捨棄了意大利之後的龐培，對馬賽和西班牙的支援也很消極，在希臘地盤上迎戰愷撒的準備工作卻毫不懈怠地不斷進行着。
首先，他從意大利帶走了5個軍團共3萬名重裝步兵。如果是愷撒，當兵團人數不足時，只要軍團建制還在，他就不會急於補充人員，也不會將兩個軍團合併爲一個。而龐培在這方面非常“務實”。他手下的一個軍團，必定要有6000名士兵的定額。
此外，他還集結了由羅馬市民兵組成的四個軍團，其中一個軍團是駐守奇裏乞亞的老兵，是由兩個殘缺不全的軍團合成的一個軍團。這個軍團龐培稱之爲“雙胞胎”軍團。另一個軍團是從羅馬行省克里特島和馬其頓兩個地方集結的士兵編成的。剩下的兩個軍團，是公元前49年的執政官雷託魯斯以現任執政官的身份在意大利編成的軍團。根據龐培的規則，他將以亞得里亞海上俘虜的愷撒方的9000名高盧兵爲基礎的非羅馬市民兵，以及東地中海全境範圍內招募的士兵，也都混編入羅馬市民兵當中，以湊滿軍團規定的編制。
這樣，一共就有了9個軍團54萬名士兵，還有龐培的岳父梅特魯斯·西庇阿率領的在敘利亞編成的2個軍團。如果加上這個的話，僅重裝步兵一項，龐培軍就達到了11個軍團66萬人。
軍團裏除了軍團兵之外，還有由於職能不同另行編制的輕裝步兵。龐培軍的輕裝步兵隊，克里特、斯巴達、本都，以及從敘利亞來的3000名弓箭兵和1200名投石兵，一起編進了部隊，共計4200人。
此外還有7000名騎兵。在東方，騎兵都是社會地位很高的人才能服的兵役。龐培手中的騎兵團，出現了從格拉提亞的領主到龐培在東方的 clientes家族總動員的盛況。領主們即使自己不參加，也會讓兒子們參戰。
從陸上的實力對比來看，愷撒這邊絕對處於不利地位。
首先，雖然率領了10個軍團參加此次的決戰，但是他從沒有在《內戰記》中寫出準確的數字。因此我們只有根據他記述的內容來推測了。不管怎樣算，他一個軍團的人數都沒有龐培方的6000人多，平均算起來，大概只有2500人。人員銳減至此的原因，愷撒也在書中記述了。
八年高盧戰役和馬賽、西班牙兩次戰役減員，以及在各大戰役的往返中途損耗，加上意大利南部布林迪西地區秋季的氣候反常，都是軍團兵大量減員的原因。但是減員的總數和戰死、病死的人數並不相符。因爲傷員和病人等已經不能繼續服役的人，愷撒已經命令他們或者返鄉，或者留在本國待命了。另外，從12月22日抵達布林迪西，到1月4日率軍出港，這期間愷撒爲了決戰而進行了士兵篩選。正如上文所說，他選拔出來的精兵強將，一個兵團平均只剩2500人了。
這些事情完成後，愷撒手下的重裝步兵有10個軍團共2.5萬人。輕裝步兵數量不明，應該也沒什麼了不起的兵力。此外，愷撒視若子犢的1300名騎兵，是從高盧和日耳曼出身的人當中選出來、由愷撒親自加以訓練的。軍團兵這邊，幾乎全部戰鬥力的二分之一，都是高盧戰役時開始就在愷撒指揮下戰鬥的老底子。
愷撒並不是在所有方面都認同“精銳論”。他維持手中的西地中海海域的各行省，至少需要10個軍團以上的兵力。因此，他主張“精銳論”，很大程度上是想確保軍糧供應，令自己不用爲此勞力費心。這是一個有利點。對要在龐培的地盤上進行這場希臘戰爭的愷撒來說，這個有利點是不容忽視、必須要考慮到的。接着，我們再來比較一下雙方的陸戰指揮班底。
龐培方的總司令當然是57歲的龐培自己。這個人的組織能力和戰略才能，到目前爲止都是被評爲第一名的。當然，他手下的副將是梅特魯斯·西庇阿，這個人既是龐培的岳父，也在公元前52年和女婿龐培一道出任過執政官，雖然是副將，但是從他受到的待遇來看，簡直就是和龐培並列的總司令。龐培是以這樣的禮數對待他的，他自己本人也是這樣行事的。
在這兩人之下的是亞弗拉尼烏斯和佩託雷烏斯，兩個從西班牙戰線打了敗仗回來的人。他們在被愷撒釋放後，跑到希臘和龐培會合了。另外，科菲尼昂戰役裏被愷撒打敗的阿赫諾巴爾布斯也是“戰敗被俘一釋放一會合”俱樂部裏的員。因爲在科菲尼昂戰役之後，他根據龐培的指示又出任了馬賽保衛戰的總指揮，但仍然在兩次海戰中再一次敗給愷撒的下屬將領德奇姆斯布魯圖。此後他對馬賽的命運不再抱幻想，返回希臘和龐培會合。
