尚書檯(省)的組織由簡到繁﹐歷代均有變化。
秦漢
秦及漢初﹐尚書是少府的屬官﹐是在皇帝身邊任事的小臣﹐與尚冠﹑尚衣﹑尚食﹑尚浴﹑尚席合稱六尚﹐因其在殿中主管收發(或啓發)文書並保管圖籍﹐故稱尚書。
漢武帝劉徹時﹐進一步強化君權﹐政事不專任二府(丞相府﹑御史大夫府)﹐尚書因主管文書﹐省閱奏章﹐傳達皇帝的命令﹐地位逐漸重要。武帝遊宴後庭﹐爲便於出入宮禁﹐用宦者主管尚書事務﹐稱爲中尚書令﹐簡稱中書令﹐又兼謁者之職﹐因稱中書謁者令。但在宦官爲中書時﹐也有士人任尚書之職﹐如張安世曾於武帝時任尚書令﹐五鹿充宗於元帝時任尚書令。元帝時﹐宦官弘恭﹑石顯先後爲中書令﹐“權傾內外”。由宦官典尚書的制度﹐受到大臣激烈反對。到成帝建始四年(公元前29年)﹐終於專用士人。由於尚書在西漢已成爲政府機要部門﹐所以凡是掌握實權的大臣都領尚書事﹐如霍光以大將軍領尚書﹐王鳳以大司馬領尚書。
漢光武帝劉秀鑑於西漢晚期的權臣專政﹐有意削弱相權﹐太尉﹑司徒﹑司空居三公高位﹐名爲宰相﹐而實際權力則逐漸移於尚書。當時﹐尚書機構稱臺﹐有令﹑僕射各一人﹐尚書六人﹐分主六曹(或說爲五曹六尚書﹐其中三公曹置尚書二人)。令﹑僕射之下有左﹑右丞各一人﹐“掌錄文書”﹐並檢查各項事務是否按時完成。尚書之下有侍郎三十六人﹐分屬六曹﹐主起草文書﹔又有令史十八人(每曹三人)﹐主抄謄文書。此時尚書檯已成爲組織複雜的機構﹐成爲政府的中樞﹐號稱中臺。所以章帝時韋彪說:“天下樞要﹐在於尚書。”但是在東漢﹐尚書檯仍然算是少府的下屬機構。尚書令﹑僕射﹑尚書等官的祿秩都較低﹐令秩千石﹑僕射﹑尚書秩均六百石。
魏晉
三國時﹐尚書檯已正式脫離少府﹐成爲全國政務的總彙。令﹑僕射﹑尚書品秩已經很高﹐併爲第三品﹐與九卿同級。漢獻帝時﹐曹操執政﹐荀彧爲尚書令﹐曹操征伐在外﹐荀彧常居中持重﹐可見此官地位之重要。但正是因爲它威權的升高﹐引起最高統治者的疑忌﹐所以最高統治者又開始剝奪它的權力。
曹操爲魏王時﹐置祕書令﹐典尚書奏事。其子曹丕(魏文帝)代漢稱帝后﹐改祕書令爲中書令﹐又置中書監﹐並掌機密﹐下統中書郎若干人﹐組成中書省。魏明帝時﹐中書監﹑令號爲專任。於是在尚書檯之外復有中書省﹐而原來作爲皇帝侍從的侍中也逐漸成爲參預機密的要職﹐尚書檯不再有獨佔機樞的地位。雖然如此﹐由於全國政務首先集中到尚書檯﹐因此它作爲全國行政總彙機構的趨勢仍在繼續發展﹐執政重臣也要加上錄尚書事的頭銜﹐才能過問機密。
孫吳略仿曹魏﹐也是尚書﹑中書並置。蜀漢則沿襲東漢﹐尚書之權甚重。
西晉沿襲曹魏﹐以尚書檯總攬政務﹐而別置中書﹑門下二省以分其權。然尚書令﹑僕射仍是全國行政部門的首腦﹐稱爲端右﹑端副﹐地位在中書監﹑令和侍中之上﹐重臣當國仍必加錄尚書事。
東晉以後﹐錄尚書之權漸分﹐有時以三四人並錄尚書事。
十六國
西晉滅亡後，在北方建立的十六國，除前涼、西涼遙奉江南正朔，不立尚書外 ，其餘政權均有尚書令、僕射、尚書等官職。
南北朝
