歸順劉秀
新朝末年，寇恂任上谷郡功曹，深受太守耿況的器重。23年(更始元年)，劉玄建立更始政權，派遣使者招降河北各郡國，允許“先降者復爵位”。
使者到上谷，寇恂隨從耿況前往迎接，並繳上太守印信。使者接受印綬後，卻沒有歸還的意思。寇恂便率兵入見使者，請求歸還印信。使者道：“你想脅迫我嗎?”寇恂道：“不是我威脅你，是你考慮問題不周啊。現在國家尚沒建立信譽，您這麼做怎能取信於天下?”使者沒有迴應。寇恂大怒，以使者的名義傳召耿況。耿況來後，寇恂將印綬交給耿況。使者無奈，只得恢復耿況職務。
24年(更始二年)，王郎派使者到上谷，讓耿況發兵援助。寇恂認爲劉秀“尊賢下士，士多歸之”，與同僚閔貢勸說耿況拒絕王郎，歸順劉秀。耿況畏懼王郎勢大難拒，寇恂便建議聯合漁陽太守彭寵共抗王郎。耿況接受寇恂的建議，派他前去漁陽。在約好彭寵後，寇恂返回上谷，途中行經昌平，襲殺王郎使者，奪其部衆，然後與耿況之子耿弇率軍南下，在廣阿(今河北隆堯縣東)追上了劉秀。劉秀拜寇恂爲偏將軍，號稱承義侯。此後，寇恂跟隨劉秀進攻河北農民軍，並多次同鄧禹商議軍國大事。鄧禹認爲寇恂奇才，與其相交甚厚。
鎮守河內
劉秀平定河北後乘勝南下，又攻取了河內郡。此時，更始政權大司馬朱鮪、舞陰王李軼等率領大軍鎮守洛陽。同時幷州地區也駐有更始政權軍隊，與洛陽形成南北包圍河內之勢。劉秀認爲河內形勢嚴峻且須固守，但很難選擇一位足以勝任這一任務的人，爲此徵求鄧禹的意見。鄧禹說：“昔日高祖讓蕭何守關中，從此沒有西顧之憂，所以得以專心於山東，終於成就大業。今河內傍臨黃河，十分堅固，戶口殷實，北通上黨，南迫洛陽。寇恂文武備足，有治理百姓駕御民衆的才能，非他不能擔此重任。”於是，劉秀拜寇恂爲河內太守，行大將軍事，並對他說：“河內富裕，我將因此而興起。昔日高祖留蕭何鎮守關中，我現在也把河內委託給你，堅守轉運，給足軍糧，率領鼓勵士卒，防守遏制其他兵馬，不讓他們北渡就可以了。”得到任命後，寇恂下令所屬各縣講武習射，砍伐竹條，造箭百餘萬支，養馬二千匹，收租四百萬斛，以供軍資。
25年(建武元年)，朱鮪聽說劉秀北上平定河北，河內兵力薄弱，便派遣討難將軍蘇茂、副將賈強率三萬餘人渡河進攻溫縣(今河南溫縣西)。寇恂聞訊後，立即前往救援，並命各屬縣發兵，到溫縣會師。軍吏都勸他調集衆軍之後再出兵，寇恂說道：“溫縣，是河內郡的藩蔽。溫縣失守，河內郡就守不住了。”於是馳援溫縣。
次日早晨，兩軍交戰，恰巧偏將軍馮異率部與各縣援軍趕到。寇恂見援軍軍勢浩大，於是讓士卒大聲鼓譟，大呼：“劉公兵到!”蘇茂軍聽聞，陣型鬆動。寇恂率軍衝擊，大破蘇茂，並乘勝追擊。蘇茂敗軍一直逃到洛陽，賈強戰死，數千士兵投河而死，一萬餘人被俘，寇恂與馮異過黃河而還。從此，洛陽震恐，緊閉城門。捷報傳到河北，劉秀大喜道：“我就知道寇子翼是可以勝任!”諸將紛紛慶賀，並乘勢勸劉秀稱帝。同年六月，劉秀在鄗邑即皇帝位。
