俗話說打虎親兄弟上陣父子兵，血溶於水的兄弟一般都是成功人士想要獲得的協助力量，因爲有着血緣關係所以有着親密感和一致性，能夠無條件的信任和依賴。但是這個道理舒爾哈齊身上並不適用。
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努爾哈赤家從父親在父親那一代有六個兄弟，原本他們的關係都還比較融洽，但是很快，情感的天平就被利益動搖了，當他們知道了當時還很年輕的努爾哈赤得到了家族原本的官職和一些財產之後，親兄弟之間、堂兄弟之間開始了爭奪，開始了爲利益所傾斜了。這些親戚們都站到了仇人的那一邊，忘記了仇恨，忘記了彼此間的親情。幸好此時，努爾哈赤還有幾個兄弟的支持，也正是因爲他們，努爾哈赤才能在統一女真的征途上不斷取得成功，也共同揭開了清帝國這段創業史的序幕。
一般來說，女真社會中採用的一般是一種兩頭大的政治體制模式，也就是說一個部落聯盟內會有兩位酋長，一般來說會是親兄弟分別擔任，因此，在努爾哈赤的第一個國都建成的時候，他和舒爾哈齊兩兄弟就曾形成了並肩作戰、手足同心的良好局面。然而到了最後，他們還是不得不因爲利益等等的原因兄弟離心。
隨着女真各部的逐漸統一，明朝政府開始對遼東局勢感到不安。遼東總兵李成樑重操舊業，再次實行以往屢試不爽的分化瓦解政策，極力拉攏舒爾哈齊，面對明朝的種種“恩寵”，舒爾哈齊卻覺得自己作爲建州女真的“二都督”，有理由借明朝政府之力樹立領袖的地位。可是，兄與弟之間的差異和努爾哈赤作爲舊有勢力突破者的特殊身份，決定了現實的殘酷。
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萬曆三十五年，居住在蜚悠城的女真部落主動要求脫離烏拉部的控制歸順建州，努爾哈赤派舒爾哈齊和自己的兒子褚英、代善等人率軍3000前往收編該部。返回途中，他們在烏碣巖遭遇領兵阻截的烏拉部貝勒布佔泰，舒爾哈齊因顧慮與布佔泰之間的姻親關係而不肯參戰。事後，努爾哈赤雖然沒有問責於舒爾哈齊，但卻將舒爾哈齊的兩名屬將常書、納齊布以“不戰”之罪論死，爲了保全這兩個人，他不惜以死逼迫兄長讓步，盛怒之下的努爾哈赤雖然免除了二將的死罪，卻剝奪了舒爾哈齊的兵權，兄弟間的衝突爆發了。
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從曾經距離汗位最近的“弟貝勒”，到有名無實的“達爾汗巴圖魯”，舒爾哈齊難免憂憤滿腹，他曾發怨言稱：“此生有何可戀，不如一死！”於是漸漸產生了率部出走另立山頭的想法，並將地點選在靠近明朝邊境及海西女真領地的黑扯木。建州女真內部的這種異動被明朝廷所偵知。爲了避免建州女真的分裂，努爾哈赤曾經力勸弟弟不要移居黑扯木，但舒爾哈齊去意已決。萬曆三十七年，面對已然率部出走的親弟弟，努爾哈赤不得不忍痛“斷臂”——他沒收了舒爾哈齊的財產，並將曾與舒爾哈齊一起密謀出走的親侄子阿爾通阿、札薩克圖處死，面對兄長咄咄逼人的氣勢，萬念俱灰的舒爾哈齊不得不返回建州。按清代官方史書的說法，努爾哈赤見弟弟回心轉意，便將剝奪的財產“悉數歸還弟貝勒”，可是愧疚難當的舒爾哈齊還是在兩年後突然過世。