宋孝武帝孝建中﹐爲防大臣威權過盛﹐遂省去錄尚書之職﹐以後置廢不常。又自魏晉以後﹐士族崇尚清談﹐不屑過問瑣碎的日常事務。西晉王衍自尚書僕射遷尚書令﹐身居宰輔﹐不以經國爲念。樑朝謝 爲司徒﹑尚書令﹐憚煩﹐職事多不覽。又自東晉以後﹐高門子弟都以出身作尚書郎爲恥辱。高門既不屑就﹐就者也多不辦事。故自東晉以後﹐令﹑僕射及郎中多不奏事﹐當官成爲掛名﹐於是﹐尚書檯的日常事務多交給令史去處理。這樣﹐令史就漸攬事權﹐尚書省內部有權力下移的趨勢。由於令史實際作用的增大﹐梁武帝曾擬提高都令史人選﹐不用寒人而改用士族。但士族尚不樂爲臺郎﹐何況令史﹐所以此法不能推行。加之﹐南朝時中書舍人專任機密﹐尚書省的實際地位更爲下降。
北魏出自鮮卑族﹐本身有部落大人會議決事的制度﹐及魏道武帝拓跋珪破後燕﹐皇始元年(396)始仿魏晉立尚書檯﹐置三十六曹。但北魏前期的尚書檯是鮮卑舊制與中原制度的糅合﹐與江南制度迥然不同。北魏尚書制度的正式建立﹐實際在太和改制以後。太和十五年(491)魏孝文帝元宏改定官制﹐十七年﹐頒佈第一個職員令﹐太和二十三年又頒佈第二個職員令﹐尚書省及其它官職都依照魏晉制度﹐主要也是以尚書省總領庶政﹐而中書﹑門下二省分掌機權﹐門下之權尤重(見門下省)。
東魏﹑北齊承襲北魏﹐而尚書之權較重。這是因爲北齊文襄帝高澄﹑齊文宣帝高洋都曾在東魏朝擔任過尚書令。北齊除在首都鄴城置尚書省外﹐在晉陽也置尚書省﹐同樣具有中央行政機構職權﹐這是因爲晉陽是北齊下都﹐皇帝經常前往並在那裏發號施令。
西魏時﹐朝廷尚書省的組織情況不詳。宇文泰以大行臺執政。大行臺的組織略同於尚書省﹐有僕射﹑尚書﹑丞﹑郎等職。周惠達﹑蘇綽﹑盧辨都曾爲行臺尚書。到西魏末才實施摹仿《周官》的六官制﹐廢除了尚書省。北周承之。
隋唐
隋文帝楊堅代周稱帝﹐於開皇元年(581)恢復了尚書省﹐並使之成爲名副其實的全國最高行政機構。隋代不置錄尚書事﹐尚書令雖設而常缺﹐尚書左僕射便是首相﹐高熲任此職達十九年﹐綜理全國政務。他雖兼任納言(即侍中)﹐而權力主要來自左僕射之職。高熲之後﹐楊素亦爲此職。大業元年(605)﹐楊素升任尚書令。楊素死後﹐隋煬帝楊廣不補尚書令﹐大業三年後﹐左右僕射也不補任了。
唐沿隋制﹐也是三省(尚書﹑門下﹑中書)並置﹐而尚書省事無不總﹐是全國行政的總彙機構。尚書令仍是雖設而虛其位﹐僅李世民爲秦王時曾一度擔任。唐中葉後﹐唐德宗李適爲雍王時再兼此職。故唐以僕射爲省主﹐若置左﹑右僕射﹐便以左僕射爲省主。僕射之下設左右丞﹐協助僕射分理省內事務。尚書省設六部二十四司﹐部有尚書﹐侍郎爲之副﹔司有郎中﹐員外郎爲之副。吏部綜銓選之任﹐戶部(初名度支﹐隋代稱民部﹐唐代因避唐太宗李世民名諱﹐改爲戶部)負財政之責﹐禮部掌禮儀及貢舉﹐兵部主兵籍﹑器仗﹐刑部(初名都官)理刑獄辭訟﹐工部知工程建設。全國政務﹐各歸所司。九寺三監(見卿監﹐則成爲具體辦事的職能機構﹐貫徹尚書諸司所傳達之政令。地方州﹑縣亦稟承尚書符令施政﹐並定期向尚書諸司申報戶口﹑籍帳及政績。故尚書省仍是國家政事總樞紐﹐是最高行政機構。
