秦始皇陵建於秦王政元年(前247年)至秦二世二年(前208年)，歷時39年，是中國歷史上第一座規模龐大，設計完善的帝王陵寢。 丞相李斯爲陵墓的設計者，少府令章邯監工，共徵集了72萬人力，動用修陵人數最多時近於80萬，幾乎相當於修建胡夫金字塔人數的8倍。 陵園工程修造了39年，一直至秦始皇臨死之際尚未竣工，二世皇帝胡亥繼位，接着又修建了一年多才基本完工。
秦子嬰元年(前206年)，秦始皇陵遭遇了第一次也可能是最大一次的劫難。據《史記·高祖本紀》 、《漢書·卷一·高帝紀第一上》 、《漢書·卷三十六·楚元王傳第六》 記載，項羽攻入關中後，大規模破壞秦始皇陵，地面建築毀於一旦，並挖掘了帝陵。
當項羽這支江東大軍進入咸陽後，竟在一天之內就將秦國皇親國戚八百餘人，連同4000名文武官員全部斬首示衆。秦王子嬰也被項羽親自用方天畫戟扎胸腹，扔到街心而氣絕斃命。隨後，8000江東子弟兵潮水般涌入秦宮,將財寶、美女搶劫一空，緊接着又一把大火將包括阿房宮在內的宮殿、樓閣燒成一片廢墟。這支以復仇爲目的的軍隊，在東返路過秦始皇陵園時，項羽又下令挖掘陵墓、搶劫財寶，搗毀一切可能搗毀的建築。大火在陵園升起,數日不滅。72萬人費盡39年心血建築的陵園，在大火中變爲一片焦土瓦礫。這是有史可查的秦始皇陵園遭到的第一次也是最爲致命的一次劫難。
劉邦擊敗項羽後，定都長安，建立西漢。爲了籠絡天下人心，於漢高祖十二年(前195年)，下令對秦始皇陵妥爲保護，着令20戶人家住在秦陵附近，作爲守陵人看管秦始皇陵。此後，各朝各代的統治者對秦代帝王陵墓，都下令保護。
但即使如此，秦始皇陵也未得安穩。《漢書·劉向傳》記載，有一小孩在秦陵附近放羊，結果有一隻羊掉入地洞中，小孩子打着火把到地洞中去尋找，不料竟然走進了秦陵地宮，引發大火，將秦始皇的棺槨燒掉了 。對《漢書》所記，《水經注·渭水》也作了補充:"牧羊人尋羊燒之，火延九十日不滅。"
後趙時，曾割據爲王的關中人石勒和石季龍兩兄弟派人來到河南，用探鏟探到了戰國時期趙簡子墓的確切位置後，趁夜深人靜偷偷地挖掘起來，很快進入墓穴隧道。此時趙簡子墓已滲入數尺積水無法行進，他們便以盜墓人特有的方法制作了用牛皮囊向外排水。時值秋天，當他們剛剛將墓道中的積水時，外面的雨水又沿着挖開的通道灌了進來，反而積水更多。一個月過去了，積水始終沒有排除，盜墓者不得不先堵死通棄趙簡子墓而來到秦始皇陵，並在封土以外不遠處挖掘起來。他們的苦心沒有白費，終於打通了地宮隧道，盜走了隧道門旁裝的銅柱數根。正在他們進一步向地宮深處挖鑿時，被守陵人發並迅速報官，纔不得不含恨忍痛棄陵而逃。
唐末黃巢起義軍攻克長安後，作爲起義軍首領的黃巢本人親自派兵公開盜掘秦始皇陵園，以補充軍費和兵器的不足。這次盜掘是繼項羽之後對秦始皇陵園的第二次大規模洗劫。也就在這次劫之後不久，黃巢軍兵敗長安，帝國皇帝之夢也從此破碎。
清道光年間，秦始皇陵封土遭到了暴雨流水的衝擊，陵墓北面的半腰間，也在暴雨衝擊中塌陷出一個很深的洞窟。這個洞窟被附近村一個老漢發現，並立即傳播開來。消息被一個外號叫“白狼”的當地土匪頭子知道後，立即率人以探測陵園爲由進入洞窟，所有入洞者大吃一驚的是，這個洞窟竟通入陵墓地宮。“白狼”命人取了大批的珍寶帶出洞外，溜之大吉。守陵人得知後立即報告了官府，洞窟由此被堵死，隨之加緊了陵園的看管，洞窟再未被掘。
據推測，這個洞窟很可能是當年黃巢大軍掘陵時所打開的通道之一，掘陵部隊在離開時，草草地將洞掩飾起來，以備將來再盜時能順利打開。但隨着黃巢的兵敗，這些當年封洞的將軍再也有回來。隨着歲月的流逝，洞窟也就成了不被人知的祕密。只是偶然的一場大雨又使它重見天日，從而使陵墓再一次遭到洗劫。
清朝滅亡後，隨之而起的是天下紛爭、軍閥混戰的局面。陝西軍閥派兵挖掘了秦始皇陵，並取走了大批珠寶。這是項羽、黃巢之後又一次對秦陵的大規模兵燹。解放戰爭時期，國民黨駐西北軍隊爲抵抗解放軍的攻擊，以秦陵爲制高點，在封土四周挖掘出數條戰壕，致使面目全非的秦始皇陵園雪上蒙霜，千瘡百孔風雨剝蝕，戰爭使後人已無法得知當年的形狀。
