《醫宗金鑑》相當於中醫界的百科全書，它彙集了清乾隆之前的醫學精萃。乾隆四年(1739年)開始籌備編纂《醫宗金鑑》的工作，之所以要頒佈官修《醫宗金鑑》，主要原因有二：一、此前並沒有作爲教科書與準繩的醫書，因而“醫書駁雜，人不知宗”，良醫缺乏。正如乾隆皇帝所言：“爾等衙門該修醫書，以正醫學”。其二，清乾隆之前，名醫輩出，留下的醫學著作也很多，因而如果不加以整理、編纂，許多將會散佚。三、乾隆皇帝在位期間，十分注重文治，比如《四庫全書》也是在乾隆時期編纂的，因而組織名醫編纂一部大型醫書也是文治的需要，“使爲師者，必由是而教;爲弟子者，必由是而學”。
想法成行後，便開始付諸實踐。乾隆四年發起後，最先是派太醫院院使錢鬥保主持編纂事宜，並以右院判王炳爲副手，御醫吳謙擔任主編，此時的吳謙是當時最著名的醫家之一，與張璐、喻昌並稱清初三大名醫。不再設立專門的場所用以編纂，只對太醫院衙門內的閒房量加修葺，主要出於方便省時的考慮。乾隆五年(1740年)，又派照管醫書館事務和碩和親王弘晝領導修醫館辦事。全書在乾隆七年(1742年)十二月十五日完成，共九十卷，分十一科，《醫宗金鑑》由乾隆帝親自題名。成書後，爲表彰編纂人員所作的貢獻，不僅獎勵參與編纂的成員人手一本《醫宗金鑑》，而且還賞賜特製小型鍼灸銅人一具。
《醫宗金鑑》的編纂與《四庫全書》有些相似，最初是向民間大量蒐集相關的醫學書籍，規定“全國除書坊現行醫書外，有舊醫書無版者，新醫書未刻者，並家藏祕書及世傳經驗良方，由地方官婉諭購買，或借抄錄，或本人願自獻者，集送太醫院命官纂修。自三皇以至我朝，分門類聚，探其精華。”從這一意義上而言，《醫宗金鑑》就是彙集衆醫家之長，駁其錯雜而成。
作爲一本兼具教學與臨牀診治性質的醫學叢書，《醫宗金鑑》共九十卷，涵蓋十五種書，包括《訂正仲景全書·傷寒論注》、《訂正仲景全書·金匱要略注》、《刪補名醫方論》等，約160萬字。《醫宗金鑑》不僅蒐集了許多古傳藥方，而且對名醫張仲景的著作《傷寒雜病論》和《金匱要略》作了訂正，其目的是“俾二書並行於世，庶後之業醫者，不爲俗說所誤，知仲景能治傷寒，未嘗不能治雜證也。”《醫宗金鑑》的訂正包括修改體例、刪補改移、作註解等，見解獨到。此外，《醫宗金鑑》作爲中醫的百科全書，包括四診心法要訣、婦科心法、兒科心法、眼科、鍼灸心法等內容。
《醫宗全鑑》問世後，造成了很大的影響，作爲官修醫學著作，此後廣泛應用到日常診療中，據記載：“向例太醫院恭請升脈，皆隔別分擬，而又不得大相歧異。醫官患得罪，皆推一資格稍長者爲故諸醫擬方，必用《醫宗金鑑》，取不能批駁也。”可見當時《醫宗金鑑》的權威性和影響力。
