對於江戶時代的日本來說，不時出現的西洋海上艦船是漫漫太平歲月中攪人清淨的幾聲蟲鳴，卻不知西方殖民者基本完成對南亞、東南亞的征服後，正以難以匹敵的堅船利炮積極向東亞滲透，最終將蟲鳴之音化爲雷鳴之聲。
建國後國力急劇膨脹的美國，需要爲橫渡太平洋前往中國的船隻獲取可靠的補給站，因此漸漸成爲最積極要求日本幕府打開國門的國家，並最終實現了這一目標。1837年，美國商船摩利遜號開入江戶灣要求通商，卻立即遭到炮擊，只得悻悻而回。幕府還聲明以後將照此辦法，來航洋船一概擊之。
日本江戶幕府時代的朱印船。
面對不斷加劇的沿海危機，江戶時代的蘭學家行動起來，渡邊華山和高野長英撰寫《慎機論》、《夢物語》等書，抨擊“擊攘政策”，主張與西方建立平等的外交關係。但幕府的反應卻是展開迫害運動，致使兩人先後自殺，以此爲代表的一場“蠻社之獄”，竟使得掌握西洋情報最多的蘭學家羣體凋零。
江戶時代後期著名蘭學家高野長英畫像。
1842年，英國對中國發動鴉片戰爭，打敗清軍後迫使清政府開放國門，簽訂不平等條約。消息傳到日本後，終於震動了老中水野忠邦爲首的幕府高層，連忙於1841年將佐賀藩內學習荷蘭軍事的高島秋帆及其門徒們請至關東，在武藏德丸原展示使用荷蘭造洋槍洋炮、按照荷蘭軍隊教程實施的作戰戰術。又於1843年撤銷《異國船隻驅逐令》。但因爲“天保改革”計劃引發反對聲浪，水野忠邦於1844年便下臺了，高島秋帆竟然也很快被逮捕入獄，門徒四散。自此以後，雖然不斷有消息傳來，英美俄等國將派遣艦隊前來迫使日本通商，但幕府完全成爲埋頭的鴕鳥，無所作爲直至美國佩裏艦隊到來。
身處內憂外患之中的幕府管理者——水野忠邦。
1848年，美國吞併加利福尼亞成爲新領土，並在當地發現金礦，引發“淘金熱”，無數美國移民涌向太平洋海岸。爲了太平洋上的貿易和捕鯨事業，迫使日本打開國門已刻不容緩。終於，1853年7月8日，馬休·佩裏准將率領“黑船”艦隊抵達浦賀港，堅決不肯退去。幕府於7月14日在久濱裏舉行儀式，接受美國總統國書。約定明年春季再來之後，佩裏終於離去。“黑船來航”事件將德川幕府整個體制矛盾暴露在了光天化日之下：
第一個矛盾，幕府的外交體制是“大君外交”，將軍作爲“大君”在處理對外事務時是日本最高元首的身份，但在日本國內，日本名義最高元首仍是天皇。現在作爲美國元首的總統遞交來國書，這燙手山芋是將軍自己處理了呢，還是扔給天皇(即請求天皇“赦許”)——那到底誰是日本元首?
第二個矛盾，毫無疑問美國人堅船利炮，一旦開戰，身爲島國的日本比泱泱大國的清王朝更難實施抵抗，更不用說只掌握六七萬直屬旗本、家人的幕府。但如果動員日本各地大名自行組織武力防禦，則又違反了“強本弱末”政策，會動搖幕藩體制根基。
第三個矛盾，如果幕府想要憑藉自身的力量抵抗外敵入侵，那麼武士軍隊就必須改製爲近代軍隊。西方近代國民軍隊從武器編制到建軍思想、徵兵體制、訓練方法，與武士軍隊的差距何止十萬八千里。如此徹底的改革形同將世代傳襲的武士軍隊滅亡，甚至將顛覆“士農工商”之封建社會基礎。如此釜底抽薪的改革搞還是不搞?
