嘉慶皇帝有過兩位皇后，以爲是孝淑睿皇后，喜塔臘氏;另一位是孝和睿皇后，鈕祜祿氏。孝和睿皇后是在孝淑睿皇后死後被冊立爲皇后的。
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孝淑睿皇后喜塔臘氏，是內務府大臣、副都統和爾經額的女兒，在公元1774年，就是乾隆三十九的時候嫁給了當時還是皇子的嘉慶皇帝顒琰，是顒琰的嫡福晉。而且孝淑睿皇后還是道光皇帝旻寧的生母。乾隆帝的時候，百官都會猜測誰纔會被立爲太子，從乾隆給各個皇子配福晉的地位上就能看出一二，爲了避人耳目暴露儲君的情況，出身並不是豪門富貴的喜塔臘氏就成爲了嫡福晉，也是是一個包衣成嫡的奇蹟。
嘉慶皇帝的另一位皇后是孝和睿皇后，鈕祜祿氏。鈕祜祿氏是清朝滿族的大姓，而且，這意味鈕祜祿氏還是禮部尚書恭阿拉的女兒。鈕祜祿氏在孝淑睿皇后死之前就被封皇貴妃，孝淑睿皇后死了之後，也就是在嘉慶六年的時候被正是冊封爲皇后，是嘉慶皇帝的第二位皇后。
孝和睿皇后非常的聰明和是個明智的女人，這一點從道光皇帝繼位的時候就能看出來。嘉慶皇帝暴斃，一切都是未知，但是旻寧本來就是嘉慶和乾隆都屬意的繼承人選，而且旻寧嫡子的身份比自己扶正之後的兒子的身份來的高貴些，從禮從理都應該是旻寧繼位。因此孝和睿皇后就以皇后的身份下了一道懿旨，令道光名正言順成爲皇帝，受到道光的尊重。但是懿旨中的措辭，也留給了後世許多爭論的東西。
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爲什麼會有嘉慶帝錯立太子和皇后的謎案呢，因爲嘉慶帝是暴斃的，一切都來的太突然，所以纔有“謎案”的說法，其實一切早已經就能夠看出些端倪。
首先嘉慶帝最後選了旻寧爲自己的繼承人，也就是後來的道光皇帝。爲什麼說嘉慶帝沒有錯立旻寧呢，因爲旻寧本身就是一個非常優秀的皇子，深得嘉慶的喜愛，就連爺爺乾隆皇帝也都非常喜歡這個孫子。有記載，乾隆八十一歲高齡的時還帶着旻寧到圍場打獵面見羣臣，旻寧的表現都非常好，大家也都認爲這個是乾隆中意旻寧的表現。而旻寧本身一目十行，從小天賜聰穎，文采非常好，這一點從後來道光帝的文章中也能看出來。所以旻寧實際上是被乾陵和嘉慶兩位皇帝看中的接班人，所以也就沒有錯立的說法了。
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另一位有錯立“嫌疑”的是嘉慶的第二位皇后孝和睿皇后，鈕祜祿氏。孝和睿皇后是嘉慶皇帝的第一位皇后孝淑睿皇后死後才被冊封爲皇后，也是一個非常優秀的人。但是孝和睿皇后她自己有兩個兒子綿愷和綿忻，所以嘉慶帝爲了保護自己相中的旻寧能在日後的儲位之爭中勝出，可以說是費勁了心思。知道嘉慶帝暴斃的那一刻，人們才知道嘉慶帝早就在避暑山莊藏好了祕密立儲的暗匣，所以等到自己百年之後，旻寧也就順理繼位成爲了道光皇帝。
後來皇太后下了一道懿旨，其中有一句是說嘉慶皇帝“未及明諭”，倒像是一種無聲的抗議，倒是給後人留下了許多爭議的空間。
