劉裕掌控朝廷，荊州刺史劉毅忌妒，意圖舉兵。412年劉裕搶先討伐之，劉毅兵敗自殺。譙蜀爲東晉叛將譙縱所建。在405年時，益州刺史毛璩率軍討伐江陵桓振，蜀軍不願遠征，便推譙縱爲主叛晉。
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隨後攻陷成都，殺死毛璩，譙縱也自號成都王。408年晉廷派劉敬宜率軍討伐但失敗。413年劉裕派西陵太守朱齡石率軍西伐，攻佔成都。譙縱敗退自殺，譙蜀亡。
盧循爲孫恩繼承人，桓玄爲安撫之任爲永嘉太守，但他仍不斷襲擾沿海。404年盧循由海路攻佔廣州，隔年晉廷爲安撫而命他爲廣州刺史。410年盧循趁劉裕北伐南燕之機，與其姐夫徐道覆分二路北伐，合潰劉毅於桑洛州(今江西九江市)，乘勢攻入京師建康，史稱盧偱之亂。
此時劉裕已趕回，盧循和徐道覆發生內訌，盧循久攻京師不破，撤守尋陽。10月徐道覆進攻江陵，爲守將劉道規所敗。12月盧循敗於晉軍，退守廣州。411年劉裕派兵擊殺徐道覆。盧循最後於交州被交州刺史杜慧度殲滅，投水自殺，至此亂事平定。
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劉裕消滅若干異己後，爲了名正言順稱帝，先後發動兩次北伐。當時南燕慕容超屢屢入侵，409年劉裕率軍伐南燕。於次年攻破南燕都城廣固，擒殺慕容超，南燕亡。
而後因盧循叛亂，劉裕回師。後秦因爲屢遭夏主赫連勃勃入侵，國勢大衰，幼主姚泓初立。416年12月劉裕再度北伐，連克許昌、洛陽。隔年劉裕兵分兩路圍攻關中，最後攻破長安，後秦亡。
但於該年冬天，留守京師的劉穆之突然去世，爲免朝廷生變，劉裕不得不親返。他命其幼子劉義真同王鎮惡、沈田子等諸將防守長安，後來諸將內鬨，夏主赫連勃勃率軍攻擊。
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417年冬劉裕命劉義真等將領率軍東歸，遭夏軍追擊，元氣大傷，至此北伐結束。關中失守後，劉裕開始積極謀取帝位。同年劉裕殺晉安帝，立其弟德文，爲晉恭帝。
420年劉裕廢晉恭帝自立，建國宋，史稱南朝宋，是爲宋武帝，東晉至此滅亡。439年北魏統一華北後，至此進入南北朝時期。
