迄今爲止，長崎蛋糕作爲與城市同名的特色點心，已經傳遍了日本和臺灣等地。儘管外表看上去非常普通，口味也是平淡無奇，但它卻是遠東歷史上最悠久的西點。
長崎蛋糕的發源地在16世紀的西班牙
長崎蛋糕最初源自文藝復興時代的宮廷茶點。大約在16世紀中期，熱那亞共和國的貴族帕拉維希尼一直久居西班牙。隨他一同客居伊比利亞的糕點師喬巴塔，在馬德里的宮廷裏研發了世界上首款海綿蛋糕。
顧名思義，海綿蛋糕就是看上去像一塊海綿那樣。在原材料上基本只需要麪粉、雞蛋、黃油和糖，再經過了發酵和烘焙的脫水處理，製成比較鬆軟的口感。
今天常見的蛋糕最初也是宮廷的貴族食品
當時的意大利人，在飲食方面已經走在了整個基督教歐洲世界的前列。以航海與銀行業爲主要收入來源的熱那亞共和國，又是不會缺錢的地方。當地的貴族便熱衷招募手藝高潮的糕點師，爲自己不斷雕琢口味更棒的食品。由於共和國的銀行家們的主要借貸對象是西班牙國王，所以就會有代表常駐馬德里，方便聯絡溝通。同時催促西班牙人將更多的美洲白銀運到熱那亞的金庫裏，保證鉅額資金流的正常運轉。
結果，明明是意大利人研發的新式蛋糕，開始以“卡斯蒂亞麪包”之名流傳開來。其中就包括了半島西部的葡萄牙王國。
文藝復興時代的熱那亞 就是西班牙帝國的央行
16世紀中期的葡萄牙，也是世上數一數二的海洋貿易大國。不少小貴族和城市資產階級的非長子，都會登上海船遠航。期望在巴西、非洲、印度或南洋之中的任何地方致富。新式的“卡斯蒂亞麪包”也被他們帶上了船。相比很多製作複雜而不易保存的貴族食品，海綿蛋糕因爲在製作時已經完成了脫水，所以能放置更長時間。對於食材貧乏的遠海旅行而言，已經是難能可貴的口感享受了。
長崎蛋糕的直系先祖 原版葡萄牙蛋糕
由於葡萄牙並沒有西班牙人手裏緊握的美洲鉅額銀礦儲量。僅僅靠從歐洲鄰居賺錢速度，遠遠不能滿足海運業及相關保障領域的花銷。好在他們發現了遠東的日本列島，以及堪稱世界上儲量最大的銀礦--石見山。
長崎與石見銀礦 撐起了近代早期的日本貿易
通過協商和交易，葡萄牙人在1571的獲得了長崎附近的一片漁村作爲留居地。到了1580年，葡萄牙人正式獲得了當地的管理權，成立了類似澳門的長崎自由市。大量的葡萄牙人便從馬六甲趕來，通過澳門抵達長崎，很多人索性在當地安家落戶。原本只是少量進入日本的“卡斯蒂亞麪包”就這樣開始在遠東的海邊就地製作。那些受僱於葡萄牙人的日本廚師，成爲了第一批製作長崎蛋糕的日本人。
然而，隨着日本內部政局的變化，長崎自由市在1587年便戛然而止。基本統一日本各地方勢力的豐臣秀吉，下達了抵制基督教的法令。受到如影隨形的耶穌會傳教士牽連，葡萄牙人在長崎的留居權也被取消。原本的常駐人口，就成爲了偶爾光臨的南蠻外番。他們僱傭過的日本廚師，開始進入本土市場謀生路。
葡萄牙人走後 長崎蛋糕進入了獨立發展階段
德川幕府建立後，長崎蛋糕開始發生變化。爲了適應本土人的口味，糕點師在製作過程中會加入不少糖分。由於糖在當時還不是廉價調味品，所以這種原本由海員傳來的大衆食品，又逐步朝着貴族食品的方向發展。諸如抹茶和紅糖這樣的本地化調味品，也逐步被加入了長崎蛋糕的配方。至此，長崎蛋糕在很大程度上已經脫離了原先的“卡斯蒂亞麪包”，成爲一種獨立的糕點。
有意思的是，在名爲“卡斯蒂亞麪包”的海綿蛋糕東傳時，首先落腳的不是日本。所以，一直到今天爲止，遠東地區還有一款日本長崎蛋糕的兄弟糕點。
在南洋地區，葡萄牙人的馬六甲基地是遠比長崎自由市要穩固的地盤。衆多來自歐洲和亞洲本地的商船，經常要在當地出沒。更多亞洲人口也逐步接觸了海綿蛋糕，也就掌握了製作手法。那早期下南洋的廣東移民，就是其中之一。
但在傳統中華美食中，並不存在烘焙手藝。因而，製作者經常以製作饅頭的方式進行蒸煮。儘管原料依然是源自歐洲的麪粉、雞蛋、黃油，但最後的成果卻更像是饅頭而非蛋糕。這種異常奇異的食品，在清末又被傳入了門戶開放後的廣東，獲得了“馬來糕”的稱呼。
最後，更加本土化的豬油或牛油取代了原版的黃油，成爲了廣東茶點中的經典--馬拉糕。
在歐洲本土，長崎蛋糕的遠親們，又經歷了各種升級與發展。其中最有名的莫過於英國人愛吃的馬德拉斯蛋糕。由於18世紀的英國人，經常用產自葡萄牙馬德拉羣島的酒來配盤子裏的蛋糕，因此有了這樣陰差陽錯的新名字。
繼續在遠東獨立發展的長崎蛋糕，則在日據時代又進入了臺灣。由於大受臺灣人的歡迎，長崎蛋糕再次進行了本土化變革，在製作時加入了大量的蜂蜜，以增加舔味口感。
