馬士英推薦阮大鋮，是有幾分理由的，也不是隨心所欲盡說瞎話：
第一，阮大鋮是個學習型的幹部，通過這些年的自學，已經成爲適用的軍事人才;
第二，過去對他的處理，事實並不清楚，不能老揪着歷史問題不放;
第三，到底能不能用，面試以後再研究決定。
馬士英本是朱由崧倚重的人物，既然言之有理，自然要表示接受。
朱由崧同意了，高弘圖不同意。
就在阮大鋮準備面試的時候，高弘圖提出：幹部的任命，不能違反組織程序——“須九卿會議”。
馬士英是個明白人，知道高大人的這招更狠。幹部任命走正常程序，我還要那麼多廢話幹嘛?要繞過程序法，唯有堅持要急事急辦、特事特辦了。雙方的口水戰，比控辯雙方都熱鬧。
高弘圖見朱由崧沒有表態，知道再爭論也沒有結果，也就不再吱聲了。
但高大人絲毫沒有退讓的意思，不說不等於不做，下班之後便使了動作，結果又是一片反對聲，搞得連起草文件的人都沒有。
阮大鋮復出之事一再受阻，不能統一認識，那隻能加強領導。剩下的唯一途徑，就是中旨起用。
所謂“中旨”，就是皇帝發出敕諭，不通過相關部門和正常程序，直接交付有關機構執行。中旨在歷朝都先例，只是極少使用。領導行使了初始提名權，與會人員反水的畢竟是少數，呼天搶地踢領導更稀罕，何況還是非正常時期。
弘光朝顯然相當地非常，使用中旨本無可厚非，只是用在了阮大鋮身上，招致諸多非議。
馬士英慫恿弘光帝使用中旨，也並非在阮大鋮這裏首開其端。用作試水的，是張有譽。
張有譽，字誰譽，江陰人，天啓二年進士，崇禎年曾任饒州知府，四川按察司，很有官聲。吏部尚書鄭三俊，舉天下廉能官五人，張有譽位居第一，被提拔爲南京戶部右侍郎兼右僉都御史。
以張有譽的聲望，在弘光朝提拔重用自在情理之中。崇禎十七年八月，弘光帝中旨啓用他爲爲戶部尚書。
但這場試水同樣不平靜，中旨一出，羣臣立刻抵制。高弘圖強烈反對，吏科給事中章正宸封還詔書，其他言官亦上書反對。但這一次，朱由崧堅持了自己的意見。
繼中旨啓用張有譽之後，朱由崧接着以中旨起阮大鋮爲兵部添注右侍郎。崇禎十七年九月八日，邸報發佈了弘光帝直接下達的諭旨：“阮大鋮前時陛見，奏對明爽朗，才略可用。朕覽羣臣所進逆案，大鋮並無贊導實跡。時事多艱，須人幹濟。着添注兵部右侍郎辦事。羣臣不得從前把持瀆擾。”
——這就是阮大鋮的正式任命文件了。
阮大鋮復出了，趕緊上了一份《孤忠被陷之由疏》，首先表明對魏黨的政治態度，自己與他們事實上的“冰炭之不相容”。接着，阮大鋮強調自己與魏大中、左光斗鬧翻，是自己要維護弘光的祖母和老爸的聲譽，而魏、左則倡“邪議”攻擊自己……後一條，通常被視爲狡辯。公正地說，拿別人家的事做文章，都是手段，不會是目的。退一步講，阮大鋮在那時做些手腳，也是三餘氏《南明野史》講的，“大鋮嘗渭人曰：‘我非不願爲君子，他人不許我爲君子。’”
當上兵部侍郎後，阮大鋮開始做起本職工作。他連上兩疏，名曰：《聯絡控扼進取接應四着疏》、《長江兩合三要十四隙疏》，展示一下自己的見識與才能，表明 “臣白髮漸生，丹心未老”的決心，以“鞠躬盡瘁，死而後已”而“矢之天日”的態度。
事實上，阮大鋮想靜下心來做點事，根本做不到。中旨起阮大鋮後，羣臣譁然，經久不息，操爹罵孃的都有了。情緒最爲激烈的，當數劉宗周。
