后土御门天皇讳成仁，嘉吉二年(1442)五月，作为后花园天皇的第一皇子出生。母亲是从四位下右马助藤原孝长的女儿。孝长是内大臣藤原高藤流的后裔，当时身为下级公卿担当木工寮修理的职位。后土御门的母亲作为典药头和气乡成的养女和内大臣大炊御门信宗的犹子而入宫，得到天皇宠幸而生下后土御门。
文正元年(1466)因为幕府将军继嗣问题的纷争，诸大名的军队云集京畿，大乱一触即发的氛围下，朝廷于十二月举行了大尝会。不久以后，畠山义就的大军攻入京都，应仁、文明年间的大乱就此爆发，后土御门也就成为中世纪最后一位举行大尝会的天皇。 这个战乱造成京都一带皇室与公卿贵族的领土被掠夺，不但幕府地位一乱千丈，皇室也开始发生财政拮据的问题，往后影响了连续后几任天皇连即位仪式的举办都有困难，皇室逐渐走向衰微。不但原本朝廷的仪式活动被迫暂停，连天皇也逃难到当时将军足利义政的室町第，一住就是十年，一直等到土御门殿修好才回宫去。
战乱过后，朝政荒废，皇室的领地遭到各地大名的侵吞，朝廷收入大幅锐减。朝廷内部传奏日野胜光和大御所夫人日野富子专横跋扈，天皇的地位仿佛傀儡一样。后土御门生前数度表示退位的意愿。文明六年(1474)到十一年七月间天皇四度提出退位，在朝臣一条兼良和皇太子胜仁的劝说下作罢。幕府再三拒绝天皇让位的请求其实是担心营建上皇宫邸和举行皇位继承仪式会给乱世的财政带来困窘。明应三年(1494)幕府管领细川政元无视天皇的意旨废立幕府将军，心灰意冷的天皇第五次提出退位，在周围侧近痛哭挽留下再度作罢。明应九年九月后土御门天皇崩，幕府迟迟不肯支付大葬费，天皇遗骸在宫中放置了整整四十三天，都还无力下葬。最后葬于深草北陵，而在般舟院陵也安置了部份骨灰。
