在今新疆境內，歷史上有很多民族在此聚居，清朝時的準噶爾部就是其中之一。17世紀，準噶爾貴族逐步統一衛拉特各部，雄踞天山南北，建立了自己的勢力。這一勢力與清代的康、雍、乾三朝相持長達近百年，其中發生了很多波詭雲譎的事件，阿睦爾撒納的叛亂就是其中之一。
假意投清 消滅對手
乾隆十年(1745)，準噶爾首領噶爾丹策零病逝，準噶爾統治集團內部爲爭奪汗權而內訌，展開了激烈的鬥爭，準噶爾名將大策零敦多布之孫達瓦齊取得了準噶爾的最高權力，其最重要的同盟者，就是輝特部臺吉阿睦爾撒納。阿睦爾撒納(1722—1757)，爲策妄阿拉布坦(1665-1727，準噶爾部首領)之女博託洛克之子。起初，博託洛克嫁拉藏汗之子噶爾丹丹衷，丹衷死後，博託洛克帶着身孕改嫁輝特臺吉衛徵諾顏，此遺腹子就是阿睦爾撒納。阿睦爾撒納在準噶爾汗位之爭中，支持達瓦齊，打敗了其他對手。他與達瓦齊的結盟，只是爲了壯大自己的勢力。對此，乾隆帝看得很清楚:“準噶爾臺吉乃綽羅斯世傳，伊(指阿睦爾撒納)系輝特，勢不能邃行竊踞，遂以達瓦齊爲奇貨，誘助攻殺，伊得從中取事”，並伺機取而代之。阿睦爾撒納不斷積聚自己的力量，當他羽翼漸豐，勢力範圍也不斷擴大的時候，乾隆十八年(1753)十月，便派人至達瓦齊處，要求管理伊犁以北直至阿爾泰山的廣大地區，而讓達瓦齊只管轄博羅塔拉以南地區。此舉遭到達瓦齊的拒絕，他們的聯盟至此宣告破裂，開始互相征伐。
十一月，達瓦齊遣兵征伐阿睦爾撒納，三戰皆敗。次年六月，達瓦齊重整軍旅，命沙克都爾曼濟率軍3萬掠阿睦爾撒納牧區，又命塔爾巴什率兵3千夾擊，阿睦爾撒納慘敗。七月初，阿睦爾撒納、納默庫、班珠爾共率4000戶2萬餘口，向清朝投誠。
乾隆帝此時正擬出兵伊犁，平定達瓦齊，對阿睦爾撒納率衆歸附十分重視，即命侍郎玉保、副都統唐喀祿等帶領喀爾喀王公前往賑濟，發放牛羊、口糧，使其部衆暫時遊牧於烏里雅蘇臺附近的扎布汗河一帶，並晉封阿睦爾撒納爲親王，納默庫、班珠爾爲郡王，給予優厚待遇。
阿睦爾撒納在熱河避暑山莊覲見乾隆帝時，力陳衛拉特內亂情形，懇求清廷立即出兵討伐達瓦齊。乾隆二十年(1755)二月，清廷決定分兩路向伊犁進發，命班第爲定北將軍，阿睦爾撒納爲定邊左副將軍，負責北路進軍;永常爲定西將軍，薩喇爾爲定邊右副將軍，負責西路進軍。五月中下旬，清軍佔領伊犁。達瓦齊節節敗退，在向喀什噶爾逃跑的過程中，被烏什城伯克霍吉斯所擒，押解到清軍大營，並送往北京，後被乾隆帝特赦，病死於北京。 野心勃勃 故技重施
清廷消滅達瓦齊勢力後，決定“將衛拉特分封四汗，賞功策勳，用獎勞績”。封車凌爲杜爾伯特汗，阿睦爾撒納爲輝特汗，班珠爾爲和碩特汗，噶勒藏多爾濟爲綽羅斯汗，並晉封阿睦爾撒納爲雙親王，食親王雙俸。但阿睦爾撒納並不滿足。他歸附清朝，本就是一個策略，現在借清廷之手已把自己最大的對手達瓦齊勢力消滅，統治四衛拉特成爲他下一個目標。
阿睦爾撒納在率領清軍進兵伊犁前，就通過班珠爾、納噶察等親信製造他要當四部總汗的輿論。達瓦齊被擒後，他便以總汗自居。他雖貴爲清朝的親王、定邊左副將軍，但不用清纛(古代軍隊中的大旗)，不穿官服，不戴清廷所授黃帶孔雀翎，不用清朝所頒官印，並啓用噶爾丹策零時琿臺吉菊形篆印行文各部，並“用鈐記行文，調兵九千”至布魯特、哈薩克邊境，擁兵自重。
