在時間上，王之仁是南明歷史上叛清反正較早的一位級別較高的大臣。
一、反正始末
弘光元年(1645)五月，弘光皇帝被叛將田雄、馬得功等人脅迫，向清王朝屈膝投降。建立僅僅一年的弘光朝廷宣告覆滅，南明王朝再次到了擇立新君的關鍵時期。
不甘心失敗的南明官紳，於六月初八日，在杭州城擁立潞王朱常淓監國。但是，潞王這廝卻是個扶不起的阿斗，僅僅監國六天，清軍兵臨城下，貪生怕死的他就趕緊主動向清王朝投降了。
儘管君王無能，可明朝的官紳卻不甘心做亡國奴。鄭遵謙發動紹興府官紳起來造反，殺死清朝委任的知府等官吏，寧波府生員董志寧等人也發起了反抗清朝民族壓迫的鬥爭。董志寧等人發動的抗清鬥爭熱潮，損害了一心降清的明朝原太僕寺卿謝三賓的利益，他派人到定海，找到已經降清的原明朝防倭總兵王之仁，希望藉助他的兵力剿滅董志寧等抗清民衆，許諾以千金相酬。
在寧波府的原明朝刑部員外郎錢肅樂支持抗清復明，也派人來爭取王之仁的支持，希望他叛清反正，重新回到明朝這邊，堅持抗清。
王之仁對雙方的邀請均答應下來，讓他們的使者先回去。
王之仁如約按期來到寧波府，參加抗清復明的集會。
謝三賓見王之仁駕到，一顆懸着的心總算落地了，幻想着王之仁帶來的軍隊將抗清民衆剿殺時的情形，不由得喜上心頭。
王之仁一落座，便從靴子裏抽出一封信。
衆人疑惑地看着他，不知道是什麼意思。
只見王之仁當衆將信裏的內容讀了出來。衆人大驚，原來讀的是謝三賓寫給他的，想借助他的兵力剿滅寧波府反清復明民衆的信。
謝三賓又驚又怕，奔上前去，想奪回自己寫的那封信。
王之仁下令將謝三賓抓住，問錢肅樂：“殺他祭旗，如何?”
謝三賓聽此，嚇得癱了，一邊痛哭，一邊跪下求饒，並說願意出一萬兩白銀充作軍餉。衆人考慮到謝三賓好歹也曾是同僚，就把他放走了。
此後，王之仁就算是公開叛清反正了，重新回到了明朝抗清陣營中。曾經追隨潞王監國卻不願隨潞王降清的明朝總兵方國安率部一萬多人趕到錢塘江東岸，與王之仁的隊伍聯合抗清，抗清陣營實力得以增強。
二、擁戴魯王
潞王朱常淓降清後，南明又面臨着無國君的尷尬境地。當時，許多明朝的宗室王爺都跟着福王、潞王降清了，浙江一帶只有台州的魯王並未降清，最後被殘明勢力選中。
這年閏六月十八日，原明朝兵部尚書張國維等人勸魯王就任監國，十日後再次勸進。
魯王朱以海於七月十八日到達紹興，宣佈就任明朝的監國，改明年爲監國元年，算是建立了南明的又一個小朝廷。
王之仁因爲擁立有功，賜封爲武寧侯，不久晉升爲興國公。
可是，這邊魯王才就任監國，南邊傳來唐王在福建稱帝，建立隆武政府的消息。監國小朝廷內一片紛亂，有的大臣主張以和爲貴，接受這既成的事實，承認隆武皇帝，與之一起抗清;但是，王之仁等人認爲不能承認隆武皇帝，因爲一旦承認，就要接受其領導，還是自主作戰爲好，以保住現有的地位。
後來，隆武朝廷與監國朝廷發生了矛盾，甚至兵戎相見，直接導致了抗清團體內部分裂，抗清實力被削減，王之仁等人是要負責任的。
爲了與隆武朝廷爭正統，王之仁督兵主動出擊，相繼收復了浙江一些府縣，擴大了監國政權的領地和影響力。
這年八月，王之仁率部進攻省會杭州。之前，他就派人聯絡上了杭州附近的幾股抗清義軍，約定共同進攻省城。到這一天，王之仁遲遲不見義軍來會合，有些疑惑，但是又不肯放棄這個機會，就指揮軍隊進攻。
省城裏的清軍大多是明朝投降過去的軍隊。王之仁派人到城下謾罵守軍，希望激怒他們開城交戰。不料，守軍不爲所動，只用紅衣大炮轟炸明軍。明軍不敵，只好撤退。
十二月，王之仁等人派兵渡過錢塘江，再次進攻杭州。清朝總督張存仁督軍迎戰，將明軍打敗。此戰，明軍損失副將十一人，副將以下四十八人，被殺士卒六千多人。
經此大敗後，王之仁建議固守錢塘江，不要輕易再渡江作戰，等待時機。
三、殺身成仁
魯王監國元年(1646)二月，清朝多羅貝勒博洛以徵南大將軍職銜領兵南下，進攻浙江。
五月，博洛帶領的八旗軍渡過錢塘江，擊敗扼守錢塘江的方國安部軍隊，明軍慘敗。魯王被迫乘船航行海上，一如當年南宋的趙構故事。
六月初一，博洛佔領魯王監國的大本營紹興，魯王的宮眷、世子被俘虜。方國安等人見此，認爲大勢已去，慌忙降清。
王之仁不甘心失敗，帶領兵船數百艘，欲去舟山羣島，想聯合隆武帝治下的黃斌卿，一同抗清。黃斌卿知道王之仁的部衆超過自己，怕他來後反客爲主佔領了自己的地盤，就開炮轟炸王之仁部的兵船，炸沉近百艘，未被炸沉的盡爲黃斌卿所奪。
王之仁對黃斌卿做下這令親者痛仇者快的罪過之事十分憤恨，知道事已不可爲，就把家屬乘坐的船鑿漏而沉，殘兵遣散，監國頒發的大印拋入海中，自己駕駛一艘船，去南京見洪承疇。
洪承疇很高興，勸王之仁降清，許以高官厚祿，被他拒絕。王之仁正色道：“我乃明朝大帥，國亡當殉國，恐葬於大海，身死而不爲後世所知，特來投見，欲死於明處耳!”
洪承疇還不泄氣，一心勸王之仁剃髮降清，被他大罵一頓：“當年先帝以爲你殉國了，追贈你高官，爲你立廟祭拜，照顧你的妻子，你卻忘恩負義，認賊作父，引狼入室，毀我宗廟，殺我民衆，如此通天之罪，你可比李陵、衛律還偉大啊!”
洪承疇聽此，簡直無地自容，登時羞惱成怒，下令將其殺害。
