成無己在《註解傷寒論》一書中，運用《內》、《難》之學的理論爲指導，來分析其病機、治則、方劑等，使《內經》、《難經》與《傷寒論》之間一脈相承，完全符合仲景著書的原意，成爲後世醫家研究《傷寒論》的主要注本之一。例如，對《傷寒論》“太陽病，發汗，遂漏不止，其人惡風，小便難，四肢微急，難以屈伸者，桂枝加附子湯主之”一條，成氏解釋說：“太陽病，因發汗，遂汗漏不止而惡風者，爲陽氣不足，因發汗，陽氣益虛，而皮膚不固也。
《內經》曰：膀胱者，州都之官，津液藏焉，氣化則能出矣。小便難者，汗出亡津液，陽氣虛弱，不能施化。四肢者，諸陽之本也。四肢微急，難以屈伸者，亡陽而津脫也。《針經》曰：液脫者，骨屬屈伸不利。與桂枝加附子湯，以溫經復陽。”這裏，成氏引證之兩段《內經》原文，第一段是指《素問·靈蘭祕典論》，第二段的《針經》即《靈樞》，又稱《九卷》，出自《靈樞·決氣篇》。
成無己解釋仲景之方，也以《內經》、《難經》的理論來說明。如其解釋桂枝湯時說“《內經》曰：辛甘發散爲陽，桂枝湯辛甘之劑也。”註解四逆湯時雲：“《內經》曰：寒淫於內，治以甘熱。又曰：寒淫所勝，平以辛熱，甘草姜附相合，爲甘辛大熱之劑，乃可發散陰陽之氣。”這裏，成氏以《素問》中的《生氣通天論》、《至真要大論》二篇關於四氣、五味、陰陽之理來解釋仲景組方之義，簡潔明瞭。尤其在解釋小青龍湯時，成氏說：“寒邪在表，非甘辛不能散之，麻黃、桂枝、甘草之辛甘，以發散表邪。水停心下而不行，則腎氣燥，《內經》曰：腎苦燥，急食辛以潤之。乾薑、細辛、半夏之辛，以行水氣而潤腎。
咳逆而喘，則肺氣逆，《內經》曰：肺欲收，急食酸以收之。芍藥、五味子之酸，以收逆氣而安肺。”這裏，成氏運用《素問·髒氣法時論》的經文，以說明小青龍湯散外寒化內飲的機理。
