農民軍的失敗原因，一是與明軍相比，勢單力薄，劉六軍隊雖號稱數萬人，但多是無以爲生的貧苦農民，沒有作戰經驗，真正擁有戰鬥力的極少。二是農民軍長期流動作戰，雖具有機動靈活的特色，可以出其不意，並取得了一些勝利，但由於缺乏牢固的根據地和後方，士兵疲於奔走，兵員和軍需補給都有一定困難，影響了戰鬥力的發揮。三是兩支較大的起義軍獨立作戰，缺乏配合，更沒有和當時在四川的農民起義軍取得聯繫共同抗敵，致使明政府便於集中兵力，各個擊破。
劉六、劉七領導的這次起義，前後持續3年，轉戰河北、山東、河南、湖北、江蘇數省，沉重地打擊了統治階級。爲了鎮壓起義，明政府動用了大量財力，耗盡了府庫之銀。起義軍所到之處，地打擊了當地貪官污吏、地主豪紳。這次起義給明統治者一個沉重而深刻的教訓，使明朝統治者認識到僅憑高壓政策難以維持長久統治，必須要採取有力措施緩和社會矛盾。
起義失敗的第二年，明政府下令減免京畿、山東、河南等地稅糧，並宣佈“流民復業者，官給廩食、廬舍、牛種，復五年”。朝廷內部也加以整頓，進行了楊廷和領導的改革，罷免了部分宦官，裁撤冗官，清查皇莊、官莊，退還給農民一部分土地。明朝出現了嘉靖初年較爲清明的政治局面。
