吳昌時(?-1644年)，字來之，浙江秀水人，一說嘉興人。
天啓四年(1624年)，與郡中名士張採、楊廷樞、楊彝、顧夢麟、朱隗等十一人組織復社。
崇禎十年，薛國觀因受賄，被吳昌時彈劾免職。昌時後依附周延儒，崇禎十四年，周延儒當相，昌時爲文選郎中。
昌時與董廷獻狼狽爲奸，把持朝政。最後毒害張溥。御史蔣拱宸彈劾吳昌時贓私鉅萬，給事中曹良直亦劾延儒十大罪，昌時百般辯解，稱“祖宗之制，交結內侍者斬，法極森嚴，臣不才，安敢犯此?”明思宗親自審問吳昌時，命用刑打斷了吳的大腿，“司刑者將拱宸當頭一下，紗帽爲裂。
帝憤恨，推倒案桌，迅爾回宮。”有閣臣奏道：“殿陛用刑，實三百年來未有之事!”明思宗說：“吳昌時這廝也三百年來未有之人。”
崇禎十六年冬十二月(1644年1月)，被斬首示衆。
