1368年年初，朱元璋建立明朝後，派徐達北伐攻陷大都，元朝統治者被驅逐出中原。但元廷沒有滅亡，佔據漠北，被稱爲北元。雖然北元后主於1388年去國號，元朝不復存在，但蒙古人一直活躍在大漠南北，而明朝沒能對蒙古建立長效統治，成爲日後失國一大原因。
明朝主要隱患是與其對峙的蒙古。所謂北邊爲上，東北邊次之，這是明朝始終堅持的國防政策，因此有明一代重點防禦蒙古入侵，整體策略就是防範、布控。
爲了防犯蒙古，明廷修長城、設九邊，加強遼東到固原的防禦，還利用周邊少數民族的矛盾來牽制它的發展。洪武四年以後，着意經營遼東，以隔絕蒙古同朝鮮的聯繫。爲此設立遼東都司，建立許多衛所。
然而退居塞外的蒙古部落徹底失去了農耕經濟的支持，他們迫切需要的鐵器、布帛、茶糧等物資來源幾被斷絕，只能選擇南下。
明廷後利用這種不平衡的供給需求與政治利益掛鈎，以准許入貢和貿易的方式逼迫蒙古各部臣服。經過隆慶年間二十多年的衝突協商，雙方達成“俺答封貢”，明廷與右翼蒙古確定了臣屬通貢的關係，實現了西北部邊境長達四十餘年的和平安定。
這種成功的和平共處模式，明廷卻不願施與蒙古名義汗王所在的左翼蒙古，也不願通過和親的方式籠絡蒙古貴族，明蒙之間毫無友誼可言。
到了明朝後期，後金崛起，面對女真人威脅的明、蒙兩股勢力卻未能聯合起來。
此時統治蒙古察哈爾部的是成吉斯汗黃金家族政權的末代大汗林丹汗，他致力於統一蒙古各部，輕視了緩慢崛起的後金。
不過明朝已經發現後金的威脅，放下對蒙古的偏見，以草原民族最渴望的開市賜賞爲名，籠絡察哈爾部。這是以往內明廷知曉林丹汗只是名義上的蒙古大汗，對其他部落並無實質性的控制，因此不必擔心將察哈爾部養成大患。對其他蒙古部族，明廷不敢放心結交。
自1619年起，明廷累計給予林丹汗箭賞、進馬賞銀近五萬兩，並應允每年贈送白銀千兩。賞銀對林丹汗頗有誘惑力，林丹汗在後金與明朝的軍事對峙中以實際行動表示對明廷的支持。
然而這招致了後金的報復，1621年，後金對內喀爾喀五部以軍事威脅建立政治性和軍事性的同盟關係後，於並對明朝發起更加猛烈的進攻，佔領了遼河以東大部地區，攻克了遼陽、瀋陽，兵臨廣寧。
廣寧是戰略要地，不僅是明朝重要防線，更是蒙古與明朝重要的互市通道，關係到林丹汗政權的經濟來源。於是，林丹汗與明朝聯合起來共同抗金。但是由於明朝作戰計劃意見的分歧和林丹汗調遣的蒙古兵未能及時趕到而失守廣寧。
此後，明朝在山海關收縮防守，林丹汗部族離去，兩者結盟實際已形同虛設。
林丹汗失去了經濟來源，而且戰略上發生了重大轉變。後金坐穩遼東，更不危懼林丹汗，從而滿蒙政治關係開始發生根本性變化。
林丹汗已經成爲後金攻打的直接目標，然而他依然進行統一蒙古各部的計劃，反而引起蒙古的分裂。1625年，林丹汗東征科爾沁部，主動挑起蒙古內戰，但效果不佳，不僅未達到作戰目的，反促使較爲忠心的喀爾喀部發生分裂，科爾沁部爲求自保全面倒向後金。後金組建強大的滿蒙騎兵，勢力大增。
無奈之下，林丹汗只好離開察罕浩特，西征右翼蒙古諸部。其後，林丹汗試圖回到察罕浩特，討伐歸附後金的阿祿科爾沁部。1632年4月，後金以支援阿祿部爲藉口，組織強大的滿蒙聯軍對林丹汗發起大規模進攻。林丹汗只得“棄六萬戶和尊嚴的察罕浩特”一路西退，《聖武記》敘述：“林丹汗謀拒戰，而所部解體。遂徙其人蓄使餘萬衆由歸化誠渡河西奔，沿途離散十之七八”。後金軍追到歸化城(今呼和浩特)後，聞訊林丹汗已率所部進入青海，便“收其部落數萬而還”。
林丹汗西遷立足之後再度嚮明廷請求封賞，此時崇禎朝對天啓末年寧錦兩次大勝後金後的形勢出現誤判，不願再動輒以巨資賜予林丹汗。無法維持生活的林丹汗部又開始了對明朝的侵擾，多次舉兵從宣府、大同方向侵擾明朝邊境，明蒙兩方在大同張家口一帶又爆發多次衝突，時任陝西三邊總督的洪承疇也曾率兵抵抗過前來搶糧的蒙古軍。
顯然，這比賞銀給林丹汗得不償失，但雙方都錯過了最後一次結盟的機會。在林丹汗死後，察哈爾部也歸降後金，漠南蒙古全部統一於後金，成爲滿清統治者中的一員。而明朝對這樣一支滿蒙聯軍也無抵擋之力。
