文德天皇在位八年，猝然辭世，東宮也就是藤原良房的外孫惟仁親王繼位，是爲清和天皇。這位清和天皇被立爲東宮的時候才九個月大，登基時也年僅九歲，什麼都還不懂呢，朝政完全由外祖父良房說了算。天皇雖然還小，藤原良房已經在爲他物色妻妾了，人選當然都來自於藤原北家。首先，他把弟弟藤原良相之女多美子送入宮中，然後，又瞄上了長兄藤原長良的女兒高子。不過這位高子據說已經有了情人，堅持不肯進宮。高子的情人，乃是號稱當時第一風流美男子的在原業平。在原業平是平城天皇之孫，被賜“在原”氏而降爲臣格，他擅長做詩，格調高雅，廣受平安京內貴族女性的仰慕。據說在原業平曾經帶着高子私奔，可是沒能跑了，最終還是被堵截了回來。高子隨即被送入宮中，在原業平則被遠遠地流放到東國去。然而這未必是個哀傷而動人的愛情故事，因爲傳說在原業平一生中先後與三千三百三十三位女性締結情緣，徹頭徹尾是個花花公子。
拉回來再說清和天皇，他的年號是貞觀，和我國唐太宗的年號相同。貞觀八年(866年)閏三月十日夜間，太極殿前的應天門突然起火，連兩側的棲鳳樓和翔鸞樓也一併被火海吞沒。這或許只是一場天火，並沒有人爲因素存在，不過朝中各派卻藉着這個因頭開始互相攻訐，最終導致了一場大清洗。當時朝中重臣除藤原良房外，還有其弟右大臣藤原良相，除了藤原北家，還有世代?門伴氏、紀氏(823年以後，大伴氏避大伴皇子之諱而改稱伴氏)，以及從皇子降爲臣格的源氏兄弟。首先，大納言伴善男告發縱火犯乃是左大臣源信和中納言源融，並且與藤原良相商議，調左中將藤原基經前往逮捕源信。
藤原基經本是藤原長良之子，過繼給藤原良房做養子，他當然要把此事向良房彙報，聽取太政大臣兼老爹的指示。藤原良房偏袒源氏，上奏清和天皇，請他先派幹員前往責問源信，源信當然矢口否認，於是這件事就此擱置下來。然而事情並沒有就此結束，到了當年八月三日，備中權史生大宅鷹取突然向朝廷告發，說伴善男、伴中庸父子纔是真正的縱火犯。朝中因此攻訐又起，人人自危，清和天皇就於十九日正式任命藤原良房爲攝政，命其徹查此事。
藤原良房通過拷問伴善男的家臣生江恆山、伴清繩，而號稱掌握了確鑿的證據，開始藉此大肆排除異己。九月二十二日，判決大納言伴善男、右衛門佐伴中庸，以及伴善男的家臣紀豐城、伴清繩、伴秋實共五人爲縱火主犯，應處斬刑，減罪一等，沒收財產後流放到邊遠地區，另有十名從犯也陸續被處以流放之刑。
經此事件，累世名門的大伴氏和紀氏都被徹底從朝廷中驅逐出去了，而藤原良相、源氏兄弟的勢力也受到了重大打擊，藤原良房、基經父子的權勢更爲穩固。但更重要的是，前此攝政之位只授與皇后或東宮，從此落到了人臣手裏。攝政就是“總攝庶政”之意，此後藤原氏的家長在天皇幼年時出任攝政，天皇成年後稱爲關白(“諸事關白”之意)，逐漸成爲不成文的傳統。
藤原良房死於貞觀十四年(872年)九月，被諡爲“忠仁”，他的權力由其養子藤原基經繼承下來。藤原基經也不是一個善主，876年，清和天皇退位，傳位給年僅九歲的東宮貞明親王，是爲陽成天皇，陽成天皇乃是藤原高子所生，基經作爲天皇的舅舅，更加權傾朝野。元慶六年(882年)，陽成天皇十歲，舉行了元服禮(成人禮)，然而據說這個孩子很不成器，成天飛鷹走馬，耽於玩樂，甚至打開裝神器的箱子，抽出草薙劍來舞弄。藤原基經屢次勸說，這個外甥就是不肯稍微象點人樣，於是灰心喪氣後逼迫天皇寫下“朕近身發數病，動多疲頓，社稷事重，神器叵守，所願速遜此位”的話，於884年二月宣佈退位。
藤原基經的這種行爲，也頗類似於我國西漢的權臣霍光廢黜昌邑王劉賀，可見其權勢就算比不上霍光，也相距不遠了。而至於中國的昌邑王和日本的陽成天皇，所作所爲是否真如史料記載的那麼不堪，可就完全無從考證了。此後，藤原基經力排衆議，擁立“容止閒雅、謙恭和潤”同時也財政狀況拮据、到處舉債的時康親王繼位。時康親王是仁明天皇的兒子，史稱光孝天皇。光孝天皇在位僅四年就病死了，他沒立東宮，還把二十九名子女全部降格，下賜源氏，最終也是在藤原基經的策劃下，立其第七子源定省爲東宮，隨即將其扶上天皇寶座，是爲宇多天皇。