對阿睦爾撒納的這些行爲，清廷早有察覺，便指示定北將軍班第力促阿睦爾撒納早日入覲，欲在其到達內地後將其剪除。詭計多端的阿睦爾撒納亦察覺到事情有變，他於八月初十日從伊犁起程入覲，一路遲延不進，窺測局勢，行至烏隆古河時，阿睦爾撒納便公開反叛，並急馳至伊犁。八月二十九日，阿睦爾撒納軍包圍了班第的鎮守軍，清軍只有500人，班第、鄂容安兵敗自殺，薩喇爾被俘。
面對突變的形勢，乾隆帝及時採取了一些措施。乾隆二十年 (1755)九月，重封衛拉特四部汗王，噶勒藏多爾濟爲綽羅斯汗，車凌爲杜爾伯特汗，沙克都爾曼濟爲和碩特汗，巴雅爾爲輝特汗，臺吉3人封公，4人授扎薩克一等臺吉，7人授扎薩克，宰桑2人授內大臣，5人爲散秩大臣。這一措施旨在穩定衛拉特貴族之心，解除後顧之憂。隨即令策楞爲定西將軍、達爾黨阿爲定邊左副將軍、扎拉豐阿爲定邊右副將軍，組織第二次遠征伊犁。
乾隆二十一年(1756)二月，西路軍由策楞、玉保統率，北路軍由哈達哈等統率，向伊犁進發。阿睦爾撒納反叛後，並沒有出現如他所預期的紛起響應反清的局面。許多首領反叛不久就倒戈相向，與阿睦爾撒納爲敵。準噶爾部再次陷入混戰之中。阿睦爾撒納面對清廷大軍壓境，無法組織有效抵抗。爲緩兵計，他曾兩次僞裝投誠，並取得清軍信任，停止對他的追剿，贏得了喘息時間，卻使清軍在近一年的追剿中無所進展。乾隆二十二年(1757)二月，清廷調整統帥，決心全殲阿睦爾撒納。命成袞扎布爲定邊將軍，兆惠爲定邊右副將軍，車布登扎布爲定邊左副將軍，調集滿洲、索倫、蒙古、察哈爾、吉林等地兵馬，兵分兩路，再次征伐準噶爾。
走投無路 命喪異國
此時，準噶爾內叛亂的諸臺吉、宰桑等，內訌不已，加之部落內瘟疫流行，人畜大量死亡。六月，清軍幾乎兵不血刃順利抵達伊犁。阿睦爾撒納再次逃入哈薩克阿布賚汗處。當時，阿布賚懾於清廷的威力，恐招致清軍的攻擊，就遣使向清廷表示願將阿睦爾撒納擒獻清廷。此舉被阿睦爾撒納覺察，乘夜帶妻子親隨8人，盜馬沿額爾齊斯河投奔俄國。沙俄一直在密切關注着準噶爾的形勢，並屢屢向阿睦爾撒納表示歡迎其投誠，故阿睦爾撒納投奔俄國絕不偶然。乾隆二十二年九月，阿睦爾撒納染上天花病死，時年35 歲。當阿睦爾撒納逃往沙俄時，乾隆帝即命理藩院行文沙俄外交部進行交涉，要求其按兩國商定的彼此不納逃人的協議，交出阿睦爾撒納。沙俄則推延不交。直到阿睦爾撒納死後，沙俄纔將其屍交給清朝。
至此，準噶爾部平定。在乾隆二十年(1755)平定準部達瓦齊勢力後，乾隆帝曾諭內閣:“準噶爾諸部盡入版圖……其山川道里應詳細相度，載入皇輿全圖。 ”在平定阿睦爾撒納叛亂後，清廷對新疆地區的地圖繪製正式開始。何國宗、明安圖等人繪製的52幅地圖，完整地包括了準噶爾統轄的疆域。在今天承德避暑山莊東北面的山麓上，有一座美麗的普寧寺。寺中有一塊《平定準噶爾後勒銘伊犁之碑》，用滿、漢、蒙、藏4種文字，記述了清廷平定準噶爾部的歷程。前事不忘，後事之師，歷史告訴我們，各民族和諧共處、國家統一，纔是社會安寧、國家富強、人民生活富庶的保證。
