史實：武媚娘從未懷過李世民孩子，反而在李世民病重時與太子私通，在劇中，武媚娘剛入感業就懷有身孕，劇中改編成了李世民的遺腹子，她以太妃身份再度回宮。
改編一：武媚娘身懷李世民遺腹子
武媚娘關於“孩子是雉奴的”的心理獨白是後期加上去的
史實：武媚娘從未懷過李世民孩子，反而在李世民病重時與太子私通。在劇中，武媚娘剛入感業就懷有身孕，劇中改編成了李世民的遺腹子，她以太妃身份再度回宮。但是歷史上武媚娘從未懷過李世民孩子，這個孩子本來就是李治的。總局認爲這一改編違背歷史，所以只能靠配音和剪輯改成李治的孩子，所以纔會出現跟李治抱抱就懷孕的奇葩劇情。
改編二：徐慧由善到惡性情大變，不受寵愛淪爲奸妃
歷史上賢良淑德的徐惠(劇中改名徐慧)被塑造成陰險的心機婊
史實：徐慧賢良淑德，深受李世民寵愛
劇中將徐慧描述成一代奸妃，從善良到腹黑，徐慧在劇中的性情轉變最大。但是歷史中唐太宗在長孫皇后死後，一直對徐慧寵愛有加。歷史上的徐慧才貌雙全，納爲才人。後被封爲婕妤，接着又升爲充容。貞觀末年，唐太宗頻起征伐、廣修宮殿。徐惠上疏極諫，剖析常年征伐、大興土木之害。唐太宗認可了她的看法並對她厚加賞賜。唐太宗駕崩，徐惠哀慕成疾，不肯服藥，又作七言詩和連珠以示愛慕。永徽元年(公元650年)病逝，年僅二十四，被追封賢妃，陪葬昭陵石室。
改編三：武媚娘與李世民戰場共進退，殺敵不讓鬚眉
武媚娘在被釋放後毅然上戰場搭救李世民。
史實：後宮嬪妃不可能上戰場。
皇上計劃去征討北方叛軍，武媚娘要求一起奔赴前線，後武媚娘一身戎裝上戰場救李世民。劇中這段劇情過於誇張，武則天是後宮女子，女子上戰場本就稀少，更何況她是後宮嬪妃，況且武則天並未得到唐太宗的寵愛，不會有並肩上戰場之說。
改編四：韋妃通過給獅子驄下藥陷害武媚娘，武媚娘殺馬救雉奴。
劇中武媚娘爲救雉奴被迫殺獅子驄。
史實：唐太宗時期，獅子驄本就是一匹烈馬，不存在下藥問題，武媚娘通過鐵鞭、錐子、匕首馴服烈馬。
劇情中，韋妃通過對唐太宗贈送給武媚孃的獅子驄下藥，想來陷害武媚娘。誰知當天雉奴騎上受驚白馬，武媚娘爲救雉奴殺了白馬。史實上武媚孃的獅子驄事件卻是一窺武媚娘膽量的重要一課，武媚娘自告奮勇想要馴服白馬，對唐太宗要三樣東西：第一，鐵鞭;第二，鐵錘;第三，匕首，說這馬如此暴烈，必須用特殊手段。武媚孃的兇狠和膽色可見一斑。
改編五：李世民處處維護武媚娘，對其寵愛有加
唐太宗對武媚娘一直情有獨鍾，處處維護。
史實：李世民時期武媚娘並不受寵，做了12年才人
《武媚娘傳奇》用57集的篇幅大肆渲染李世民與武媚孃的情投意合，兩情相悅，甚至在李世民臨死之時，都不忘託付好武媚孃的歸宿。但是事實上，14歲的武則天從貞觀十一年(637年)入宮開始，就成爲唐太宗的才人，唐太宗最初寵愛她，賜名“武媚”，但不久便將她冷落一邊。武則天做了12年的才人，地位始終沒有得到提升。
改編六：李牧與武媚娘青梅竹馬，誰知一入宮門深似海
李牧在劇中成了武媚娘青梅竹馬的情人，李世民甚至還割愛成全兩人。
史實：李牧是杜撰出來的，史上無此人
劇中，媚娘和李牧在甘露殿門口相遇，且這對戀人一直被描述成青梅竹馬的一對。李牧更不惜爲媚娘劫獄，最後李牧在沙場戰死，十分悲壯。但劇中這位其中對媚娘人生影響最大的初戀“李牧”，並非真實的歷史人物，而是虛構的角色。有一說法是李牧影射的人物是李君羨，但武則天與李君羨也無感情交集，一說是李君羨是玄武門守軍，因“女主武氏”預言而死。
改編七：李淳風算卦女主武氏，極力奏薦殺盡武氏
李世民絕不是像劇中所演的那樣爲了美人而優柔寡斷起來，首先是他自己起了“誅盡武氏”的念頭。
史實：李世民一心想除武媚娘李淳風曾爲其解圍
李淳風作爲左右武媚娘命運的關鍵人物，在占卦上起了不少作用。雖然是李淳風夜觀天象，發現有太白經天，意味着有女主要興起。但是在唐太宗說要剷除宮中武氏之人後，李淳風說，這可不大好啊，有一句話叫王者不死，您還是別殺了吧。史實上並無劇中的李淳風百般陷害武媚娘，唐太宗百般呵護之說。
改編八：韋貴妃驕縱不已多次陷害妃子皇嗣，不得善終
歷史上，韋貴妃並不是囂張跋扈的奸妃。
史實：韋貴妃初婚隋代將軍，二婚唐太宗，生有一子一女，善終。
劇中韋貴妃的家族是唐代最重要的士族家族之一。韋妃名列“四夫人”(正一品)之首，多次陷害妃子皇嗣。然而歷史中韋貴妃出身京兆韋氏，隋唐之際著名士族家族之一，家世顯赫。她第一個丈夫是出身渤海李氏、隋朝大將軍、戶部尚書李子雄的兒子李珉。613年(隋大業九年)，李子雄隨楊玄感起兵謀反，兵敗後李子雄父子均被殺。621年左右，李世民迎娶韋氏姐妹，韋珪深得太宗寵愛，但是其本人卻從未因此驕縱，反而恭謙有加。665年(唐高宗麟德二年)，韋珪和越國太妃燕氏陪同高宗到泰山封禪，病逝於河南敦行裏第，享年69歲。
改編九：高陽公主殺死武媚娘孩子
高陽公主因憎恨李世民殺死辯機和尚而殺了武媚孃的女兒。
史實：1、武媚娘自己殺死 2、孩子因體弱夭折
《武媚娘傳奇》中，武媚孃的孩子是高陽公主害死的。而歷史上，有兩種說法，一種是武媚娘掐死自己孩子嫁禍王皇后，然後自己當了皇后，王皇后被貶爲平民了。還有一種說法，是孩子天生體弱而夭折。
改編十：齊王李佑謀反李世民饒恕，李佑被舅舅殷大人殺死
齊王李佑被舅舅殷氏家族蠱惑而謀反。
史實：李佑是被李世民賜死的。
劇中齊王李佑被舅舅殷氏家族蠱惑謀反，還牽連到母親德妃被殺。李世民命令找到李佑，不得傷害他。但是歷史上貞觀十七年第五子齊王李祐在齊州起兵謀反，唐太宗李世民憤然提筆寫下了一道譴責李祐的手詔。公元643年被唐太宗賜死於內省，貶爲庶人。
