石山本願寺(いしやま ほんがんじ)原稱山科本願寺，是日本佛教淨土真宗本願寺派第8代門主蓮如(門主:教派首領)於1483年在京都山科建立的，後傳到10代門主政如遷移到當時的攝津國石山〔今日本大阪市中央區〕，稱"石山本願寺"，是本願寺派的本山〔宗廟〕所在。
歷史
日本戰國時代時，這裏聚集了爲數衆多、向心力極強的武裝一向宗門徒(以農民爲主加上僧侶和國人武士)，又位於通往京都的要道上，戰略地位重要，成爲連戰國大名都不得不害怕，卻又想盡辦法攏絡籠絡的龐大宗教勢力。
第11代門主顯如娶了管領細川晴元的養女爲妻(日本佛教僧侶可結婚生子)，因而和武田信玄、朝倉義景結爲連襟。後來石山本願寺在"反信長包圍網"的戰略架構中，成爲重要一員。
其門徒的強悍戰鬥意志，使得戰國梟雄織田信長軍也多次敗退於其實力雄厚的勢力下，折損數名猛將。信長爲避免一向宗徒們再次受到煽動而叛亂，對於已經投降的一向宗徒常是毫不留情的全部屠殺，因而被宗教界塑造成"佛敵"的形象。
但不久織田軍漸漸扳回劣勢，公元1578年，織田信長水軍以鐵甲船斷截了石山本願寺和中國(本州島西南部)的毛利輝元相通的唯一海上糧道，遭圍困許久的本願寺纔不得不降伏，顯如撤離之後，其子教如仍作困獸鬥一段時間，後來仍不支撤退，最後織田信長一把火燒了石山本願寺以絕後患。
織田信長遭遇本能寺之變死後，門主顯如與掌權的豐臣秀吉關係良好，1591年由秀吉捐地重建成現在的京都本願寺(即西本願寺)。
一向宗和一向一揆
一向宗(淨土真宗的別稱)因其教義和修行方式簡單易懂〔只需口唸"南無阿彌陀佛"便可藉着佛的願力，直達西方極樂世界〕，擄獲了大批中下階層民衆的信奉，並提倡"惡人正機"主張惡人才最需要佛的接引，使得許多低階武士、山賊、海盜也忠誠信仰。
其領導人--門主的世襲制度也使得門主的神聖權威性代代提高，信徒對於門主的崇拜和尊敬，不亞於真正的阿彌陀佛。一向宗門徒在各地的起義暴亂被稱爲一向一揆。
本願寺派後來經過第8代門主蓮如的整頓和發揚，成爲組織嚴密的宗教團體。
在門主的有心策動下，門徒們認爲與"佛敵"交戰而殉道身死，更能通往西方極樂世界，於是他們無懼死亡而爭先殺敵，強悍的戰鬥力成爲許多戰國大名的惡夢，甚至還能殺掉地方守護而成立自治小國。
門主則利用衆多的子女和各地的戰國大名廣結姻親，加上手握控制門徒的權力、領地的經濟權，實力也和一般的戰國大名不相上下。
