朱棣率軍攻入南京城之時，皇宮發生了大火，朱棣派出去的救火隊員在廢墟中找了三天，也不見建文帝的蹤影，俗話說的好“國不可一日無君”，朱棣這才能名正言順的登基當了皇帝，之後官方纔發佈消息稱建文帝是“闔宮自焚”了。
關於建文帝自焚而死的情況，《明太宗實錄》中有詳細的記載：
“上(指朱棣)望見宮中煙起，急遣中使往救，至，已不及，中使出其屍於火中，還白上”。
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這段話的意思很明確，造反頭子朱老四剛剛進入南京城，就看見皇宮中火光沖天，於是趕緊命令自己的親兵前去救火(主要還是尋找建文帝)，可是親兵趕到現場之後，發現大火已經把皇宮燒成了灰燼。親兵只在廢墟中找到了一具屍體，就拿到了朱棣面前交差。
文中並沒有明確說道屍體是建文帝，只是說“其屍”，這就是說，當時連朱棣自己都搞不清楚那具屍體到底是不是建文帝。但爲了順利登上皇位，朱棣還是宣佈建文帝已經被燒死了。那他就必須面對一個棘手的問題，建文帝的屍體該按什麼標準下葬?
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正史中明確記載，朱棣當時發愁不知道該用什麼禮節安葬燒死的建文帝。首先，朱棣是不承認建文帝的皇位的，所以肯定不想用天子的禮儀安葬。但是建文帝又是明太祖朱元璋欽定的皇帝，如果用藩王規格下葬，就等於否定了自己的父親朱元璋。
猶豫不定的朱棣叫來了翰林院侍講王景，問他對此事有什麼看法，王景很肯定的告訴朱棣，應該用天子的禮儀下葬建文帝。朱棣聽到這個回答後，沉思了很久，最後勉強聽了王景的建議。
聰明的朱棣知道，下葬死去的侄子將是拉攏建文帝遺臣的好機會。要知道，在朱棣剛剛進入南京的時候，並不受官員們的歡迎。在進城當天就遭到了不明身份人員的刺殺，還好朱棣命大躲過了一劫。當時南京95%的大臣都曾表示不承認朱棣的皇位，建文帝大臣景清甚至在朝堂之上公然刺殺朱棣。所有這些事情，讓朱棣明白，不僅僅是軍事上的征服，還要從心理上使那些不肯投降與觀望的人們臣服，所以他要用下葬建文帝的機會，向人們表演一出大戲。
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但此後的600多年時間裏，無數歷史學家對朱棣用天子禮下葬建文帝的事實提出了質疑。因爲如果當年朱棣真的用天子禮下葬了建文帝，那麼建文帝的陵寢應該是很有規模的，那麼這個很有規模的建文帝陵寢會在哪裏呢?既然朱棣以天子禮儀下葬了侄兒，總該給侄兒立個像樣的碑，如是，那御製碑又在何處呢?
其實在明朝末年，歷史學家談遷就對此事做過調查，他在自己的書中記載到：“金陵故老，無能指建文帝葬處……”。也就是說，明朝南京的大明遺老遺少壓根兒就不知道建文帝葬在何處!
著名明史學家孟森對此給出了一個比較公正的說法，他認爲當時朱棣確實是用天子禮下葬了建文帝，但不一定就建造很大規模的陵墓。這種做法也比較符合當時朱棣心裏的想法，既不想承認建文帝的皇位，又想以此拉攏反對自己的大臣。正因爲這樣，所謂的建文帝封冢在當時肯定就不大，官方也許都沒有明確記載，大明帝國的太常寺也不會認真按時祭掃，時間一長，所謂的墳塋就湮沒不顯了。
