在搜捕名單上，康有爲、梁啓超師徒風聞事變，立即在外國友人的幫助下，逃往海外避難。而其他人等或自甘授首、或躲避不及，未能逃脫追捕。徐致靖、劉光第、林旭、楊銳、楊深秀、譚嗣同、康廣仁七人被捕下獄，被判斬立決。
徐致靖在當時官至禮部侍郎，是朝中的開明派人物。在變法之初，康有爲、梁啓超、譚嗣同、黃遵憲、張元濟這五名維新干將，就是由徐致靖向光緒上書保薦的。戊戌政變後，徐致靖因此受到牽連，但由於李鴻章出面爲其求情，徐致靖最終保住了一條性命。
也正因如此，本應一同被殺的“戊戌七君子”，因徐致靖逃過了一劫，只留下了“戊戌六君子”的英雄傳奇。
讓我們回到正題。原本，清政府是有堂而皇之的理由處決戊戌六君子的。根據《清實錄·光緒朝實錄》對此事的記載，在戊戌政變後，光緒下了一道諭旨：
“主事康有爲首倡邪說，惑世誣民，……前日竟有糾約亂黨謀圍頤和園，劫制皇太后陷害朕躬之事。幸經覺察，立破奸謀。又聞該亂黨私立保國會，言保中國不保大清。其悖逆情形，實堪髮指。……康有爲學術乖僻。其平日著作。無非離經畔道非聖無法之言。”
清政府給康有爲等維新黨派公佈的幾條罪狀，一是“妖言惑衆”、二是“亂黨謀反”、三是“離經叛道”，其中最爲嚴重的就是謀反這條大罪。當時有傳聞說，康有爲等人曾得到光緒授意，謀劃率衆包圍頤和園，綁架甚至殺害慈禧太后，讓光緒重掌大權。僅僅是意圖綁架太后這條罪名，按照《大清律例》，就足以誅他們九族了。
不過奇怪的是，在處決戊戌六君子之後，無論朝野中外，都有許多人對清政府的這套說辭表示懷疑。
尤其是戊戌六君子已被斬首，死無對證，康有爲、梁啓超又拒不承認有謀反之事，導致後來清政府的宣傳工作極其被動。儘管清廷極力澄清，但大家都傾向於相信這是慈禧強加給六君子的罪名。
用最近很流行的一個詞語來說，清政府在此事件中陷入了“塔西佗陷阱”中，公信力出了問題，無論說什麼話，大家都不願相信。
清政府在此事中失去公信力，基本上是咎由自取。首先，在辦理此案的過程當中，清政府就沒有走正規的司法程序。
在《花隨人聖庵摭憶》一書中，記載了當時看守的獄卒所描述，六君子臨刑前的一則小故事。
在處決當日，獄吏提六君子出監時，帶他們從監獄的西角門走出。劉光第曾任刑部主事，知道從西角門出，意味着帶犯人到市曹斬首，於是大罵道：“未提審、未定罪，即殺頭耶?何昏聵乃爾!”
事實上，戊戌六君子處刑的確是“未審先斬”，沒有經過正式的司法流程。對不審而斬的原因，在上面那道諭旨中，光緒解釋說，
“旋有人奏稽延日久，恐有中變。朕熟思審處，該犯等情節較重，難逃法網，儻語多牽涉，恐致株連，是以未俟覆奏，於昨日諭令將該犯等即行正法。此事爲非常之變，附和姦黨，均已明正典刑。康有爲首創逆謀，惡貫滿盈，諒亦難逃顯戮。現在罪案已定，允宜宣示天下。”
這一則解釋非常令人困惑。朝廷對搜捕維新黨人，明明是出動了雷霆手段，從嚴從重、頂格處罰。但在這裏，又說害怕株連過廣，因此不等審結就先將犯人正法。這於情於理，都是不太說得過去的。
此外，前面這道諭旨，以光緒的名義來發表，也讓人疑竇叢生。誠然，慈禧用光緒名義發表這道諭旨，是想對外營造兩宮和睦的假象，防止給洋人插手宮中事務的藉口。
然而，慈禧回宮訓政，天下皆知;光緒被囚禁，也是公開的祕密。此處用光緒的口吻，來痛斥他自己之前一直重用的臣子，反而坐實了皇帝已被太后控制的事實。清政府企圖在謊言的基礎上，來澄清一個真相，是絕難得到大部分民衆的認可的。
清政府之所以這樣做，主要還是前面提到的，慈禧老太后出於擔心洋人插手大清事務顧慮。擔心拖延日久，洋人過問戊戌政變及囚禁皇帝之事，會使光緒倒向洋人一方，來與她分庭抗禮。是故慈禧決定儘快將這六人斬首，以免節外生枝。
但慈禧沒想到的是，她這樣直接將戊戌六君子公開處刑，也帶來了許多副作用。由於程序不規範、澄清的公告邏輯不嚴謹，讓國內外輿論指責大清皇權壓倒法律。即便清政府對康有爲等人謀反的指控並非無中生有，但人們都更願意相信這只是清廷單方面的欲加之罪。
清政府對此事的處理不當，讓康有爲、梁啓超師徒有機會撇清謀反舉動，將自己塑造成受政治壓迫的變法英雄，打着戊戌六君子爲改革流血犧牲的旗號，在海外散播抨擊清廷的言論，博得了許多輿論的同情，也給大清的國際形象造成極大的負面影響。
清政府指控維新黨人謀反，但康、樑卻拒不承認。那麼，究竟糾衆包圍頤和園，綁架甚至殺害慈禧太后的計劃，是否真的存在呢?
