明朝末年的農民軍起義，原因在於明朝政治腐敗，經濟崩潰，加上天災，使得邊防的軍隊因爲缺糧餉而叛變。最終清兵也從北進攻，終於使得明朝的內部流寇坐大，成爲不可收拾的局面。
流寇開始的時候是在扇貝、山西一代，後來進入河北、河南，然後波及湖廣、四川、江北，全國範圍內四面八方都是變民。
但在此時，賊寇雖然數量衆多，卻處於獨立作戰，互不統屬的狀況。他們只爲了吃上飯而四處進攻，勝利就一哄而上，戰敗就逃入山谷中躲藏。這樣的狀況，基本屬於烏合之衆，所以，明朝起初的時候進軍剿匪，非常順利，所向披靡。
到了高迎祥死後，張獻忠、李自成等人開始改變策略，他們聯合起來作戰，逐漸使得整個流寇的團體匯合成了兩股大勢力。
此後，他們開始由流竄作戰改爲大規模的攻城戰以及運動戰。他們開始對準明朝的大都市襄陽、武昌、洛陽、開封、西安等等。尤其在河南新蔡、襄城的大戰中，明朝的總督都戰死。此時，天下大勢已經基本陷入崩潰局面，明朝再也難以挽救。
剿匪期間，明朝的楊鶴、陳奇瑜、熊文燦非常失策。尤其是熊文燦，最後招降了張獻忠的時候，居然還給他們發放糧餉，達到10萬人的數額。要知道，當時明朝財政已經崩潰，入不敷出，難以維繫。熊文燦居然還把響銀給了流寇。結果，張獻忠拿了朝廷的錢，日夜練兵，最終再次叛變。
而且朝廷的兵馬也軍紀敗壞，燒殺搶掠，姦淫濫殺，無惡不作。如此，官軍就成了百姓的敵人。明朝官軍進荊襄時，百姓都簞食壺漿、爭相迎接李自成進入。所以，流寇越來越多，勢頭越來越盛。
李自成的軍隊在後來已經能夠用牛金星等士人爲謀士，並且提出了“歸闖王，不納糧“的口號，以作爲政治號召。李自成在襄陽稱大元帥時，也選用文官爲進士、舉人，形成了初具規模的小範圍科舉選官制度。