第四個矛盾，西方國家的目的在於通商，幕府也終於明白在此新時代中，與各國通商互換有無，才能培植產業、增進財富，鞏固幕府統治。與外國通商還需要日本撤銷藩國壁壘，即全國的政治、經濟要由現代統一政府來組織。那麼作爲德川幕府統治基礎的幕藩體制還能夠繼續存在嗎?
綜上所述，“黑船來航”事件將一大堆政治、外交、經濟、軍事、社會之矛盾，一股腦壓至德川幕府面前，而且這些矛盾都有此特點：無論幕府採取保守的或激進的對策，都會相應產生更多的矛盾，所以幕府眼前根本沒有好的選擇。後世的歷史學家無法指摘幕府面對危機時不夠努力，但努力的後果如何呢?
日本人筆下的馬休·佩裏。
針對第一個矛盾，幕府首席老中阿部正弘只得打破“大君外交”由將軍包辦外交決策之慣例，向朝廷彙報“黑船來航”事件，又向各國大名徵求意見，而對象不僅包括譜代大名，還包括從來無資格參與幕府決策的外樣大名。如此一來，看似一時之間責任被分攤了，但由此發端，天皇、公卿、外樣大名，直至各國中下層武士乃至平民，都參與到政治外交事務中來。
當佩裏依照約定率領規模更大的“黑船”艦隊於1854年2月再次來到日本，並以更加恫嚇性的姿態對待幕府之後，終於迫使幕府於神奈川簽訂《日美和親條約》，打開日本國門。西方各國隨後紛至沓來迫使幕府訂約。反幕府公卿、外樣大名的嘴皮子越發摩擦飛快，而中下層武士乃平民乾脆動刀動槍，開始搞“尊皇攘夷”，“天誅”親幕府人士。——將軍必須要面對不但在名義上，而且在事實上失去日本元首之權力的現實。
針對第二個矛盾，幕府只好承認“二百年昇平，武力衰微”的現實，採取了撤銷大船建造禁令、建造海岸防禦炮臺、興建鍊鐵反射爐和關口鑄炮廠、向荷蘭訂購蒸汽船、開設長崎海軍傳習所、錄用蘭學家創建藩書調所等等措施，1856年陸軍講武所亦宣告建立。林林總總的決策在短短兩三年內便陸續付諸實施，堪稱果斷又迅捷，可是當美國在1857年又向幕府施加外交壓力之時，幕府仍然沒有實力斷然拒絕，雖經艱苦談判，只得於1858年簽署《日美修好通商條約》，在關稅自主權、領事裁判權(事實上的治外法權)、單方面最惠國待遇等方面喪權辱國，並導致黃金外流、物價飛騰、破產失業者不計其數。如此一來，尊皇攘夷運動更加甚囂塵上，幕府大老井伊直弼雖發動“安政大獄”加以鎮壓，激進分子卻於1860年將井伊“天誅”砍殺於櫻田門外，史稱“櫻田門之變”。幕府越是搞改革，全社會就越是紛紛攘攘，而以西國大名爲首的諸侯也趁此混亂局勢，購買槍炮輪船、經營貿易、推行殖產興業、組建編制近代軍隊。支撐幕藩體制的“強本弱末”政策自行瓦解。
針對第三個矛盾，幕府必須以近代化的海軍、陸軍對應艱難時局，卻無法保證掌握近代軍事技術的家臣與陳舊古板的幕府保持一條心。1864年，勝海舟在神戶開設海軍操練所，幕府卻很快以加入其中的阪本龍馬等人思想激進爲由，於翌年將操練所關閉。1862年，面對陸軍講武所成果寥寥之狀況，幕府頒佈了《兵賦令》，但兵源和兵餉仍然來自於旗本領地之上貢，這支幕府“步兵隊”在1864年鎮壓天狗黨叛亂中的表現完全不能令人滿意。
