聖馬丁的父親曾任亞佩尤的副都督，本人是軍官，在西班牙參加過反對拿破崙佔領軍的戰爭，不但有豐富的軍事指揮經驗，而且有遠大的理想。
年青時的聖馬丁博覽羣書，盧梭的《社會契約論》、伏爾泰、孟德斯鳩、狄德羅、霍爾馬赫等啓蒙思想家的著作對他的影響很大。
後來，聖馬丁投身於推翻殖民統治的解放鬥爭，他用了兩年多的時間，苦心經營，訓練了一支主要由黑人和混血種人組成的安易斯山解放軍。1817年初，聖馬丁率領遠征軍5000人翻越1.2萬英尺的安吊斯山，出其不意地進攻智利的西班牙守軍，徹底擊潰了敵人。這次勝利在南美獨立運動中是有重要意義的，它使南美解放戰爭由戰略防禦轉入戰略進攻。次年2月，智利宣佈獨立。
不久，聖馬丁又組織力量，組建了一支規模不大的海軍，從海上向祕魯進軍，祕魯是西班牙在美洲最爲堅固的殖民地。1821年7月，聖馬丁率軍進攻利馬，一舉成功，利馬解放，祕魯也宣佈獨立。聖馬丁由於做出了巨大貢獻，被共和國推爲“護國公”。
由於聖馬丁在南美解放運動中樹立了不朽的功勳，他後來擔任了阿根廷北方軍總司令，還享有“南美洲的解放者”、祕魯、智利、阿根廷三個共和國的“祖國之父”和“自由的奠基人”、“南方的華盛頓”等各種稱號。可以說，沒有聖馬丁，就沒有南美的解放，就沒有南美各共和國的獨立和自由!但是，正當人們以無限欽佩的心情來慶祝聖馬丁的勝利時，聖馬丁卻主動的辭去了阿根廷北方軍總司令的職務，要求去一個偏僻的地方——古樂省當省長，在那裏，他組織與訓練新兵，進軍智利。智利解放後，新政府任命他爲最高行政長官，他又謝絕了，而他接受的，是當時最重的擔子——組織阿根廷、智利聯合部隊，以攻克殖民者的最後陣地——祕魯。最後，當他取得了赫赫戰功，阿根廷人民準備熱烈歡迎他時，他卻悄悄地躲開了。
關於他激流勇退的原因，有各種說法，但最直接的原因，是舉世聞名的“南北鉅子”瓜亞基爾會談。
1822年7月25日，聖馬丁來到瓜亞基爾，與南美洲北部的“解放者”、著名的委內瑞拉革命領袖、政治家、軍事家、思想家西蒙·玻利瓦爾會談、會談的第二天與第三天，是在絕密的情況下進行的，沒有任何第三者參與，只有這兩位享譽南美的“南北鉅子”。因此，會談內容也只有他們兩個知道。可是，會談結束後，玻利瓦爾未作任何透露，以後也未作任何回憶，而聖馬丁也同樣緘口不言，所以，這次祕密會談在歷史上留下了一個永遠解不開的謎。
但是，舉世關注的“南北鉅子”會談是不會就這樣無聲無息地過去的，人們對會談內容作了各種猜測。
從會談前的氣氛看，是和諧、愉快的。聖馬丁到達港口時，玻利瓦爾的兩位助手去迎接，玻利瓦爾在他要居住的賓館歡迎他。在人民的歡呼聲中，兩位巨人緊緊地擁抱到了一起。
但是，會談結束後，聖馬丁神情嚴肅，默默地走出了大廳。玻利瓦爾則帶着一種神祕的表情，當通宵舞會在極度歡樂中進行時，聖馬丁卻悄無聲息地與同行的一位將軍不辭而別，返回了祕魯。
返回祕魯不久，聖馬丁在“第一屆國會”上，鄭重而嚴肅地宣佈辭去國家首腦和軍隊統帥的職務，決定不再擁有任何權力。並取下了他身上象徵權力與最高榮譽的兩色綬帶，真誠地對議會成員們說：
而今桂冠佈滿了整個南美洲戰場，我的頭顱卻要躲避最後勝利的桂冠!我的心靈從來沒有被甜蜜的感情激動過，然而今天卻激動了我的心!對一個爲人民的自由、民主、幸福而戰的鬥士來說，勝利的喜悅只能使他更加誠心誠意地成爲使人民享有權利的工具……我異常高興地見到了國會的成立，在這屆國會上，我辭去我所擁有的一切最高權力!我今天講話的目的只有一個，那就是，請所有議員先生都不要投我繼續執政的選票!”
