朱允炆和三位信任的大臣黃子澄、齊泰、方孝孺商議之後，認爲不能任由藩王們自我膨脹，必須果斷“削藩”，以免日後遭受不測之禍。這四人都是崇尚儒家思想和理想主義的正人君子，缺乏政治鬥爭和軍事鬥爭的實踐經驗，對“削藩”的操作方向犯了錯誤。
他們先從“容易的目標”開始，一年之內把周王朱橚、代王朱桂、湘王朱柏、齊王朱榑、岷王朱楩一股腦削弱了，剝奪封地，廢除王爵，唯獨沒有動實力最強的燕王朱棣。
或許朱允炆和他的大臣們想的是“先易後難”，或者是被朱棣裝瘋賣傻的表演所騙，認爲他不足爲慮。無論如何，朱棣得到了更多的準備時間。朱棣身邊有道衍和尚(姚廣孝)這樣的高人，幫他謀劃了起兵反叛的詳細計劃。
即便如此，朱棣起兵反叛仍然面臨着巨大風險，他只有10萬人馬和燕京一地的後勤支援，而朝廷能調動的兵馬有60多萬，還有全國的財力物力支持，雙方實力差距巨大。況且，無論朱棣如何自辯，他都是造反，輿論道義上都得不到支持。
然而，朱棣也有自己的優勢，優勢在於他多年的沙場歷練，他內心強大而堅定，而且他有一個仁德尚禮、儒雅優柔寡斷的對手：朱允炆。
面對朝廷的步步施壓，朱棣在道衍和尚的勸說和鼓動下於1399年打着“清君側，靖內難”的旗號，起兵反抗，揮師南下，史稱“靖難之役”。在這場戰爭中，朱棣數次滑到了懸崖邊上，但憑藉頑強的毅力和對手的失誤，他艱難地撐了下來，靠着侄子的這句“關照”，最終成功。
