葉爾馬克很快發現自己有些高興的太早了。雖然佔領了汗國的首都，但西伯利亞的統治中樞並沒有被破壞，汗王庫楚姆、王子馬麥特庫爾、重臣卡拉恰酋長這些堅決與俄羅斯爲敵的人一個都沒有死或者被俘虜。在首都伊斯凱爾城牆之外的廣闊土地上，他們隨時都在進行着反擊。在佔領伊斯凱爾還不到一個月，二十名哥薩克出城到湖裏捕魚時遭到馬麥特庫爾的突然襲擊，只有一個人僥倖逃脫。
當葉爾馬克派手下的五十人長勃利亞茲去招撫額爾齊斯河下游的各個酋長國，收取貢賦時。原本以爲會順利的哥薩克迎頭便遇到了忠於庫楚姆汗的捷米揚酋長和羅曼酋長率領奧斯卡克人拼死抵抗。爲了震懾敵軍，勃利亞茲將抓到的酋長倒懸吊死，其他俘虜則被槍斃或斬首，用血腥的手段才使當地人屈服。
葉爾馬克和庫楚姆汗的地位對調了，原本主動的他在獲得勝利後反而陷入了被動挨打的境地。庫楚姆汗卻可以靈活機動的組織對他的進攻。對付游擊戰的方法就是情報戰，如果掌握了情報，小股騷擾的遊擊部隊便會成爲獵物。曾經是匪首的葉爾馬克深諳此道，爲了扭轉局勢，他對於臣服的汗國貴族極盡籠絡，從而掌握了很多有關庫楚姆汗的情報。
1583年2月19日，一個汗國貴族巴赫塔向葉爾馬克報告，馬麥特庫爾王子正帶着小股部隊在離額爾齊斯河不遠的庫拉爾湖活動。葉爾馬克立即派出60名哥薩克前去埋伏，夜晚偷襲了馬麥特庫爾的宿營地。毫無準備的王子被生俘，身邊的戰士全部被殺。爲了避免更激烈的反抗，葉爾馬克沒有殺死馬麥特庫爾，而是把他送往莫斯科。在那裏王子受到了禮待，後來還成爲了一名俄軍上校。馬麥特庫爾的被俘使庫楚姆汗失去了重要的將領，爲了報復，他與卡拉恰酋長一起商定了以牙還牙的計策。
是年9月，卡拉恰酋長派出使節向葉爾馬克投降，並提出希望他能幫助自己鞏固領地，避免庫楚姆汗的進攻。得知卡拉恰和庫楚姆汗已經分裂，葉爾馬克大喜過望，沒有過多考慮便派伊凡.科裏佐帶領40人前去。卡拉恰酋長對來訪者進行了熱烈的歡迎，不但設宴款待，還在宴會上將他們全部砍了腦袋。科裏佐是葉爾馬克麾下的大將，向沙皇報捷時在莫斯科更是受到了最高禮遇，每天享受國宴。可沒想到最後竟死的如此窩囊，而且還在被殺死之前說出了伊斯凱爾城中的俄軍缺糧而且壞血病流行的消息。
這個消息對於一直準備反攻的汗國軍太重要了。卡拉恰酋長立即開始調集部隊，向着伊斯凱爾城開拔。漢特人、沃古爾人、巴什基爾人從四面八方彙集而來。汗國軍聚集的時間長達5、6個月，直到1584年3月才集結完畢，如此長的時間，俄軍本該察覺得到，但這時軍中的靈魂人物葉爾馬克正在額爾齊斯河上游掃蕩不願納貢的村寨，沒有人負責情報工作。等到哥薩克們發覺四周到處都是密密麻麻的人羣時，城市已經被圍得水泄不通。
卡拉恰酋長知道俄軍火器厲害，強攻只能徒增傷亡，於是圍而不打，將俄軍圍困在城裏。原本就缺糧的俄軍頓時陷入絕境，不到一個月，糧食便完全吃完，只能以死屍果腹。只要再有幾天，不用卡拉恰動手，哥薩克們就會活活餓死。就在此時，哥薩克們再次發揮了他們職業軍人的素質和亡命徒的性格，爲了不坐以待斃，在卡拉恰的軍隊士氣最高而又放鬆警惕的時候發動了一次夜襲。組織夜襲的是兩個百人長馬維特和麥舍利雅克，經過觀察，他們瞭解到卡拉恰酋長的大營所在地，在一天夜裏，只用百餘人對圍城大軍的心臟發起了進攻。
原本以爲勝券在握的卡拉恰酋長根本沒有想到本應該餓得拿不動武器的俄軍會突然出現在自己面前，而且凶神惡煞般勢不可擋。他的兩個兒子當場戰死，卡拉恰酋長只帶着兩三個僕人逃脫了追殺，拋下自己的軍隊倉惶而走。沒有了首腦的圍城部隊頓時亂作一團，雖然俄軍已經沒有餘力再進攻他們，但仍然逐漸散去。庫楚姆汗的苦心再次付諸流水。
當年11月，由莫斯科出發的500名射擊軍到達了伊斯凱爾城，這是由伯爵鮑爾霍夫斯基率領的帝國正規軍。但與葉爾馬克相比，這些軍爺根本不適合與西伯利亞的抵抗軍打交道，不但對小股的襲擊束手無策，還很快的患上了壞血病，成羣的死去。到最後，連指揮官鮑爾霍夫斯基都一命嗚呼。而葉爾馬克卻繼續着征服的使命，繼續向西伯利亞深處挺進，一路上凡是抵抗的酋長國和村寨一律實行三光政策，繳獲的珍寶、毛皮不計其數。直到到達塔拉河口後，才因爲補給問題不得不退回了伊斯凱克。
面對着無能的帝國正規軍，葉爾馬克除了鄙夷，就是自豪——自己纔是這片土地的主人，帝國的利益，只有靠自己才能在西伯利亞實現!但還有些事情讓他不安，一個是因爲壞血病，一個便是庫楚姆汗。那個頑固的汗王現在在哪裏?
