扈爾漢出身於滿洲古老姓氏佟佳氏，家族世世代代居住在雅爾古寨，父親扈喇虎是努爾哈赤的妹夫。早年時期扈爾漢的父親扈喇虎與族人發生了衝突，被迫離開部族歸順了努爾哈赤。1583年，努爾哈赤以祖、父所遺留的十三副鎧甲誓師起兵，開始了統一女真各部的征程。僅過了6年，努爾哈赤已經差不多統一了建州女真等部，當時扈爾漢已經13歲了，而父親又去世得早，努爾哈赤對自己的這位外甥特別喜愛，就把他收爲養子。爲了報答努爾哈赤的養育之恩，扈爾漢誓死效忠努爾哈赤，每次作戰都衝在最前面，深受努爾哈赤的賞識。
海西女真四部之一的烏拉部是努爾哈赤統一女真道路上一塊棘手的絆腳石，當初瓦爾喀部蜚悠城主策穆特黑不堪忍受烏拉部的欺辱，請求歸順努爾哈赤，努爾哈赤便派弟弟舒爾哈齊與兒子褚英、代善、扈爾漢等人率領三千人馬前去迎接，卻不想遭到了烏拉部的堵截和追殺，當時扈爾漢浴血奮戰與褚英和代善一同擊退了烏拉部。此後，扈爾漢在剿滅烏拉部的戰爭中立下了赫赫軍功，被努爾哈赤賜號"達爾漢"。
1616年，努爾哈赤在赫圖阿拉城稱汗，建立大金政權，史稱後金，年號天命。努爾哈赤隨後對手下將領進行了賜封，扈爾漢憑藉多年戰功與額亦都、費英東、何和禮、安費揚古等人一起被封爲開國五大臣，扈爾漢執掌滿洲鑲白旗。
扈爾漢一生的高光時刻是在薩爾滸大戰之中，當時努爾哈赤基本統一了女真各部，成爲明朝在遼東的巨大威脅。於是，明廷派楊鎬率領四路大軍前去征討努爾哈赤，扈爾漢與其他衆貝勒先是擊破了杜鬆、馬林等部，後來董鄂路的明將劉綎孤軍深入，但是劉綎是一位作戰經驗十分豐富的將領，而且作戰勇猛，素有“晚明第一猛將”之稱。當時，牛錄額真託保阻擋不住劉綎的進攻，初戰不利，扈爾漢與託保合兵一處後東西夾擊，將劉綎部屬團團圍住，劉綎力戰不詳戰死於沙場。
隨後不久，扈爾漢又隨努爾哈赤拿下了瀋陽，擊敗了明朝總兵賀世賢，天命八年(1623)，扈爾漢病逝，終年48歲，養父努爾哈赤感念扈爾漢的功勞，親自參加喪事進行弔唁，以盡哀思。究其一生，佟佳·扈爾漢不失爲一名勇猛的後金戰將，在努爾哈赤早年創業時期做出了突出的貢獻，立下了赫赫戰功。