從遺留下來的史料看，儘管康有爲等人曾試圖掩蓋真相，但仍有一些蛛絲馬跡殘存了下來。綜合各方面的證據，應當認爲維新黨在當時，是有過“圍園殺後”的意圖的。
證據一：康有爲篡改光緒密詔
在維新變法後期，光緒自知變法過急，已經觸怒慈禧太后，自己的皇帝之位也是朝不保夕。爲抓住最後一根救命稻草，光緒通過楊銳向宮外的維新黨人發出了一封衣帶詔。這份詔書，後來輾轉於楊銳的兒子楊應昶、學生黃尚毅之手。1909年，他們將這份密詔交還給了清政府都察院。
“ 近來朕仰窺皇太后聖意，不願將法盡變，並不欲將此輩老謬昏庸之大臣罷黜，……今朕問汝，可有何良策，俾舊法可以全變，將老謬昏庸之大臣盡行罷黜，而登進通達英勇之人，令其議政，使中國轉危爲安，化弱爲強，而又不致有拂聖意。爾其與林旭、劉光第、譚嗣同及諸同志等，妥速籌商，密繕封奏，由軍機大臣代遞。候朕熟思，再行辦理。朕實不勝十分焦急翹盼之至。特諭。”
從這份詔書中可以看出，光緒的意圖最多隻是罷黜老謬昏庸之臣，推行變法，但前提是不能“有拂聖意”。可見，光緒當時的想法是比較保守的，其本人並未敢有劫持太后的念頭。
光緒這份密詔，主要是發給楊銳、林旭、劉光第、譚嗣同這軍機四章京的，康有爲可能也曾見過這份密詔。後來戊戌六君子被處斬，康有爲流亡海外之時，以爲這份密詔已經丟失，無人知道真實內容，於是對其內容進行了篡改。
“朕維時局艱危，非變法不能救中國，非去守舊衰謬之大臣，而用通達英勇之士不能變法，而太后不以爲然。朕屢次幾諫，太后更怒。今朕位幾不保，汝可與楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第及諸同志妥速密籌，設法相救，十分焦灼，不勝企盼之至。特諭。”
在這份詔書裏，康有爲不但把光緒的主要求助對象從楊銳換成了自己，而且還將光緒對變法之策的詢問，變成了走投無路的呼救。這樣一來，雖然康有爲並不承認有“殺後”計劃，但萬一事情敗露，也給自己鋪好了後路。憑着這一說辭，康有爲在海外募集了許多華僑捐款，說要殺回瀛臺，救出皇上。但他卻始終不肯把這份詔書的原件公佈出來。
證據二：袁世凱的說法與梁啓超的信件
關於維新黨人意圖謀反的舉動，主要是由袁世凱抖出來的。後來，袁世凱也在《申報》上公開了他當年的日記。在這段戊戌日記中，袁世凱記錄了在政變前夜，譚嗣同前來邀他共謀大計，劫持慈禧以歸政光緒的過程。
“(譚嗣同)出一草稿，如名片式，內開：‘榮某廢立弒君，大逆不道，若不速除，上位不能保，即性命亦不能保。……迅速載袁某部兵入京，派一半圍頤和園，一半守宮，人事可定，如不聽臣策，即死在上前。’各等語。予聞之魂飛天外，因詰以：‘圍頤和園欲何爲?’譚雲：‘不除此老朽，國不能保。此事在我，公不必問。’”
也正是基於袁世凱的指控，清政府纔給維新黨定了謀反之罪。對於袁世凱的說辭，康、樑二人均矢口否認。在1908年，康有爲給光緒的同父異母弟，攝政王載灃寫了一封書信。在書信中，康有爲給自己進行了辯白。
“戊戌春夏之交，先帝發憤於中國之極弱，強鄰之侵凌，毅然維新變法以易天下。其時慈宮意旨所在，雖非外廷所能窺伺，就令兩宮政見小有異同，而慈孝感召之誠，終未嘗因此而稍殺。自逆臣世凱無端造出謀圍頤和園一語，陰行離間，遂使兩宮之間常有介介，而後此事變遂日出而不窮，先帝所以備歷艱險以迄今日，實惟此之故。”