唐初﹐左﹑右僕射及中書令﹑侍中併爲真宰相﹐左僕射居首﹐地位極爲尊崇。太宗貞觀年間﹐房玄齡爲左僕射近二十年﹐成爲唐朝著名宰相。但是就在唐朝前期﹐尚書省的地位已在下降。首先﹐是僕射相權的削弱和被剝奪。唐朝在門下省設政事堂﹐爲宰相議政之處。參加議政者原爲三省長官(即左右僕射﹑中書令﹑侍中)。但皇帝又以敕令指定其它官員參加議政﹐稱爲參加機務﹑參議朝政等。其官品位較低者則加以同中書門下三品或同中書門下平章事等頭銜﹐亦爲宰相。貞觀二十三年(649)﹐李績拜尚書左僕射﹐亦加同中書門下三品稱號﹐於是左僕射爲當然宰相的地位發生了動搖。其後﹐凡官僕射者必須加此稱號﹐才能參加議政﹐纔是真宰相。左右僕射逐漸被排除於宰相之外﹐到唐玄宗時就少有僕射參加議政的事例。
尚書省因其長官被排除於決策機關之外而成爲單純的執行機構了。其次是尚書省各部諸司的職權逐漸爲新發展起來的各種使職所奪。這種使職由皇帝以敕令任命﹐專管某一具體職事﹐屬於差遣性質。唐玄宗時是各種使職迅速發展的時期﹐如在財政制度方面就有勸農使﹑度支使﹑營田使等的設置。這些專一性的使職﹐直接稟承皇帝的敕令﹐指揮其下屬機構﹐很少通過尚書省。安史之亂以後﹐由於軍事上的急需﹐使職增設更多﹐權力更大﹔加以宦官專政﹐藩鎮跋扈﹐尚書省的職權更加削弱。於是尚書諸司成爲閒曹﹐“兵部無戎帳﹐戶部無版圖﹐虞﹑水不管山川﹐金﹑倉不司錢穀”﹐“官曹虛設﹐俸祿枉請”﹐“一飯而歸﹐竟日無事”。
宋、遼
北宋初，形式上還保留尚書省的組織系統，但權力既不歸屬，郎官又不治事，權藉此以寄祿秩，別無差遣，尚書省的制度名存實亡。
遼代尚書省與宋制略同。
金、元
金代尚書省置尚書令一員，正一品，左丞相、右丞相各一員，從一品，平章政事二員，從一品，爲宰相。左丞、右丞各一員，正二品。參知政事二員，從二品。爲執政官，爲宰相之貳，佐治省事。
左司，郎中一員，正五品。員外郎一員，正六品。掌本司奏事，總察吏、戶、禮三部受事付事，兼帶修起居注官，迴避其間記述之事。每月朔朝，則先集是月秩滿者爲簿，名曰闕本，及行止簿、貼黃簿、並官制同進呈，御覽畢則受而藏之。每有除拜，凡尚書省所不敢擬注者，則一闕具二三人以聽制授焉。都事二員，正七品。掌本司受事付事，檢勾稽失、省署文牘，兼知省內宿直，檢校架閣等事。右司所掌同。右司，郎中一員，正五品。員外郎一員，正六品。掌本司奏事，總察兵、刑、工三部受事付事，兼帶修注官，迴避其間記述之事。都事二員，正七品。
尚書省祗候郎君管勾官，從七品。掌祗候郎君，謹其出入及差遣之事。架閣庫，管勾一員，正八品。同管勾一員，從八品。總掌察左右司大程官追付文牘，並提控小都監給受紙筆，餘管勾同。提點歲賜所，左右司郎中，員外郎兼之，掌提點歲賜出入錢幣之事。堂食公使酒庫。使一員，從八品。掌受給歲賜錢，總領庫事。副一員，正九品。掌貳使事。直省局。局長，從八品。掌都堂之禮及官員參謝之儀。副局長，正九品，掌貳局長。管勾尚書省樂工，從九品。
元代尚書省時置時廢。設官略同金制。
明、清
明清六部均直接對君主負責，不設尚書省。
