善，大多數制度從維護皇權的角度看，極具合理性。以至於清朝照搬明朝的制度，而康乾更是對朱元璋發出了“治隆唐宋”的感慨。
萬曆帝的“靜攝”還是以道家理論爲指導思想的一種執政理念，其精髓就在於無爲而治，休養生息。明代道教盛行，朱元璋曾多次尋訪張三丰，朱棣更是爲之大興土木，修建武當山供奉真武大帝。來自湖北的嘉靖帝更是深受道家思想的影響，問政風格頗爲“老道”，一方面是深居簡出，多年不上朝;另一方面卻做了許多影響深遠的重大改革。萬曆不上朝，很可能就是受到他爺爺嘉靖帝的影響。
需要指出的是，道家的影響並非都是消極的，漢代初年以黃老思想爲指導，實行無爲而治，休養生息政策，這纔有了著名的“文景之治”。漢代的國力在此期間迅速增長，爲後來漢武帝北擊匈奴創造了條件。萬曆帝的“靜攝”，同樣有利於在“三大徵”之後休養生息，恢復國力。
以此作爲怠政的依據是不合理的。萬曆帝的“靜攝”不僅不是怠政，相反，它是一種十分高深的、太極拳似的執政手段。
而“不見”，也是如此，只能說見大臣的次數比較少，還並非是完全不見，即便到了晚年，有時也見大臣的。
“不批”的質疑
處理中央官員奏章
至於“不批”，則和事實相差就更遠，確實，萬曆帝並非批覆所有的上疏，而是有所選擇的。但籠統的說成不批則是不對的。尤其是在後期，凡是萬曆帝認爲比較重要的，他都會給予批覆，至於那些留中不發的上疏，有很多即使批覆了也不過是徒然引起不必要的爭吵漫罵，還是需要具體情況具體分析，不能一概而論。即便是認爲萬曆帝“以皇帝的身份向臣僚作長期的消極怠工”，“以頑強的意志和臣僚們作持久的對抗”的黃仁宇也承認萬曆大部分情況下僅僅是對那些遞補職位空缺，以及沽名買直，搬弄是非，動輒抗議漫罵的上疏不加批示，“除了不理上述性質的文件以外，他照常批閱其他奏疏。也就是說，他的消極怠工，放棄自己的職責，是有所選擇的”。
從明史和明神宗實錄的記載來看，即便到了萬曆四十年以後，在一些人心目中怠政的高峯時期，萬曆帝對於他自己認爲應該批覆的奏疏以及應該挽留的官員都是毫不含糊的加以批覆和挽留的，關於說萬曆帝不批的時候用了吏部尚書趙煥“拜疏自去”來做證明，可以從《明史·趙煥列傳》裏的一些內容看看當時情形。
“然是時朋黨已成，中朝議論角立。煥素有清望，驟起田間，於朝臣本無所左右，顧雅不善東林。諸攻東林者乘間入之。所舉措往往不協清議，先後爲御史李若星、給事中孫振基所劾。帝皆優詔慰留之。……”
“明年春，以年例出振基及御史王時熙、魏雲中於外。三人嘗力攻湯賓尹、熊廷弼者，又不移諮都察院，於是御史湯兆京守故事爭，且詆煥。煥屢疏訐辯，杜門不出，詔慰起之。” “兆京以爭不得，投劾徑歸。其同官李邦華、周起元、孫居相，及戶部郎中賀烺交章劾煥擅權，請還振基等於言路。帝爲奪諸臣俸，貶烺官以慰煥。煥請去益力。九月，遂叩首闕前，出城待命。帝猶遣諭留。”
上面的摘錄中，“帝皆優詔慰留之”，“詔慰起之”，“帝爲奪諸臣俸，貶烺官以慰煥”，“帝猶遣諭留”等記載隨處可見。
再比如萬曆帝臨死前一年對熊廷弼的竭力支持也能說明一些問題，《明史·熊廷弼傳》的記敘中，也可以看到凡是熊廷弼向萬曆帝的上疏都是“疏入，悉報允”，“疏入，帝從之。”[27] ，在樊樹志教授寫的《晚明史》中也有這樣的記述“在以後的幾個月中，神宗雖身患重病，但對熊廷弼仍分外關注，別的奏疏可以不看，惟獨熊廷弼的奏疏非看不可，而且無一不批答。隨上隨下”。這已經是萬曆帝病重到要臨死前的情形了，這些事實和把萬曆帝說成什麼都撒手不管的皇帝，只“將大臣奏章‘留中’不發，就是既不批示，也不發下”應該是直接矛盾的。
處理地方官員的奏章
在明代，知縣級別的地方官，是無須皇帝批示，就能夠決定的。關於萬曆怠政所謂“整個中央機構，幾乎停止運作”，這種說法是錯誤的，即便說萬曆帝放棄自己職責的黃仁宇也承認“皇帝的放棄職責並沒有使政府陷於癱瘓。文官集團有它多年來形成的自動控制程序。……北京的會試、殿試照舊舉行;地方官和京官按時的考覈也沒有廢止。派遣和升遷中下級文官，用抽籤的方法來決定。”
萬曆怠政的另一個理由是“不任免官員”，導致“官曹空虛”，造成政務荒廢。這個問題同樣也應該放到黨爭和無爲而治的大背景下去看待，這麼做有利有弊，不可一概而論。那些空缺的職務大都是言官(御史或是給事中)，並非幹實事的官員，在黨爭的背景下，言官是黨爭的先鋒和口水戰的主力，將其裁汰對於抑制黨爭和口水戰，十分有效。此外減少言官數量，對精簡機構，裁汰冗員，節約行政開支，提高行政效率，也是有積極意義的。
“不郊”和“不廟”的質疑
”不郊“和”不廟“的說法，其時並不屬實。《明史·神宗本紀》裏就能找到相關記載，比如萬曆十三年四月“戊午，步禱於南郊，面諭大學士等曰：‘天旱雖由朕不德，亦天下有司貪婪，剝害小民，以致上幹天和，今後宜慎選有司。’”;還有萬曆十四年“十一月癸卯，祀天於南郊”。
事實層面上的，就是萬曆帝“郊”，“廟”次數比較少，乃至後來完全請人代勞，以及不怎麼上朝，不怎麼接見大臣，確實有他身體上的客觀原因，這個是不應該否認也不必否認的。這個身體原因是萬曆的腿腳確實有毛病，甚至是殘疾。
在詳細記載新中國成立後發掘萬曆陵墓前後過程的《風雪定陵·第十四章·打開皇帝的棺槨》中說：
“萬曆一生多病，經常服藥一事，文獻都有記載。但隨着‘國本之爭’越演越烈，……臣僚們便把他的病源歸罪於酒色過度、……即使今天的明史研究者，尚有一些人與三百年前的臣僚持同一觀點。其實，面對定陵出土的實證，應該打破這種近似偏見的結論。因爲無論是棺內萬曆右腿蜷屈的痛苦形狀，還是屍骨復原後，右腿明顯地比左腿短的情形，都足以說明這位皇帝生前確實患有嚴重的足疾。有了這樣的實物作證，而再以陳腐的觀念，把萬曆的‘足心疼痛、步履艱難’，一味地歸結於貪戀酒色所致，這就難免有失歷史公允了。”
可能是因爲疾病導致萬曆帝兩隻腿不一樣長短，這樣的情況，有些禮儀無法親自參加，請人代勞，這從情理上說，是完全可以理解的。
