顏元，字易直，又字渾然，生於明崇禎八年(1635)，因自中年後倡導習行學說，書屋名曰“習齋”，世人尊稱爲習齋先生。顏元祖籍直隸博野縣北楊村，父名顏昶，因家境貧寒，幼時過繼到蠡縣劉村朱九祚家爲養子，改姓朱。顏元出生在朱家，取名朱邦良。時值家中園內鑿林，取乳名園兒。後來顏元歸宗，取此字音爲名。
顏昶在朱家，常受到歧視和虐待，憤懣抑鬱至極，萌生了逃離這個家庭的念頭。明崇禎十一年冬，皇太極率清兵入關，掠擄京畿地區，顏昶乘機隨軍逃往關外，自此音訊斷絕。這一年，顏元才四歲。八年以後，生母王氏又改嫁，留下他孤身一人在朱家。
顏元的養祖父朱九祚，號盛軒，多年在地方任武職。崇禎十二年，朱九祚任兵備道稟事官，攜顏元移居於蠡縣城內。當時，國事日非。他曾上言：“今日之兵，皆市井滑徒，頂名食糧。出則搶掠，戰則奔逃。且逃後並不知其爲誰，此所以倉庫日空而戰無一卒也。”他提出一種辦法，認爲可不費糧餉，而得可戰之兵數萬。其法是：“編各州縣富民子弟習弓馬者，十家共一兵，復其雜役，馬甲器刃令自備。居常訓練，每兵一副卒，正兵傷則提副卒補。伍兵土著不可逃。且一身勤王，十家安枕，其孰肯逃?兵利糧給，取之不窮。”後來清軍入關，朱九祚並無反抗的表示。順治四年(1647)，蠡縣生員蔣爾恂曾以“反清復明”爲號召，聚衆殺死知縣，稱大明中興元年，朱九祚卻“率衆守裏”，對抗蔣爾恂的義軍。蔣失敗後，清廷駐蠡縣兵備授予朱九祚巡捕官職務。不過，他有時也表現出一種正義感。順治初年，“劉裏被圈，旗奴韓某恣橫，率意耕田，失產者日衆”。九祚“伺其窩盜，圍而擒之，鳴於縣府”。按律，韓某本應問斬，雖遇赦得脫，但不敢再行肆虐，“里閈窮民不受滿人侮，得各租祖田”。順治八、九年時，地方粗安，清廷裁革省南道，朱九祚便謝任。不久，又因事被人控告，一度逃遁，顏元亦被系訊。訟案完結，家產日落。由於在城內居住費用較大，便返鄉居住。晚年“恬退自牧，不入城市。教其子晃及養孫元耕讀，是事不與世局”。
顏元八歲起受啓蒙教育，從學於吳洞雲。洞雲先生善騎射、劍戟，又感慨明季國事日非，曾著有攻戰守事宜之書，同時也長於醫術和術數。這使顏元從小時起，便受到與衆不同的教育。可惜在十二歲時，因遭吳妻怨怒，不能再從先生遊。顏元十四、五歲時，又看寇氏丹法，學運氣術，娶妻不近，欲學仙。後來知仙不可學，“乃諧琴瑟，遂耽內，又有比匪之傷，習染輕薄”。十九歲時，又從賈端惠先生學。端惠禁受業弟子結社酣歌、私通饋遺，顏元遵其教，力改前非，習染頓洗。爲了科舉功名，顏元從十歲起，還學習八股時文。養祖父朱九祚曾想爲他賄買一秀才頭銜。顏元哭泣不食，說：“寧爲真白丁，不作假秀才!”結果，十九歲時，自己考中秀才。
顏元二十歲時，訟後家落，回鄉居住後由他擔負起全家生活費用。“耕田灌園，勞苦淬礪。初食薯秫如蒺藜，後甘之，體益豐，見者不以爲貧也。”爲謀生計，開始學醫。同時開設家塾，訓育子弟。二十一歲時，閱《資治通鑑》，廢寢忘食，於是以博古今、曉興廢邪正爲己任，並決心廢棄舉業。後來他雖入文社、應歲試，只是取悅老親而已，不願以此誤終身。二十三歲時，又見七家兵書，便學兵法，究戰守事宜，嘗徹夜不眠，技擊之術亦常練習。這個時期，顏元還深喜陸九淵及王陽明學說，以爲聖人之道在是，曾親手摘抄要語一冊，反覆體味。