所有在場的人都非常吃驚，紛紛勸說聖馬丁收回辭呈。但聖馬丁意志堅決，從各個方面解釋了他辭職的原因。不過，人們隱約感到，最主要的原因仍然是瓜亞基爾會議，可是，關於這點，聖馬丁隻字未提。
夜幕籠罩了大地，一切是這樣的寂靜。也許，聖馬丁的心裏也知夜晚這樣寧靜、安祥?因爲他這個時候正騎在馬上，靜靜地注視着萬籟俱寂的夜色。
聖馬丁騎馬悄然無聲地離開了利馬市，又悄悄地坐船來到智利，隨後離開了曾爲之奮鬥不懈、並付出滿腔熱愛的祖國。遠赴歐洲，去迎接他窮困潦倒的晚年!
一個曾爲國人無限敬仰的領袖，何以會作出如此選擇呢?人們又把目光聚集到了瓜亞基爾會談上。
一種說法是：在與玻利瓦爾會談時，雙方在根本問題上產生了爭執，玻利瓦爾當時39歲，血氣方剛，可能對聖馬丁態度強硬，寸步不讓。而聖馬丁當年44歲，由於32年的戎馬生涯，身體嚴重受損，所以自動讓出統帥之位，讓玻利瓦爾獨自率軍掃清殖民殘餘勢力。
另一種說法更爲世人所公認：“當時聖馬丁與玻利瓦爾的部隊面臨與殖民軍的“過渡港之戰”的前夕，聖馬丁所率部隊有許多病員，又因其他原因，使阿根廷、智利政府不能全力支持他，而他迫切希望增援，所以，便在瓜亞基爾與玻利瓦爾會談，希望得到玻利瓦爾的幫助。如果玻利瓦爾在另一線牽制殖民軍，就有可能取得勝利，否則，聖馬丁以少攻多，勢必會出現敵我雙方的對峙，這樣的話，就會延緩拉美獨立的進程。結果，經過與玻利瓦爾密談，他明白了兩人之間的分歧，那就是：一山不容二虎。爲了南美的未來，爲了人民的利益，他痛苦地選擇了放棄權力的做法，而不是等待將來與玻利瓦爾兵戎相見。
或許，後世歷史學家看得更清，托馬斯·基朵在他所著的《聖馬丁與偉大的史詩》中寫道：“玻利瓦爾對聖馬丁在解放祕魯戰爭中所取得的勝利是不高興的。爲了爭奪最後勝利和南美洲的最高權力，玻利瓦爾就會以大膽的手段，帶領他的部隊與聖馬丁的軍隊爭鬥。兩支革命軍火併，聖馬丁認爲是‘留在世界上的一件十分丟臉的醜行惡名!’所以他作出了痛苦的抉擇!”
聖馬丁也曾說過：“我並不尋求榮譽”，“我的劍絕不爲爭權奪利而出鞘!”只要祕魯和整個拉丁美洲真正獨立，我“將遠遠地離開這裏”。
聖馬丁把自己畢生爲之奮鬥而取得的，也是南美洲最輝煌的勝利果實與最高權力、榮譽主動拱手讓與了他的革命夥伴同時又是對手的玻利瓦爾。所以他受到了全世界許許多多人的讚揚，稱他爲“一個在歷史上幾乎無雙的靈魂”!