1863年年初，天皇派遣公卿三條實美向將軍德川家茂傳達朝廷赦令，限期責令幕府攘夷，由此攘夷運動進入高潮。8月，因爲偶然斬殺英國人之“生麥事件”，薩摩藩被英國艦隊報復炮擊，史稱“薩英戰爭”。由於在6月朝廷規定攘夷期限到時，幕府毫無動作，最積極的長州藩遂自行在下關向外國船隻開炮。英、法、荷、美終於忍無可忍，於1864年9月糾集四國聯合艦隊炮擊下關，史稱“下關戰爭”。這場戰爭的後果是長州藩激進派在高杉晉作、桂小五郎等領導下，更加倚靠成員大多爲庶民身份的“奇兵隊”等武裝團體。這一類軍事團體是對“士農工商”之封建階級制度的顛覆，更是未來實行國民普遍徵兵制度所創制“皇軍”之鼻祖。普遍裝備洋槍洋炮的“奇兵諸隊”之戰鬥力還高於爲了軍餉打仗的幕府陸軍。
現位於橫濱市鶴見市生麥的砍殺事件紀念碑
針對第四個矛盾，幕府別無選擇，必須在軍事、政治、經濟各層面上將自身樹立爲具有全國性統治力的政府，而首要任務便是鎮壓騷動的西國強藩——但這項首要任務卻完全失敗。1864年7月京都發生的“池田屋事件”標誌着鬥爭進入白熱化，長州藩激進派很快組織隊伍上京攻打皇居，被負責防衛的會津、薩摩等藩軍聯手打敗，史稱“禁門事變”。一個多月之後，淪爲“朝敵”的長州藩又遭四國艦隊蹂躪，幕府於年末所發動的“第一次徵長戰役”之形勢似乎好得不能再好。然而此時歷史拐點出現了——數月前還與長州藩激戰於皇宮禁門的薩摩藩軍，以西鄉隆盛爲首的指揮層轉向了，連同公卿們一通忽悠，“第一次徵長戰役”竟不了了之。隨後經由阪本龍馬等牽線，薩、長兩藩祕密聯合，大量洋槍洋炮流入長州。如此形勢急劇逆轉，其實與幕後洋人的活動相關——1865年幕府與法國已經打得極爲火熱，以出賣日本多項主權利益(例如由法國公司壟斷生絲貿易)爲代價，換來法國提供經濟、軍事乃至政治改革指導等許多援助。而與法國競爭的英國則轉頭去扶持被自己教訓了一頓的薩摩藩，西鄉、大久保等有識之士通過“薩英戰爭”認識清楚日本與西方列強的差距，必須整個推翻封建體制，日本纔有出路，於是接受英國援助，轉入倒幕陣營。
西鄉隆盛。
其後的歷史進程可用“一瀉千里”來形容：1866年中，幕府終於醒悟過來，發動“第二次徵長戰役”，但此時積極予以配合的大名藩軍已少之又少，幕府軍由海、陸多條線路發起的進攻全部失敗，威信掃地。末代將軍德川慶喜急忙實施最後一輪改革：《兵賦令》取消，由旗本領地繳納金錢直接用來僱傭士兵、購買法國武器、由法國教官訓練，但還來不及獲得足夠成果，便被迫於1867年10月向朝廷“奉還大政”，此舉試圖以退爲進。然而倒幕陣營步步緊逼，1868年1月初“挾天子以令天下”，發佈《王政復古大號令》，隨後雙方軍隊在京都附近的鳥羽、伏見進行決戰，幕府軍大敗。倒幕諸藩聯軍搖身一變成爲持有天皇賜予“錦之御旗”的“官軍”，由西鄉隆盛擔任實際總指揮，一路勢如破竹進軍至江戶城下，德川慶喜自行宣佈退位，江戶“無血開城”。德川幕府就此覆滅。