顏元二十五、六歲時，思想又有較大變化。這時他得《性理大全》讀之，此書集宋代理學家思想之大成。他深深地爲周、張、程、朱等人的學說所折服，從此屹然以道自任。“農圃憂勞中必日靜坐五六次，必讀講《近思錄》、《太極圖》、《西銘》等書。”他乘間靜坐，目的是主敬存誠，但周圍的人“有笑爲狂者，有鄙爲愚者，有斥爲妄者，有皆爲迂闊、目爲古板、指爲好異者”，他都毫不介意。康熙三年(1664)，顏元聽說蠡縣北泗村有位王法乾，此人惡僧道，斥佛老，焚時文，讀五經，居必衣冠，持身以敬，教家以禮，鄉人有目爲“狂癲”者，顏元卻瞿然驚喜，大呼：“士皆如此癲，儒道幸矣!”遂與其納交。兩人每十日一會，每會，相互“規過辨學，聲色胥厲，如臨子弟。少頃，和敬依然”。同時各立日記，“心之所思，身之所行，俱逐日逐時記之。心自不得一時放，身自不得一時閒。會日彼此交質，功可以勉，過可以懲”。後來，顏元與王法乾在對待宋儒的態度上發生歧異。
顏元個人家世雖屢遭不幸，但始終以匡時濟世爲己任。他目睹明季政治日壞，風俗日降，兵專而弱，士腐而靡，極爲痛切。據李塨回憶：“先生自幼而壯，孤苦備嘗，隻身幾無棲泊。而心血屏營，則無一刻不流注民物。每酒闌燈炧，抵掌天下事，輒浩歌泣下。”顏元二十四歲時，便著有《王道論》，後來更名《存治篇》，闡述了他的政治理想。他認爲要開萬世之太平，必須恢復“唐虞三代”的政治，“井田、封建、學校，皆斟酌復之，則無一民一物之不得其所，是之謂王道”。
具體而言，有如下幾個方面：
首先，實行井田。爲了解決當時的土地問題，顏元主張恢復古代的井田制度。有人認爲，實行井田是奪富民之產。顏元反駁說：“天地間田宜天地間人共享之，若順彼富民之心，即盡萬人之產而給一人，所不厭也。……況一人而數十百頃，或數十百人而不一頃，爲父母者，使一子富而諸子貧，可乎?”不過，如何實行均田的理想，要“因時而措，觸類而通”，能實行規劃整齊、公私田分明的井田當然最好，否則可按各地情況實行均田。他認爲，只有實行了井田、均田，解決了百姓的土地問題，纔會“遊頑有歸，而土愛心臧，不安本分者無之，爲盜賊者無之，爲乞丐者無之，以富凌貧者無之。學校未興，已養而兼教矣!”顏元還認爲，實行了井田，能“寓兵於農”，使兵農合一，提高軍隊戰鬥力。他說：“自兵農分而中國弱……頂名應雙，皆乞丐、滑棍，或一人而買數糧。支點食銀，人人皆兵。臨陣遇敵，萬人皆散。嗚呼!可謂無兵矣，豈止分之云乎!”而“古聖人之精意良法，萬善皆備。一學校也，教文即以教武。一井田也，治農即以治兵”。兵農合一的好處極多;一是“素練”，隴畝皆陣法，民恆習之，不待教而知。二是 “親卒”，同鄉之人，童友相處，情義相結，可共生死。三是“忠上”，邑宰、千百長，無事則教農、教禮、教藝，爲之父母。有事則執旗、執鼓、執劍，爲之將帥，其孰不親上死長!四是“無兵耗”，有事則兵，無事則民，不費月糧。五是“應卒難”，突然有事，隨地即兵，無徵救求援之待。六是“安業”，無逃亡反散之虞。七是“齊勇”，無老弱頂替之弊。八是“靖奸”，無招募異域無憑之疑。九是“輯侯”，無專擁重兵要上之患。
其次，恢復封建。鑑於明代中央集權高度發展所造成的弊端及明亡的教訓，顏元認爲要實現長治久安，便應恢復古代的封建制度：“非封建不能盡天下人民之治，盡天下人材之用。”有人認爲，實行封建會導致朝政不穩，顏元說：“殊不知三代以封建而亡，正以封建而久。漢、唐受分封藩鎮之害，亦獲分封藩鎮之利。使非封建，三代亦烏能享國至二千歲耶!”“如此者，有事則一伯所掌二十萬之師，足以藩維，無事而所畜士馬不足並犯。封建亦何患之有?”不過，他也強調，具體如何實行封建，要“師古之意，不必襲古之跡”。
