關於皇太極的死因，學術界觀點不一，但根據原始史料的記載，目前有兩種說法：
1、無疾而終說
清朝官方文獻記載，皇太極是在晚間無疾而終。順治年間編纂的《太宗實錄》記載，皇太極去世當天如往常一樣，白天忙於處理政務，休息之前還在崇政殿召見了科爾沁蒙古王妃與固倫公主，賜予了她們從明朝掠奪來的緞匹財物。最後，皇太極回到清寧宮就寢。在這期間，他並未有過異常表現。但他的生命卻在這個夜晚走到了盡頭。“是夜亥刻，上無疾，端坐而崩，上在位十有七年，壽五十有二。”後來的《清史稿》也沿用了這一說法，可以說這是清廷的官方說法。
2、因“痰疾”而終
關於清太宗的死因，當時還有一種不同的說法存在。我們可以在明朝遺民管葛山人(據傳爲彭孫貽)的《山中聞見錄》中可以看到。在其前六卷“女直”中，有這樣一段記載：“八年辛未初十，清太宗以痰疾殂於瀋陽。”相比清廷史官，作爲明朝遺民的彭孫貽不會忌諱什麼，因此他的記載有可能更加客觀。
皇太極的“既往病史”
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鼻衄宿疾
想探究清皇太極的死因，我們不能單從記載他死亡的史料入手，而應該向前推進，檢查檢查這位皇帝有沒有什麼“既往病史”。
通過檢索關於皇太極的史料，我們可以發現，這位自幼跟隨父親努爾哈赤東征西伐，戎馬一生的滿族皇帝，身體狀況卻是不怎麼理想。
《太宗實錄》記載，崇德五年，清軍準備大舉入侵中原，皇太極派遣大軍圍困錦州城。崇德六年八月，明朝以防派遣大將洪承疇解錦州之圍，洪承疇攜13萬大軍，出關力挫清軍。清軍前線告急，皇太極聞訊立刻調集其他八旗精銳，定於八月十一出京親征。但“因鼻衄，故緩三日，鼻衄尚未止。”四天後，鼻衄狀況仍未好轉，但因前線吃緊，皇太極不得不堅持出征。“上行急，鼻衄不止，承以碗，行三日，衄方止。”最終，皇太極晝夜兼行500餘里，支援松山清軍，並最終擊敗明軍，明軍經此一役損失五萬餘人，自此“關寧錦防線”告破，清軍取得了入關前至關重要一役的勝利。
松山之戰，清軍依靠皇太極的及時救援取得了翻盤，但從史料中我們也可以得知，皇太極鼻衄病症十分嚴重。什麼是“鼻衄”呢?其實就是流鼻血。不過皇太極的流鼻血並非偶發，而是一種宿疾，已經嚴重到影響他出行的地步。最終，皇太極也沒有治癒這種疾病，而是忍痛出擊。爲了不影響一國之主，一軍之帥的形象，他用碗盛着鼻血，竟然就這麼騎馬走了三天，趕到了戰場。
而“鼻衄”這種病症，皇太極在戰後仍未能根治。雖然清廷官方史書上沒有了後話。但當時作爲清朝附屬的朝鮮卻留下了相關的記載。朝鮮的許多高官，包括兩位皇子，在皇太極攻伐朝鮮後，都被擄走並扣押在盛京，他們經常記錄清朝發生之事，並將記錄遞送回國。當時朝鮮人記載的《瀋陽狀啓》與《瀋陽日記》就記錄了許多關於皇太極疾病的史料。
皇太極出現“鼻衄”現象應該早於崇德四年，據朝鮮官員記載，崇德四年十二月十二日，“清主求生薑，以一升應求。十八日，本國所送青大竹三馱輸納衙門。二十日，本國所送青大竹五馱入來，直納衙門。”史料中提到的青竹、生薑都可以製成擁有清熱散毒、生津止血等功效的中藥，正是主治“鼻衄”的藥物。而由於東北地區不產這些植物，因此只得向朝鮮索取。而當時朝鮮與清朝矛盾仍很尖銳，清廷不得不向朝鮮索取藥材，也可想而知，這必然是爲皇太極索取的。
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清廷後來長期向朝鮮索取青竹、生薑，直到清太宗去世後才結束。而在崇德六年九月二十三日，清太宗因心愛的宸妃去世而悲痛萬分，出現“聖躬違和”。(即身體不舒服)，清朝官員緊急召見朝鮮譯官申繼黯，徐尚賢，要求他們緊急調取輸送“帝藥所用新青有生色大竹一馱，及中生竹如槍桿大許者一馱乙。”入京。前文推測這兩種藥材是爲清太宗所用，通過這裏的史料我們就可以確認這點了。由此可知，皇太極的鼻衄宿疾自崇德四年開始出現，到他去世的崇德八年都沒有被根治，一直摧殘着他的身體。
風眩等症
在鬆錦之戰即將結束時，皇太極的愛妃宸妃因病去世。這次事件對皇太極的身心健康造成了很大的衝擊。皇太極還朝後，經常爲宸妃之死痛苦哀嚎，甚至還因過度悲痛而昏厥過去。爲了紀念宸妃，皇太極採用最高的喪斂禮儀爲她下葬，並舉辦了大量的祭奠儀式。而這次精神上的衝擊也導致了皇太極的身體狀況每況愈下，多次出現“聖躬違和”現象。
宸妃死於崇德六年，而皇太極在崇德七年身體狀態跌落到谷底。除往年的青大竹、生薑外，清廷向朝鮮額外索取“桂皮、木瓜、生地黃”等藥材，並明確說明此爲“皇帝藥用”。而這些藥材對呼吸道疾病有緩解作用，由此可見彭孫貽的“痰疾”一說也並非空穴來風，皇太極很有可能在這一時期新患上了“痰疾”。
但由於朝鮮地區也不生產這些植物，最終這些藥品未能送進盛京，想必皇太極的病症也因此未能得到緩解。
崇德八年，皇太極病情愈發嚴重，由於清朝剛剛完成封建化，許多技術水平較差，而且身在關外。爲了治療皇太極的疾病，清廷不得不求助於漢人醫生，但效果並不顯著。於是，三月二十六日，清廷直接派遣瓜爾佳·剛林等大臣與朝鮮醫師議事，商討如何爲皇太極治療。並索取治療“風眩等症”(即爲高血壓及併發症)的藥物。後經朝鮮醫師調取“九味清心丸及生地黃”藥物，緩解了皇太極高血壓導致頭暈目眩的症狀。清廷十分欣喜，以爲是治癒了病症。繼續像朝鮮索取藥材。但殊不知，這些藥物只能緩解高血壓造成的頭暈、咳痰、流鼻血等併發症，根本不可能徹底治癒高血壓。
死於猝死的皇太極
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綜上所述，皇太極的身體狀況並不理想。雖然他自幼隨父從軍，征戰四方，體魄十分強健。被推舉上皇位也正是憑藉自身的赫赫戰功，可謂“馬上皇帝”。但是，皇太極出身關外，女真人從事漁獵，主要食物以肉食爲主。這使得皇太極的身材雖然健碩但也有些肥胖，這點在他中年以後愈發嚴重。他的畫像、遺留的盔甲、《李朝實錄》都對這點有所表現。這就導致皇太極患上高血壓的風險大大提高。而崇德四年左右，皇太極就已經出現了高血壓的症狀，因此多次向朝鮮索取藥材。
