十字軍第4次東征後，建立了拉丁帝國，聖地耶路撒冷被糟踐得面目全非，當地的民衆紛紛起來反抗，十字軍在東方的根據地陷入重重危機之中，儘管教會一再呼籲發動新的東征，但響應者寥寥無幾。爲了掀起新的宗教狂潮，在教會的操縱下，一場殘酷的鬧劇上演了，教會聲稱只有“純潔無瑕”的兒童，才能獲得神的保佑，兒童可以憑藉奇蹟從穆斯林手中解放聖地耶路撒冷。於是，1212年，幾萬名兒童在這場鬧劇下踏上了東征之路。這些可憐的孩子由於路上不能照顧自己，很多人因爲忍受不了風餐露宿而慘死於東征的途中，僥倖生存下來的則被黑心的商人賣爲奴隸，十字軍東征再度被擱淺。
後來，匈牙利國王安德魯2世、奧地利公爵波爾德6世，以及德國南部的一些大封建主，爲了各自的利益而表示願意再度出征。1217年，這些以各自利益爲出發點的寡頭們組成十字軍，從達爾馬提亞港出發了。但是，十字軍的殘暴行徑遭到了東方人的強烈反抗，一向支持東征的敘利亞基督教徒已經不再歡迎十字軍，十字軍發動的戰爭破壞了他們的商業利益，他們更願意與當地的穆斯林和平相處，進行平等交易。所以，十字軍到達東方後，遭到了前所未有的冷遇，在那裏毫無意義地度過了一年。安德魯2世知道比次東征又要無功而返了，於是便將軍隊撒回了匈牙利。
滯留在那裏的十字軍不想再次空於而歸，他們準備進攻埃及的商業城市達密伊塔，該城市位於尼羅河三角洲的一條支流上，那裏不僅商業發達，並且有三道城牆和異常堅固的城防設施。十字軍雖然對達密伊塔圍攻了數月，但是毫無進展，一些對戰爭感到無望的人便趁機偷偷回國了。由於長時間的圍攻，達密伊塔城發生了嚴重的饑荒，守城的士兵面臨着嚴峻的生命考驗，只好主動撤出了達密伊塔，十字軍進城後，進行了一場肆無忌憚的燒殺搶掠。
攻克達密伊塔城後，十字軍開始轉攻曼蘇拉，結果出師不利，營地被暴漲的尼羅河水淹沒，一直伺機發動進攻的穆斯林士兵切斷了他們的退路，糧草短缺、士氣低下的十字軍被迫與穆斯林士兵議和，將軍隊撤出了達密伊塔，狼狽地逃回歐洲。
這次失敗在德國引起了一場激烈的爭鬥，教皇格列高裏9世將失敗歸咎於德國皇帝腓特烈2世(1194~ 1250年)，因爲腓特烈2世在即位時向教皇許諾，一定要參加十字軍東征，但他登上皇帝的寶座後，卻遲遲不肯履行諾言，因此惱羞成怒的格列高裏9世便把腓特烈2世驅逐出教門，說他是基督教最狡猾的敵人。
爲了爭奪王位繼承權，腓特烈2世於1128年主動率領十字軍出征，第6次十字軍東征開始了。即便如此，腓特烈2世並沒有得到教皇格列高裏的諒解，他根本就不承認腓特烈2世是十字軍成員，並且侮辱他是貪得無厭的海盜和想竊取耶路撒冷的野心家。
腓特烈2世對教皇的譴責抱着置之不理的態度，他到達阿克後，就開始和埃及的蘇丹進行談判。爲了爭奪敘利亞和巴勒斯坦的統治權，當時埃及的蘇丹正和大馬士革總督進行激烈的鬥爭，無法抽出兵力和時間對付腓特烈2世的進攻。在此情況下，雙方於1229年3月締結了爲期10年的條約，規定蘇丹將耶路撒冷和巴勒斯坦的伯利恆、拿沙勒、提爾、西頓等城市讓給腓特烈2世。得到好處的腓特烈2世則許諾支持蘇丹對敵人的鬥爭，以及尊重穆斯林的宗教信仰。
腓特烈2世通過政治手腕斡旋，不動一兵一卒，就順利撈到了好處，第6次十字軍東征以勝利而告終。