再次，改革學校。顏元極爲重視學校和人才的作用，認爲： “人才、王道爲相生。”不過，“迨於魏、晉，學政不修，唐、宋詩文是尚。其流毒至今日，國家之取士者，文字而已。賢宰師之勸課者，文字而已。父兄之提示，朋友之切磋，亦文字而已。”故曰：“學校之廢久矣!”如今，應“痛洗數代之陋”，“浮文是戒，實行是崇，使天下羣知所問，則人才輩出，而大法行，而天下平矣!”所以，他竭力反對八股取士，“今之制藝，遞相襲竊，通不知梅棗，便自言酸甜。不特士以此欺人，取士者亦以自欺。彼卿相皆從此孔穿過，豈不見考試之喪氣，浮文之無用乎，顧甘以此誣天下也!”取代八股取士最好的辦法，是重徵舉：“竊嘗謀所以代之，莫若古鄉舉裏選之法。”
顏元的這些政治主張，帶有濃厚的復古主義色彩，甚至空想的成分，但在當時，應說具有一定的進步性。後來，顏元的學術思想發生重大轉變，這些政治主張，並無變化，某些方面還得到深化和發展。
顏元的養祖父朱九祚有一妾，生子名晃，故對顏元頗有閒言。顏元並不知自己父親非朱翁之子，只以爲晃是受到溺愛而已。出於忍讓，他尊朱翁之命與養祖母劉氏別居另舍，並儘讓田產與晃。
康熙七年(1668)，養祖母劉氏病卒。因感祖母恩深，父親又出走，不能歸來殮葬，他哀痛至極。三日不食，朝夕祭奠，鼻血與淚俱下，葬後亦朝夕哭，生了大病。朱氏一老翁見到此情景，十分憐憫他，說：“嘻!爾哀毀，死徒死耳。汝祖母自幼不孕，安有爾父?爾父，乃異姓乞養者。”顏元聽後大爲驚異，到已改嫁的生母處詢問，果得實情，因而哀減。
顏元居養祖母喪，恪守朱子家禮，尺寸不敢違。連病帶餓，幾乎致死。雖覺得有許多違背性情處，但認爲聖人之禮如此，不敢多疑。後來，他校以古禮，竟發現朱子家禮削刪、不當之處甚多。“初喪禮朝一溢米，夕一溢米，食之無算。宋儒家禮刪去無算句，致當日居喪，過朝夕不敢食。當朝夕遇哀至，又不能食，幾乎殺我。”“乃嘆先王制禮，盡人之性。宋人無德無位，不可作也。”由此發端，他對宋儒學說進行了全面的反省，“因悟周公之六德、六行、六藝，孔子之四教，正學也。靜坐讀書，乃程朱陸王爲禪學、俗學所浸淫，非正務也”。次年，便著《存性》、《存學》兩篇，學術上自成一個體系。思想轉變後，更體會到“思不如學，學必以習”，故改“思古齋”爲“習齋”。此後教授弟子，也是讓其立志學禮、樂、射、御、書、數及兵、農、錢、谷、水、火、工虞諸學，並習射、習騎、習歌舞及拳法武藝，力戒靜坐空談。
劉氏死後，朱晃繼續唆使朱翁逐趕顏元，他只得移居隨東村安身。康熙十二年朱翁卒，顏元便回博野縣北楊村，歸宗姓顏，時年三十九歲。
顏元歸宗後，日常仍從事農田耕作。有一次客人來訪，見他正在揚場，感到十分奇怪。顏元卻說：“君子之處世也，甘惡衣粗食，甘艱苦勞動，斯可以無失已矣!”這時，顏元及門弟子日衆，李塨便是於康熙十八年開始來問學的。對於新從遊者，顏元必先向其申明自定教條其要點是：孝父母、敬尊長、主忠信、申別義、禁邪僻、慎威儀、重詩書、敬字紙、習書、作文、習六藝、序出入、尚和睦、貴責善、戒曠學等。特別是對六藝，尤爲強調。每逢一、六日課數，三、八日習禮，四、九日歌詩、習樂，五、十日習射。他兢兢業業，以闡揚儒家學說中實用實行思想爲己任。嘗雲：“天廢吾道也，又何慮焉。天而不廢吾道也，人材未集，經術未具，是吾憂也。”因吟詩道：“肩擔寶劍倚崆峒，翹首昂昂問太空。天挺英豪中用否，將來何計謝蒼生。”
