在中國歷史上，有一個纏繞了幾千年的大難題，那就是中原王朝經常會受到北方遊牧民族的侵襲。其中，在南宋末年，北方的蒙古迅速崛起。1279年，蒙古大軍在廣東崖山打敗了南宋勢力，佔領了中國全境。這也是中國歷史上第一次徹底被外來民族所佔領。
1368年，朱元璋建立了大明王朝，並將蒙古統治者趕回了草原。之後，曾經雄霸一時的蒙古帝國就日漸衰落。可是，明朝雖然打敗了蒙古，卻始終無法將其徹底降服。在明朝正統十四年(1449年)的時候，明英宗朱祁鎮率50萬大軍御駕親征瓦剌(蒙古的一個分支)，結果在土木堡(今河北懷來)吃了大敗仗，明英宗本人也成了瓦剌的俘虜。
後來，蒙古各部之間矛盾激化，相互征戰，所以明朝北部的邊患問題暫時緩解。明朝政府還通過貿易控制等手段，讓一些蒙古部落對明朝稱臣。但從始至終也無法徹底搞定蒙古問題。
後金(清朝的前身)在東北興起後，對明朝和蒙古各部都形成了威脅。察哈爾部的林丹汗(蒙古帝國第35任大汗)採取了聯合明朝共同抗金的策略，不過並未奏效。在不到二十年的時間裏，後金橫掃蒙古各部。1636年，後金大汗皇太極被奉爲蒙古大汗。同年，皇太極改國號爲大清，即後來的清朝。
此時，蒙古雖然已經被征服，但這種征服是靠強大的武力實現的。一旦清朝實力不濟，對蒙古的控制勢必無法持續。爲此，清廷採取了一些非常有效的控制手段。
首先是分旗制度。從前蒙古各部可以比較自由的放牧，但清朝給蒙古的王公都按旗劃分了固定的牧區，各旗只能在自己的牧區放牧，這樣就割斷了各部之間的傳統聯繫。更重要的是，從前從屬於一位首領的大部落，被劃分爲好幾個旗，每個旗都有各自的札薩克(執政官)，直接向清政府負責，這樣就大大削弱了原來那些大部落首領的實力。
旗的上級單位是盟，合數旗而成，最高長官叫盟長。盟受清政府的嚴密控制，每三年聚會一次，主要就是調解各旗之間的糾紛，沒有什麼特別的權力。
清朝採取第二個控制蒙古人的辦法就是利用宗教的影響力。蒙古人信奉西藏的黃教，即格魯派。清廷就利用這一點籠絡蒙古各部的宗教勢力，但同時清政府又極力阻止蒙古發展一個統一的宗教領袖。哲布尊丹巴呼圖克圖是一位在蒙古人心中擁有很高聲望的活佛。清廷爲了抵消他的影響力，又特意扶持了另一位宗教領袖章嘉呼圖克圖，來牽制哲布尊丹巴的影響。爲了防止貴族同宗教領袖結盟，清朝還規定不許從貴族家庭中尋覓轉世活佛。
清朝對蒙古採取的控制手段雖然挺高明，但這些是在“術”的層面。還有一個讓蒙古徹底臣服的重要原因是因爲清朝趕上了好時候。
從十六世紀開始，來自歐洲東部的沙皇俄國開始不斷向遠東地區擴張。這就直接導致了蒙古人的生存空間越來越小。到了清朝初期，此時還處於獨立狀態的喀爾喀蒙古(漠北蒙古族諸部的統稱)就面臨很尷尬的境地，一邊是強大的沙皇俄國，另一邊是強大的大清帝國。以當時的形勢而言，喀爾喀蒙古被吞併只是時間問題。最終，喀爾喀蒙古選擇舉旗投向和自己信奉同一宗教的清朝。
此外，隨着武器技術的發展，火器應用越來越廣泛。過去所向無敵的蒙古騎兵在火器面前全部成了活靶子。所以，蒙古的實力就越來越弱，自然也就沒能力搞事情了。
