故事得從遠古時代講起。那時候，地球上出現了最早的生物，猿猴。隨着地理變遷，一部分猿猴留在了陸地，一部分猿猴住進了水裏。慢慢地住進水裏的猿猴雙腳蛻化變成了魚尾。人與魚類一直和平共處，直到六百年前。這一時期，人類文明得以快速發展，尤其是航海業逐漸興起。
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在遙遠的東方有一個文明古國，國家出現了一個人。生於1371年的三寶。1381年，三寶因爲戰爭被閹變成太監，被送至朱棣的燕王府。隨後，屢立戰功深受燕王賞識。1404年燕王登基，史稱明成祖。而三寶被賜名鄭和，受皇帝之命造船航海，下西洋以揚國威。1405年三寶率領兩萬餘名官兵出航，先後到達各國。在途徑印度洋西海岸古裏海域時，撞見了一名海盜頭領，陳祖義。
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是時只見陳祖義衆人正在瘋狂捕殺海中魚類，三寶見狀立即率領艦船靠前。等到靠近時才發現，海盜們捕殺的不是一般魚類，而是上身爲人下身爲魚的生物。三寶沒有想太多，立即向敵船開炮，雙方戰鬥數個時辰，終於擒獲陳祖義。隨後搜查盜賊船隻時，發現船艙全是半人半魚的生物，或死或傷。追問下才得知陳祖義名爲海盜，實爲追蹤捕殺海洋的美人魚，以提煉藥物延長壽命。三寶生性善良耿直，毅然放走了所有的人魚，人魚也央求三寶不要對外界透露他們的存在。
1407年三寶回國，陳祖義被皇帝下詔砍頭，不料臨刑前對皇帝說海上有魚，上身爲人，得之可長生不老，我願意前往替...話聲未完，三寶手起刀落，皇上，切勿聽信小人之言。皇帝一言未發，走了。十幾天後，三寶又一次受命二下西洋。臨行前，皇帝對三寶委婉表達了尋找人魚之事，三寶愁雲滿面的點了頭。1409年，在外佯裝圍捕人魚兩年後，三寶回國，稱未找到人魚。同年十月，三寶第三次受命下西洋，隨行的還有皇帝主要謀士姚廣孝。
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皇帝之意三寶心知肚明。船隊出發，行至印度海域時，姚廣孝終於發現人魚蹤跡。面對堅船利炮，縱使人魚本領通天，終究輸給了冷兵器。人魚悉數落入姚廣孝之手，就在啓程回國之時，三寶偷偷告訴姚廣孝，人魚知道佛牙的下落。佛牙指的就是釋迦牟尼佛未燒盡的遺骨殘片的牙齒，也就是舍利。對一個僧人來說，世間恐怕難有比這更爲貴重的東西了。爲得佛牙，姚廣孝決定依靠人魚之力。人魚一族遂聽從三寶的建議，帶領船隊到達印度洋海域的獅子國(今天的斯里蘭卡)，在那裏取得佛牙。姚廣孝想捉拿人魚回國交差，卻被三寶及時勸阻。
在之後的幾次下海之後，皇帝並無所獲，便下令停止出海的計劃。三寶最後一次出海前說如果自己以身殉國，還望善待其家人，不料真的再也沒回來。消息傳回國後，皇帝厚待其家人。並下令翻閱查看七下西洋的航海記錄，以期找到人魚線索。不料三寶航海資料憑空消失，加之朝中再無卓越航海家，皇帝遂作罷。而在遙遠的印度洋某個角落，三寶繼續將畢生所知教給人魚一族，以保族類平安。