當時漢軍軍糧急缺，寇恂親自督促糧運，畜力不足，又組織人力挽車，奔赴各地，前後絡繹不絕，從而保證了軍糧供應，甚至文武百官月支的祿米也由他運糧接濟。劉秀多次賜書慰勞嘉獎，功名威望日益提高，儒生董崇警告寇恂道：“皇帝剛剛即位，四方尚未平定，而君侯在這個時候佔據大郡，內得人心，外破蘇茂，威震敵軍，功名顯赫，這正是奸讒之徒側目窺視產生怨禍的時候。以前蕭何鎮守關中，採納鮑生的建議而高祖大喜。如今你率領的，都是劉氏宗族昆弟，也要要以前人爲鑑戒!””寇恂深以爲然，當即稱病不理政事，並請求引退，結果被劉秀拒絕。寇恂又請求調任軍職，仍然被拒絕，只得派侄子寇張、外甥谷崇從軍充當先鋒。劉秀對此非常高興，擢升二人爲偏將軍。
26年(建武二年)，寇恂因擅自處罰上書人被免職。不久，潁川人嚴終、趙敦與密縣人賈期聚衆起義。劉秀起用寇恂爲潁川太守，讓他與破奸將軍侯進率兵前往鎮壓。寇恂斬殺賈期，平定潁川郡，因功封雍奴侯，食邑萬戶。
27年(建武三年)，劉秀遣使者拜寇恂爲汝南太守，又命驃騎將軍杜茂率兵助寇恂討伐盜賊。寇恂向來好學，於是修建鄉校，教學生徒弟，聘請能講授《左氏春秋》的人，他自己也親自聽老師講學。
31年(建武七年)，寇恂接替朱浮擔任執金吾。32年(建武八年)，寇恂隨劉秀征討隗囂。此時，潁川盜賊羣起，劉秀引軍退還，對寇恂說：“潁川迫近京師，應早日平定。想起來只有你能平定羣賊。”寇恂回答說：“潁川剽悍輕捷，聽說陛下遠征隴、蜀，所以狂悖狡猾之徒乘機作亂罷了。如果聽說陛下南向，盜賊們必定惶懼歸降。我願率精銳以爲前驅。”寇恂隨劉秀南還潁川，盜賊全部歸降，劉秀卻沒有任命他爲郡守。百姓紛紛要求寇恂留下，劉秀於是把寇恂留在長社，鎮撫官吏人民，接受其餘的歸降者。
智取高平
隗囂部將高峻擁兵萬人，佔據高平縣第一城，劉秀派遣待詔馬援前去招降，由此打開了河西通道。中郎將來歙承製拜高峻爲通路將軍，封關內侯，隸屬大司馬吳漢，共圍隗囂於冀。漢軍退兵後，高峻逃回故營，再助隗囂拒守隴阺。隗囂死後，高峻佔據高平縣，堅守城池。建威大將軍耿弇率太中大夫竇士、武威太守樑統等圍困高平，一年也未能攻下。
34年(建武十年)，劉秀入關，準備親自征討高峻。寇恂當時跟隨在劉秀身邊，勸諫說：“長安處在洛陽高平之間，應接方便，安定、隴西必定感到震動畏懼，這是安逸於一處可以制服四方哩。現在兵馬疲倦，剛剛從險阻中走出來，這不是陛下安國之良策，前年潁川發生的事件，可爲至戒。”劉秀沒有聽從，並進軍汧縣，還是攻不下高平。劉秀欲派遣使者去說降高峻，就對寇恂說：“你以前制止我這次行動，現在爲我走一趟。如高峻不立即投降，我將率耿弇等五營發起攻擊。”
寇恂帶着璽書來到第一城，高峻派遣軍師皇甫文前來謁見。皇甫文禮貌不周，出言不遜。寇恂大怒，欲斬皇甫文。諸將勸諫說：“高峻精兵萬人，連年難以攻下。現在要他投降反而殺其來使，只怕是不行吧?”寇恂不答應，就殺了皇甫文，讓其副使回去告訴高峻說：“軍師無禮，已被殺了。要投降，請趕快;不想投降，就固守好了。”高峻惶恐，即日開城門投降。諸將都來慶賀，並問高峻投降的原因。寇恂說：“皇甫文是高峻的心腹，高峻的計謀都取之於他。現在他辭禮不屈，說明他根本不打算投降。殺掉皇甫文，高峻就嚇破了膽，所以來投降了。”諸將都表示歎服，於是逮捕高峻回到洛陽。
36年(建武十二年)，寇恂病故，諡號威侯。
