朱元璋即位後就分封藩王鞏固權利，這更多是爲孫子朱允炆的統治做好防範工作，藩王們不能隨意進出封地，無疑限制了對王位的威脅。結果在公元1399年，建文帝一登基，他叔叔朱棣就以“清君側”名義起兵反抗，而“靖難之役”的爆發有什麼原因呢，朱棣放着寧王不做爲何要鋌而走險起兵謀反呢?
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第一，謀事的鼓動。朱棣有個謀事名姚廣孝，據史書記載，此人面向醜陋，狡猾兇狠。他是名義上是朱棣的主錄僧人，法號道衍，是朱元璋派給的。他是仕途失意的讀書人，所以出家入佛門。身在佛門的姚廣孝依然關心國事，始終胸懷大志，他在初隨朱棣就藩北平之時，就顯露出了自己的意志，道衍和尚說要送給朱棣一頂白帽子。這句話雖然讓朱棣大驚失色，但也讓朱棣產生了反叛念頭。至於這句話什麼意思呢?朱棣本身是藩王，“王”字上面要加一個“白”的帽子，就是“皇”。除了姚廣孝，袁珙也是鼓舞朱棣稱帝的主要謀事之一,他在第一次見到朱棣時就稱呼其爲“大王”，說朱棣有帝王之相，朱棣雖然嘴上不說，心中卻難免有所觸動。從史書上記載來看，姚廣孝並非貪圖富貴之人，而他屢次鼓動朱棣起兵造反又是爲何，筆者認爲這是傳統書生的意氣在作祟，尤其是屢次失意的姚廣孝，更是需要一個平臺向天下人證明自己的才能，顯然，擁護朱棣稱帝是一個很好的表現機會。而據史料記載，姚廣孝在扶持朱棣成功後確實不願意接受成祖的賞賜，一心留在佛門，雖然他名留後世，不得不說挑起戰亂也並非出家人慈悲之舉。
第二，文帝削藩。朱允炆對藩王還是存有擔憂的，他也曾問過朱元璋如何處理諸王叛亂，朱元璋反問之，朱允炆答道，“以德懷之，以禮制之”，再不行就只能派兵討伐了。因此，朱允炆繼位後，便着手考慮削藩問題，衆大臣最初制定的計劃是由易至難削，先處理周王，最後再削實力最強的燕王朱棣。由於藩王平日在自己封地內毫無顧忌，劣行頗多，因此在削藩時證據收集很容易，一年內朝廷就周、齊王、代王、岷王、湘王等五個藩王，其他藩王也都人人自危。朱允炆的削藩時朱元璋去世後進行的，擺脫祖父羽翼的文帝顯然走了一步錯棋，那就是不該留下最強大的燕王最後才削，一旦削藩開始，朱棣必然有所行動，局面難以控制也是情理之中，如若先拿朱棣開刀，再暗中穩定和籠絡其他藩王，也不會出現朱棣一聲起兵，其它藩王就一起聯合的局面。
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第三，朱棣個人作爲藩王之首的威望。一方面，朱棣多次受命領導軍事活動，不僅具有領導才能，也總是在身先士卒，因此在軍隊領導中頗有威望。另一方面，朱棣也是藩王之首，隨着朱元璋晚年長子太子朱標、次子秦王朱樉、三子晉王的先後去世，朱棣無論是在家族尊序上還是個人實力上都成爲諸王之首。這無疑加強了他的綜合實力，使其有更多力量多抗文帝。
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第四，朱棣早有反叛之心。朱棣起兵的根本原因還是在於他自己的內心，尤其是在一衆謀事的不斷鼓動下，朱棣的反叛之心更是日益呼之欲出。朱棣個人的性格也對他產生了很大影響，相比於朱允炆的柔弱，朱棣更有野心、有魄力，敢於謀事。又一次朱元璋出了個“風吹馬尾千條線”的上聯，朱允炆對出了“雨打羊毛一片氈”的下聯，而朱棣對的是“日照龍鱗萬點金”，這也能夠看出朱棣不同於常人的氣魄。除此之外，朱棣也沒有將柔弱的侄子朱允炆放在眼裏，有次上朝朱棣竟讓朱允炆站在自己的右邊，雖然傳統規矩講左爲上，但朱棣顯然並不懼朱允炆，反倒是朱元璋十分氣憤，甚至在臨終前也提點朱允炆要提防朱棣。不得不說，朱棣的反叛之心早有跡可循。
所謂內因是根本原因，朱棣自己的慾望和個人性格成爲他起兵的根本動力，而外界因素包括謀事鼓舞、文帝削藩和個人威望，也對這一事件起到了推波助瀾的作用。歷史的演變本身就是複雜因素綜合作用的結果。