對於自己，顏元仍是持身極嚴，而且與從學者互相規過。有一年，顏元曾買石氏女爲側室，女癡且癲，知是爲媒人所欺。於是，令媒人將女領回並討回原金。不料，媒人又將該女再度轉賣給他人。李塨就此事向先生直諫及規勸，顏元聽後，悲泣道：“吾過矣!”於是出原金贖女歸其父。李塨極感先生改過之勇，從此立日譜以自考。顏元和李塨還有一個很有意思的約定：“對衆不便面規者，可互相祕覺也。雲：警惰須拍坐，箴驕示以睛，重視禁暴戾，多言作嗽聲，吐痰規言失，肅容戒笑輕。”
康熙二十三年，顏元五十歲時，隻身往關外，尋找父親下落。原來，顏元的父親顏昶隨清軍出關後，到了瀋陽，有位鑲白旗董千總給了他些本錢，開了個糖店，先後娶過妻王氏及妾劉氏，劉氏生兩女，名銀孩、金孩。顏昶也曾想返里探親，因入關被阻未能實現，於康熙十一年病故，葬於瀋陽附近的韓英屯。顏元到關外沿途尋父，艱苦備嚐。當他在瀋陽張貼尋人報貼後，被銀孩所知。兄妹相見，面對痛哭。顏元祭奠父塋後，親自御車，奉先父牌位歸博野。
從關外歸來後，顏元自嘆：“蒼生休慼，聖道明晦，敢以天生之身，偷安自私乎!”於是在康熙三十年，告別親友，南遊中州。行程二千餘里，拜訪河南諸儒。在各地，他結交士人，出示所著《存性》、《存學》、《喚迷途》等，宣傳自己的政治主張，率直地抨擊理學家空談心性、以著述講讀爲務、不問實學實習的傾向。寓居開封時，曾與名士張天章研討學術。天章嘆道：“禮樂亡矣，《存學》誠不容不作!”又研討水政，天章曰：“先生何不著《禮儀水政書》?”顏元答道：“元之著《存學》也，病後儒之著書也，尤而效之乎?且紙墨功多，恐習行之精力少也。”因此，來問學者日衆。在商水，訪李木天，與言經濟。李見顏元佩一短刀，便離座爲他演諸家拳法。顏元笑曰：“如此可與君一試。”兩人遂折竹爲刀，對舞不數合，顏元擊中木天手腕。木天大驚曰：“技至此乎!”又與深言經濟，木天傾倒下拜。次日，令其子從先生遊。
顏元通過此次南遊，愈發感到程朱之學爲害的嚴重。他說自己當年從關外歸來時，“醫術漸行，聲氣漸通，乃知聖人之道絕傳矣。然猶不敢犯宋儒赫赫之勢焰，不忍悖少年引我之初步”。但是，“迨辛未遊中州，就正於名下士，見人人禪宗，家家訓詁，確信宋室諸儒即孔孟，牢不可破，口敝舌罷。去一分程朱，方見一分孔孟。不然終此乾坤，聖道不明，蒼生無命矣”。因此，他一方面著《四書正誤偶筆》等，辨析朱熹學說的謬誤，一方面以更多的時間和精力，向友人及門生申明訓詁、理學、科學的危害，嘗大聲疾呼：“仙佛之害，止蔽庸人。程朱之害，遍迷賢知。”“非去帖括制藝與讀著主靜之道，禍終此乾坤矣。”
顏元六十二歲時，肥鄉郝公函(字文燦)三次禮聘，請他前往主持漳南書院。顏元到肥鄉後，準備很好地施展自己的抱負，親自擬定各種規章，構想書院規劃，並手書“習講堂”對聯雲：“聊存孔緒勵習行，脫去鄉愿禪宗訓詁帖括之套”、“恭體天心學經濟，斡旋人才政事道統氣數之機”。可惜數月之後，該地大雨成災，漳水氾濫，書院堂舍悉被淹沒，他只好告辭歸裏。後來，因水患益甚，郝公函屢請未往。不久，郝公函來書問安，並附一契紙雲：“顏習齋先生生爲漳南書院師，沒爲書院先師。文燦所贈莊一所，田五十畝。生爲習齋產，沒爲習齋遺產。”
從肥鄉返回後八年，即康熙四十三年(1704)九月初二日，顏元病故。逝世前猶謂門人曰：“天下事尚可爲，汝等當積學待用。”死後葬於博野北楊村，門人私諡爲“文孝先生”。
