都司衞所是明太祖洪武初年建立的一種軍事機構，原名都司、行都衞，洪武八年(1375年)改為都指揮使司(簡稱都司)、行都指揮使司(簡稱行都司)，到宣德年間逐漸固定下來。
明朝在全國共有十六都司、五行都司、二留守司。在全國十三個布政使司(即行省)都設有一個都司，其軍事長官備稱為都指揮使，與行省政治長官布政使同駐一城。
山東都司治濟南府，浙江都司治杭州府，江西都司治南昌府，福建都司治福州府，湖廣都司治武昌府，山西都司治太原府，陝西都司治西安府，四川都司治成都府，廣東都司治廣州府，廣西都司治桂林府，河南都司治開封府，雲南都司治雲南府(今昆明)，貴州都司治貴陽府。
另外，大寧都司先治大寧衞(今遼寧寧城西)，轄境相當於今天的河北長城以北和遼寧西拉木倫河以南地區，永樂元年(1403年)移治保定府。遼東都司治定遼中衞(今遼陽)，轄境今天的遼寧大部。萬全都司治宣府左衞(今河北宣化)，轄境現在的河北省內外長城一線的赤城、懷來以西和宣化、陽原以北地區。奴兒干都司治特林(今俄羅斯遠東州)，轄境相當於現在的黑龍江、烏蘇里江、松花江到庫頁島一帶。
行都司則設在“邊境海疆”之地，治所不在省城內，以輔助本省都司，管理一部分衞所。陝西行都司治甘州衞(今甘肅張掖)，山西行都司治大同府，福建行都司治建寧府(今南平)，四川行都司治建昌衞(今西昌)，湖廣行都司治鄖陽府(今湖北鄖縣)。
洪武十四年(1381年)，朱元璋於安徽鳳陽府設置中都留守司，統領鳳陽等八衞，專門守護皇陵。嘉靖十八年(1539年)於湖廣承天府(今湖北鍾祥)置興都留守司，統領顯陵、承天二衞，專門守護顯陵，留守司的長官稱留守。
都司和行都司為明代地方的最高軍事機構，專門統轄各地衞所，分別直隸京師五軍都督府。
明初於京師和全國各地皆設有衞所，一府設所，數府設衞，洪武六年(1373年)定製，每衞設前後中左右五千户所，大約五千六百人為一衞，一千一百二十人為一千户所，一百一十二人為一百户所。凡一衞統領十個千户所，一個千户所統領十個百户所，每個百户領總旗兩個(五十人為一總旗)，一總旗領小旗五個(十人為一小旗)。
又有守禦千户所，獨駐一地，以守禦某地為名，大部分直屬於都司管轄，少數隸屬於衞。還有屯田千户所、羣牧千户所，它們都以農牧為主，品級同守禦千户所相當。衞的長官叫指揮使，所的長官稱為千户、百户。
據《明史-兵志》記載，洪武二十六年(1393年)，全國共有“內外衞三百二十九，守禦千户所六十五。”後來逐漸增加，到明朝末年，“所屬衞四百九十有三，所二千五百九十有三，守禦千户所三百一十有五。”《明史-地理志》中記載，各衞所皆由各省的都司和行都司分別管理，兩直隸(北京和南京)境內的衞所則直屬於直隸兩京五軍都督府。
明代都司衞所的任務，對外具有防止侵略，鞏固邊防，對內則是鎮壓國內叛亂，維護統治的工具。留守司只掌管中都和興都兩個皇陵的守禦防護任務。自衞指揮使以下的官職大多為世襲制，衞所士卒也大多為父子相繼。
國家一旦需要，則有朝廷調遣將官擔任總兵官，統率衞所軍士出征，待戰事平息還朝之後，軍士各回衞所駐地。平時由國家撥付耕牛進行屯田生產，並進行軍事訓練，起先並不與地方政府有任何聯繫。
後來，由於邊境地區地區屯田制度日漸廢弛，軍士和當地百姓完全融合，衞所為了保證軍士的給養，不得不負責治理民政。同時，又於未設置州縣的地方皆設置都司衞所，既管軍事，又管民政。於是，這兩部分衞所，既有軍隊，也有百姓生活在其中，由單一的軍區管理逐漸轉變為一種行政區劃。
《明史-地理志》中將這種涉及民政較深且擁有大量屯田的衞所被稱之為實土衞所，依附於個省布政使司名下。至於內地，因為民户多於軍伍，衞所田地較少，且無力治理民政，軍需主要靠官府供給，成為無實土衞所，純粹是一種軍事組織。
據《明史-地理志》的記載，十六都司中，遼東都司全部都屬於實土衞所，萬全都司大半是實土，大寧都司初治大寧路，皆實土，永樂元年(1403年)大寧都司遷往保定府，所轄衞所變為無實土。山東等十三都司及其所轄衞所，因設在各省州縣境內，絕大多數無實土，其中只有陝西、四川、湖廣、雲南、貴州五都司有少數實土衞所。五行都司中，只有陝西、四川有實土衞所，山西、湖廣、福建無實土衞所。留守司主要負責守衞皇陵，不參與屯田，所以都沒有實土。
都司與布政使司，直隸衞所與直隸州縣的區劃和轄境，基本上相同，僅有個別衞所不在本省或直隸境內。可以説這是朱元璋所設計的軍政分管體系的重要環節，以此杜絕地方割據勢力的出現，但由於此後屯田制度的廢弛，軍士被官宦肆意徵用成為他們的私人佃農，最終破壞了原本完善的衞所制度，使其在明朝末年空有大量的紙面人員，但卻沒有任何實力來維護國家的安定，抵禦外族的入侵。
