圓明園在1860年遭受了英法聯軍的毀滅性破壞，他們掠奪珍寶、焚燬全園建築，園區被火燒之後荒涼滿目。但事實上，整個劫掠過程只在幾天之內，英法軍離開後，園內還留有不少建築遺蹟，有的建築還算完整，同治時期，園內部分建築還經過短期重修。
四川毛澂先生在1877年遊園後，說：“無屋不隨山曲折，無山不在水中間……遠過秦地宜春院，肯數吳王消夏灣。”說明園內山水原貌仍在，一些小規模建築基本完好。
1905年，康有爲遊圓明園時，還看到“雖蔓草斷礫，荒涼滿目，而壽山福海，尚有無數亭殿……竟曰僅能遊其一角。有白石樓一座三層，玲瓏門戶，刻畫花卉，並是歐式”。
可見，英法軍火劫後的圓明園，在劫後40餘年裏依舊保持原有形象，不能燃燒的牆、門、臺基建築，英法軍離開後依舊存在的花木、山、水、疊石、道路、橋樑及部分完整的建築仍在。但這與今天圓明園的情況完全不同，那麼，是誰將它再次徹底毀滅了呢?
“木劫”
1900年八國聯軍入侵北京，京城內外一片混亂，駐守西郊的散兵、太監、惡霸闖進圓明園，再次洗劫陳設、殿堂。而這一時期，外軍撤離，京城處無政府狀態，圓明園幾乎無人看管，即使有人看管，也會被偷盜者暴打一頓，所以看管在那時根本不起作用。
八旗兵、土匪、百姓趁機紛紛涌向園內後，破壞雙鶴齋、海嶽開襟等殘存建築，建築、木橋的柱子，全部被鋸斷，作爲木料運走。“拆匪”們還砍伐松柏作爲木材來變賣錢財，把全園所有的大小樹木砍伐殆盡。那期間，東直門內木材堆積如山，交易旺盛，到處炭廠林立，一切小料、樹枝、樹根全部燒了炭，而這些材料大部分源自圓明園，這次破壞性的劫難爲“木劫”。
“石劫”
木頭被砍伐殆盡後，就只有盜取石頭的份了。清末溥儀時期曾記錄：“軍人押車每日10餘大車拉運園中太湖石。”北洋軍閥把圓明園作爲取之不盡的建料場，徐世昌拆走圓明園內鳴春園與鏡春園的木材，王懷慶拆毀園中安佑宮大牆及西洋樓石料等等。大量精美的石材被一車車的運走，用以裝飾私人庭院、公園。
圓明園遺址照片中，我們熟悉的西洋樓建築、皇家在園中的祖廟安佑宮等，這些氣勢雄偉的建築，是石劫中遭受損失最大的。後來，安佑宮和周圍牌坊蕩然無存，甚至僅存的兩對華表也公開拆運了。現在一對華表聳立在北京大學西門內教學樓前，另一對則成了北海旁“北京圖書館”門前的裝飾品。西洋樓遺址的漢白玉及磚瓦也多被軍閥官僚運走，或被石作坊買去，就地改刻爲其他石料。
中華民國初期，圓明園廢墟中，無論地面的方磚、屋瓦、牆磚、石條，還是地下的木釘、木樁、銅管道等，但凡有用之物都被洗劫一空，無數量大車一拉就拉了20多年!這就是圓明園“石劫”。
“土劫”
火劫、木劫、石劫三次劫難後，圓明園建築所剩無幾，只剩下盜不走的山形水系。日本佔領時期的1940年前後，北京糧食極其緊張，京城上下大行開荒，有人平山填湖開闢稻田。到新中國成立後至文革間期間，人們挖土山填湖、挖建築的地基、在院內辦養雞場，部隊用園區作基地等等，這一次，園內山形水系徹底破壞殆盡，是爲土劫。從此，圓明園遺址的痕跡從歷史上徹底抹掉。
