關於維吾爾族的族源，說法不一。維吾爾民族人按自己的發展史記載。本民族與突厥族同出與匈奴民族，是匈奴族的單于的兩個王子發生爭鬥分裂，帶領自己的部下逐漸形成了突厥和回鶻兩個不同的民族，回鶻就是維族的先民，所以維吾爾語與其他的突厥族語言基本相同，只是發音上有所區別。包括遠在小亞細亞的已經與當地民族融合很久的土耳其語都和維吾爾語基本相同，維吾爾族人到土耳其一個月就可以完全學會土耳其語和阿塞拜疆語，他們聽這兩種語言與聽哈薩克等民族語言沒有什麼區別，就像是在聽方言。而許多民族學家錯誤的認爲其先民是可追溯至公元前3世紀北方遊牧民族丁零以迄鐵勒。
在中國不同歷史時期的漢文文獻中對“維吾爾”這個族名有不同的譯寫。4世紀寫作“袁經”，6世紀末、7世紀初寫作“韋紇”，788年以前寫作“回紇”，788年以後至13世紀70年代改寫爲“回鶻”，13世紀70年代至17世紀40年代寫作“畏兀兒”，17世紀40年代到20世紀初則稱“回部”或“纏回”等。還有人認爲其族源可追溯至公元前3世紀的“呼揭”、“烏揭”，甚至遠古塔里木盆地的原始土著民族。
唐天寶三年(744年)回紇消滅突厥汗國，居住在鄂爾渾河和色楞格河沿岸的回紇人建立了回紇汗國，其統轄範圍包括貝加爾湖西南、葉尼塞河上游、阿爾泰山西南、天山以北、興安嶺以東等廣大地區，後曾佔領過天山以南部分地區、七河流域、真珠河(今錫爾河)、撥賀那(今費爾干納)等地，與唐朝長期友好，曾兩次派兵助唐平定安史之亂並與唐多次和親。唐文宗開成五年(840年)，回鶻汗國破滅，回鶻部衆除一小部分留在原居住地外，絕大部分被迫進行大遷徙。
分南下與西遷，南下主要分爲二支，其中一支奔向河西走廊，與早在武則天時南渡大漠而徙居於河西的回紇部衆聚合。建牙帳於甘州(今甘肅張掖)，被稱爲甘州回鶻或河西回鶻。
鹹通二年(872年)在甘州自立可汗，11世紀上半葉爲西夏擊敗，後又爲蒙古所統治。他們長期繁衍生息，今甘肅省的裕固族，這一支回鶻人的後裔。另一支回鶻部衆來到天山以北，以西州(即高昌，今吐魯番盆地)爲中心建立起高昌回鶻政權，史稱西州回鶻或高昌回鶻。