按康有爲信中之意，維新黨意圖謀反，完全是袁世凱生造出來的。他還把光緒皇帝被慈禧囚禁十年的責任，全都推到了袁世凱一人的頭上。當時載灃正想借機打擊袁世凱，因此康有爲的說辭，頗能中其下懷。
但是康有爲的說法，卻有一個疑點。因爲當年譚嗣同想拉袁世凱下水，袁爲保命而向太后出賣他們，道理上是說得通的。但若維新黨沒有謀逆之舉，袁世凱卻誣告他們謀反，不但對袁自己沒什麼好處，反而會因此擔上巨大的風險。袁世凱乃精明絕頂之輩，斷不會爲這種有百害而無一利之事，賭上自己的政治前途。
近年來，學者楊天石在《萬木草堂遺稿外編》中，發現了當年梁啓超寄給康有爲的一封書信，對破解上述難題頗爲關鍵。信中說道：
“師所上監國書奉到時。袁賊已敗，故措詞不能不稍變易，已僭改若干，謄寫遞去矣。戊戌密謀，鄙意謂必當隱諱，蓋投鼠忌器，今兩宮皆殂，前事非復嗣統者所忍言。非傷德宗，傷孝欽，爲監國計，實無從理此曲直也。故弟子寫信入都，皆力辯戊戌絕無陰謀，一切悉由賊虛擬，專歸罪於彼一人，則能夠開脫孝欽，而事易辦，師謂何如?望爾後發論，跟此一線，以免異同，爲叩。”
原來康有爲前面這封《上攝政王書》，原稿是先寄給了徒弟梁啓超，再由梁啓超代呈給載灃的。梁啓超在信中說，自己對康有爲的上書進行了一些修改，而修改的部分，就是當年的“戊戌密謀”。
從梁啓超的字面意思理解，應該可以推斷，在康有爲一開始的上書中，是透露了些許當年維新黨謀反的祕密的。但梁啓超認爲此事若公告天下，輿論將對己不利。於是梁啓超對這封上書進行了“僭改”，並要求康有爲和他統一口徑，咬定“一切悉由賊(袁世凱)虛擬，專歸罪於彼一人”，以免兩師徒說法不一致，讓人給留下了口實。
此封書信本意爲掩蓋戊戌真相，不料後來未被銷燬，反而成了揭露真相的關鍵證據之一。
證據三：塵封多年的日記浮出水面
在當年的“圍園殺後”計劃中，譚嗣同對袁世凱說，“我僱有好漢數十人，並電湖南招集多人”。因此，這裏面還有一位關鍵人物，即維新黨僱傭而來，組織進行最後“殺後”這一步驟的實施者。他的名字，叫做畢永年。
畢永年是湖南長沙人，在“圍園殺後”失敗後，他逃到了日本，後來加入了孫中山的興中會。在上世紀80年代，日本外務省公開了一批檔案，其中就有畢永年當年關於這一事件的日記《詭謀直紀》。
在日記中，畢永年記錄了行動開始前，康有爲與他的祕密對話。一則爲：
“或以百人交汝率之，何如?至袁統兵圍頤和園時，汝則率百人奉詔往執西后而廢之可也。”
另外一則是梁啓超轉達康有爲的命令：
“頃樑君謂我雲，先生(康有爲)之意，其奏鋼皇上時，只言廢之，且俟往頤和園時，執而殺之可也。未知畢君肯任此事乎?”
若畢永年此日記不是僞造，從公佈的資料來看，基本坐實了當年康有爲等維新黨策劃“圍園殺後”的陰謀。只是康、樑師徒爲了自己政治上的利益，對此三緘其口，一直在竭力掩蓋真相。而袁世凱公佈的所謂真實記錄中，其實也有爲自己文過飾非，篡改史實的行爲。因此，袁世凱和康有爲等人在這段歷史上糾纏不清，無非都是爲自己一方的利益集團服務而已。
