水稻的發源地是中國，這一論點從考古學上可以證明。目前中國發現有關新石器時代的稻作遺存，包括炭化的稻穀、稻米、紅燒上中保存的稻殼和稻草、陶片上的稻穀印痕，長江下游發現12處(如浙江餘姚河姆渡)，中游12處(如湖北京山屈家嶺等)，其他還有華南，西南等地區，共達30多處，時代從公元前4500年至1000年以前。一般認爲，日本的稻作農耕來自中國。
水稻傳入日本的路線有三條，即一是從華南、華中經海路直接傳入，二是經西南海路傳入，三是由陸路(河北、遼寧)或海路(山東)到朝鮮半島後，再從朝鮮半島南部傳入。其中從地理上看最妥當的是第三條即經由朝鮮半島的路線。因爲在北九州地方伴隨出出的大陸系統磨製石器(有柄石劍和石簇、柱狀片刃石斧)，除朝鮮半島外沒有發現過，府時從長崎縣山寺和原山遺址、廣島縣名越遺址中發現了印在陶器上的稻痕。又從福岡縣板付水田遺址中發現了印在“夜臼式土器”(繩紋末期的深鉢形陶器)上的稻痕和100多粒炭化米。奈良縣唐古遺址中也有炭化米發現。在繩紋晚期的遺址中還發現了打製和磨製的石刀，這種摘稻穗用的石刀在朝鮮和中國遼東半島和華北都有出土。這樣，我們可以推測，掌握水稻栽培的人帶了稻種和生產工具，從朝鮮半島南部越過對馬海峽，將水稻耕作技術傳到日本。不過最近一般傾向“華中說”，即長江下游經東海而傳人朝鮮和日本，時間大約是公元前10世紀前後，或許要更晚些。因而繩紋晚期稻作農耕的出現及彌生文化的進一步發展是由於海上交通而輸入的，除稻米之外，石制和木製農具的種類、使用方法，都可以從長江下游的遺物裏找到淵源。
關於水稻傳入時間，據日本人研究，其上限是在繩紋時代晚期後半部分，首先傳入北九州的北端，所以說北九州是日本水稻的誕生地。我們從戰後發現的板付、登呂兩大水田遺址來看，當時的水田很有規劃，有較完善的灌溉系統，具有現代水田的雛形了。