從根本上來看，在龐培派中事實上擔任副將的，是在八年高盧戰役期間擔任愷撒副將的拉比埃努斯。他熟知愷撒的戰略戰術，而且一直以來都戰鬥在指揮最前線。這兩點加深了龐培對他的依賴。
此外，公元前49年的執政官馬爾凱魯斯、雷託魯斯，以及小加圖等反愷撒派的元老院議員們也在將領的名單中。跟隨龐培捨棄意大利的元老院議員有200多人，都可以在希臘召開元老院大會了。但是，幾經猶豫之後又追隨龐培來到希臘的，包括西塞羅在內的這些人，在軍事上並不能得到龐培的重視，他們也自知沒有這方面的才能。但是作爲社會地位崇高的人士，他們也不願放棄作戰會議的出席權。這也就是一羣只會嘴上吵吵的人。
這些人當中，有一位自願奔赴前線參戰的36歲的馬庫斯·布魯圖顯得有些與衆不同。此人以後會相當有名。布魯圖8歲那年，父親就被龐培殺害了。父親之死使他恨龐培恨了很久。但是此時他決定來到希臘，是爲了反對愷撒打倒“元老院體制”。因爲他相信，元老院主導的寡頭政治，也就是現在的政體，是羅馬國家應當遵循的政體。這個布魯圖雖然在龐培的陣營裏待着，但是從不與龐培說話。龐培也對這個毫無軍事經驗、整日陰沉着臉的男子置若罔聞。
在愷撒從首都出發前，布魯圖的母親就拜託愷撒保護跟隨龐培走掉的兒子。布魯圖的母親是愷撒以前的情人，所以愷撒不會不理的。布魯圖的母親塞維利婭，是愷撒一生摯愛的女子。這個女子的委託，愷撒從內心絕不會辜負。可能布魯圖以爲跟着龐培走了，就能擺脫自己是愷撒情人兒子的不光彩命運。但是不管到哪裏，他都要回到原點面對這個現實。
終於可以看到和龐培決戰的愷撒方的指揮官的面孔了。除了總司令是愷撒外，和星光熠熠的龐培方比起來，這邊的陣容顯得非常寒酸。除了公元前53年的執政官多米提烏斯·卡爾維努斯一人和愷撒是同時代的將領外，其他的將領，從33歲的安東尼開始，大多都是些經驗不足的年輕將領，這就是現實。高盧戰役時期的軍團長庫拉斯因爲被選出擔任大法務官，和託雷波尼鳥斯一起留在男馬統治本土，德奇姆斯·布魯圖出任行省總督到法國南部赴任去了，不能一同詢往希臘。因爲庫里奧戰死北非，愷撒也不放心將一方軍隊只交給多拉貝拉一人。在這樣的狀況下，愷撒任命多米提烏斯爲第一副將，小安東尼爲第二副將。這兩人都是驍勇善戰之輩。當然，這個驍勇善戰，也是有忠實地執行愷撒思想戰略的成分在內的。世上的事經常有正和反兩面，相比于思考的“頭”和出主意的“口都很多的龐培方，愷撒這邊所有的思考和意見都集中在愷撒一人手中。
雖然可以成爲幕僚的人寥寥可數，但是愷撒任命以百人隊隊長爲代表的將領擔任中間指揮層，無論在數量還是質量上，都要壓倒龐培方。從很久以前開始，羅馬軍團的主力就是百人隊，將這個傳統活用到巔峯的正是愷撒。從名字來推測，這些人都是出生於平民的階層。愷撒相信他們的實力，給了他們莫大的自信。他們被升任爲原本僅由貴族和元老院階級出身才能擔當的軍團長和大隊長，也同時萌生了擔負起軍團支柱的自覺心和責任感。這就是人們所說的：“士爲知己者死。”百人隊隊長們對愷撒的忠誠之心，是連一絲烏雲也看不到的。和這些百人隊隊長同寢同食的普通土兵們，跟自己的隊長也是同心同德，同甘共苦。雖然有些迫不得已，但這正是愷撒採用精兵模式與龐培戰鬥的自信來源。話雖如此，戰爭並不是只是依靠意志和氣概的戰鬥。戰爭的決定要素中，首屈一指的，無論如何都是土兵的數量和素質。如果說數量的話，那麼龐培方肯定是具有壓倒性的優勢，但如果從質量上看，兩方的情況正好顛倒了。因此，兩個在數量和質量上各擅勝場的綜合體的戰鬥力比較，是沒辦法簡單給出答案的。愷撒這邊的10個軍團2.5萬名重裝步兵中，現役的老兵佔到了一半。第八、第九、第十、第十一、第十二這5個軍團，都是從高盧戰役第一年開始就追隨愷撒的。對愷撒而言，他是率領着嫡系部隊親臨決戰。
龐培方的老兵也不少。但問題是，老兵也有兩種：一種是自始至終都在戰場上的現役兵;另一種是年齡上雖然已是老兵，但是戰鬥經驗已經撂下了好多年的所謂老手。
龐培方的老兵，只有從意大利帶來的兩個軍團屬於前一種，這兩個軍團是以出兵敘利亞爲名，從愷撒手中收走的兩個軍團。從公元前53年到公元前50年的四年期間，這些老兵跟隨在愷撒身邊積累了許多戰鬥經驗。除這兩個軍團以外的龐培軍中的老兵們，都是些東地中海海域各行省的防衛兵。他們因爲龐培稱霸了東方後過上了和平的日子。簡言之，自從龐培稱霸東方以後，從公元前63年開始的15年間都沒有一個真正戰鬥過的老兵。越是新經過戰火洗禮的戰士，就越是強悍。龐培也知道這一點。在愷撒取得西地中海海域期間，龐培率領他的士兵們前往希臘中部的色薩利進行了軍事訓練。然而不管怎麼說，除了這兩個軍團以外，他的兵力也還都是從各地湊合而成的。沒有面面俱到的訓練，就無法形成真正的戰鬥力。
提到海上戰鬥力，我們會發現將雙方實力拿到一起對比是毫無意義的。龐培從東地中海全域蒐集了600艘船。和他相比，愷撒連保證運送25萬名步兵和1300名騎兵的船隻都沒有，他爲此不得不分兩批運送。這樣算來，他應該充其量只有100艘船。在無可奈何地目送龐培出港遠遁之後，愷撒在9個月前就下令建造船隊。但是受命造出來的船裏頭，有40艘已經在小安東尼和多拉貝拉奪取亞得里亞海制海權時損失掉了。不過，龐培軍隊也不會爲了阻止愷撒軍渡過亞得里亞海而動用全部的600艘船。另外，港口也僅能容下150艘船。
即使奪取地中海制海權猶如夢一般遙遠，愷撒除了考慮如何渡過亞得里亞海之外，也再沒有別的辦法了。而此時龐培則認爲，只需150艘船就足夠阻止愷撒渡海了。
戰爭因而轉移到了經濟問題上。在雙方戰爭費用的比較方面，龐培仍然佔了壓倒性的優勢
不能忘記的是，公元前49年這一年的兩位現任執政官正是龐培的人，而且他還擁有足夠召開元老院會議的元老院議員。但是，根據發佈“元老院最終勸告”的戒嚴命令，龐培還被賦予了以軍事力量全權收拾事情殘局的權力。這一年的正統政府，不是在意大利，而是在希臘。無論是向羅馬行省徵稅還是向同盟國提出兵力支援的要求，權力都掌握在龐培手上。龐培並不是單純地收拾殘局。他通過成功肅清海盜，使得地中海的全部海港城市都成爲了他的 clientes,此後又繼續稱霸了東方。那些成爲了羅馬行省的地方自不用說，還有一些承認羅馬霸權後的同盟國都與龐培建立起了 clientes的關係。而且這些東地中海行省的經力遠遠超過西地中海領域。如果從地域來說的話，它相當於高盧、小亞細亞、銀利亞三者相加之總和。從那些地方收取的行省稅，愷撒只有區區4000萬第納爾龐培則有2億。捨棄意大利之後的龐培，將東地中海全部的行省稅都握在了自己手中。因爲有正統政府之名，所以他這樣做在法律上是不存在問題的。龐培慌忙從首都逃遁時，也許在神殿內國庫的大部分都沒來得及帶出一也有可能一點都沒有拿走。但是由於政府的正統性以及龐培個人的權威，龐培方的戰爭經費仍然非常充裕。就連那個小氣的西塞羅，去投靠陣營時都帶去了100萬第納爾，可見光是各方捐獻數目就已經相當驚人了。
龐培用這筆錢在希臘買了大量的糧食儲藏起來。無論是購買兵器、添置裝備，還是支付軍餉，他都完全不覺得有負擔。從一開始，龐培和衆元老院議員的生活水準，就和在首都時不相上下。但有一點不同，那就是他將妻子和未滿服兵役年紀的兒子都放在了萊斯博斯島避難，因此處於分居兩地的境地。
另外，龐培方資金的充裕是與負責收稅的稅吏分不開的。在龐培和愷撒的鬥爭中，稅吏都站在龐培一邊，保證了資金的流入。稅吏和放貸者這類羅馬社會的金融人員，對愷撒在高盧和西班牙全境實行的稅制改革產生了危機感。稅制改革一旦實施，就不能隨意地進行操作了，他們的甜頭就會減少。此外，愷撒還規定了利息的上限。從金融方面來看，龐培所代表的體制是自由經濟派或者說是市場經濟派。愷撒將出任公元前48年執政官，他所代表的政府即將成爲正統政府。但是，這僅是得到了法律上的承認而已。如果他無法從事實上得到，那麼他還是得不到。另外，他手中的地域都是經濟欠發達的區域。雖然西地中海的意大利地區經濟力量較強，但如果對那裏的居民實行重稅的話，恐怕就連他們都有追隨龐培的危險。如果資金不足，又無法從敵人現居地區獲得軍糧補給的話，形勢就對愷撒越來越不利了。
