全書的引子是《明史》一案，吳之榮告發、鰲拜下令嚴查、江南無數讀書人慘遭牽連，乃是清初最著名的文字獄。而通過顧炎武、黃宗羲、呂留良三位大儒的口述，引出了兩個人，一個是天地會總舵主陳近南，另一個是大力將軍吳六奇。
吳六奇淪落街頭時曾受名士查繼佐(字伊璜)之恩，日後發達並身居高官，又在《明史》案中救了查繼佐。這段令人津津樂道的傳奇並不是金庸原創，早在蒲松齡《聊齋志異》中就已記述過(不過名字叫做「吳六一」)，而查繼佐是金庸祖上先輩。引入這個故事一是爲了增加劇情的趣味性，二也是爲紀念先人。
不過，歷史上的吳六奇除了救人報恩一事之外，並不算多麼正義的人物，主要原因是他身爲明朝總兵卻率部降清，並在清朝身居要職。而故事中的吳六奇是個慷慨豪邁的奇男子，暗地裏反清復明，結交仁人志士，還做了天地會紅旗香主，只可惜最後身遭暗害。
而那個告密小人吳之榮，史載他死於瘧疾。書中安排韋小寶帶他去莊家靈堂後活活嚇死，也算是出了一口惡氣吧。
鰲拜身爲輔政大臣，在索尼死後大權獨攬，又擅殺蘇克薩哈、在朝中跋扈囂張甚至連皇上都不放在眼裏，最後終於被長大成人的康熙帝親率一羣習武的少年人擒獲，這是百分之百的史實。但裏面加了個韋小寶，戲劇化與驚險程度大增。
順治偏寵董鄂妃、在她死後心灰意冷乃至剃度一事也是史實。而且師傅正是那個玉林禪師、連自己的法名都叫行癡——這些都和書中一致。但不同的是玉林深明世務，力勸皇帝雖可以學佛法、但身爲天子不能真的出家爲僧。順治只好重新蓄髮，但精神支柱垮掉的他不久就駕崩了，並沒有跑到五臺山去出家。
「永不加賦」是康熙後期的經濟政策，也是國家政局安定後爲了體恤民生而採取的措施。倘若在三藩未平、外患未除的情況下就這麼搞，那簡直是在開玩笑，屬於自斷手臂了。而且順治的施政水平和他兒子天差地遠，自己都未必能想出這四個字來。
書中有三個整日吃閒飯、拍馬屁、貪錢財的官員：明珠、索額圖、康親王，之所以塑造成這樣，那完全是爲了趣味性以及襯托韋小寶了。
歷史上的納蘭明珠是康熙朝中重臣，可不是那個唯唯諾諾、爲人圓滑之極的馬屁精。力排衆議撤三藩、支持施琅的攻臺計劃都是他的功績，不過全被攬到了韋小寶頭上……
索額圖則是扳倒鰲拜的功臣，平定三藩時也出了不少力氣，而最大的功勞則是簽訂《尼布楚條約》，確立東北中俄疆界。這些功勞也歸了韋小寶，他自己成了遠遠躲開戰場的膽小鬼……
康親王傑書更是一代名將，在三藩叛亂時臨危受命，平定了耿精忠，而後進軍福建，收復廈門、金門等地，把鄭經趕回了臺灣。這回總算沒讓韋小寶搶走，可他在書中也變成了個整日飲酒作樂的尋常王爺……
建寧公主嫁吳應熊確有其事，但韋小寶無論如何都沒法趕上。因爲真正的建寧不是康熙的妹妹，而是姑姑，比康熙大十三歲……她嫁給吳應熊時是順治十年，第二年康熙纔出生。
既然擔任賜婚使一事不存在，那韋小寶在雲南的種種見聞也都並不是實情了。日後三藩叛亂、吳三桂稱帝后不久死亡等等均是史實，但此時韋小寶被軟禁在通吃島，沒法參戰，內心甚感遺憾。
正史中陳圓圓沒有和李自成怎樣，因爲搶走她的是李手下大將劉宗敏。清兵入關後陳圓圓又被吳三桂搶了回來，並隨他一起去了雲南。至於結局如何，有人說是病死了，有人說她不願和吳三桂的其他姬妾爭寵而出家了，道號寂靜，吳三桂叛亂被平後不知所蹤。小說裏選了後一種解釋，其中她最大的功勞大概就是生了個女兒阿珂，順便引出了九難師太等一系列劇情。
當然，如果有「百勝刀王」胡逸之時刻隨侍在側，那陳圓圓也能安度晚年了吧。
清初著名的河西四漢將：張勇、趙良棟、孫思克、王進寶，在小說中都成了韋小寶的結義兄弟。
趙良棟一出場時只是個不起眼的大鬍子武官，因爲不拍韋小寶馬屁而留下了深刻印象。歷史上趙良棟的性格也確實是耿直不阿，但人家並非默默無聞之輩，康熙初年已經升任總兵，正二品，也就是說韋爵爺視察天津駐軍時如果他在場，那必然是總負責人，怎會連名字都記不住……
書中張勇、孫思克、王進寶是在吳應熊府中與韋小寶見面的，而且除了張勇是雲南提督之外，孫、王都只是副將。這也與史實不同，張勇此時已調任甘肅提督十餘年，後兩人也是他麾下總兵，哪裏還會受吳三桂節制?
不過這四人在平三藩之亂時都屢立戰功，加官進爵倒是真的。另有一件軼事：張勇曾受過箭傷，走路不便，經常坐在轎裏指揮戰鬥;書中改爲被神拳無敵歸辛樹一掌擊傷。
居然連這種細節都搬過來了，令人歎服。
葛爾丹王子和桑結喇嘛即是歷史上的噶爾丹和桑結嘉措，一個在蒙古奪了準噶爾汗位後意欲入侵大清，另一個隱匿五世達賴圓寂的消息，假借其名號令青藏地區。而且兩人勾結也是實情，互相爲對方的野心造勢。
多年之後噶爾丹被康熙親征所滅，桑結的種種陰謀也已敗露。此時的桑結連忙推出一個傀儡作爲六世達賴，即傳奇詩人倉央嘉措。但這並沒能挽救他的失勢，不久後桑結就在西藏各勢力內鬥中被和碩特汗王拉藏所殺。
三藩叛亂時康熙爲免外患，容忍了兩人的種種跋扈行爲並各加封賞。小說中則把這部分功勞也歸於韋小寶從中調停順便又結拜了兩個兄弟……
鄭家在臺灣的內鬥，如馮錫範、劉國軒支持次子鄭克塽、排擠陳永華等事均爲史實。陳永華無論用兵還是施政都是一把好手，屯田墾荒、興辦教育，大受臺灣軍民愛戴。只因鄭經長子鄭克臧是他的女婿，逃不開鄭家內鬥的漩渦，後來憂悶而死。此時鄭克塽才11歲，當然不會是兇手。
施琅與鄭家的矛盾以及後來攻佔並治理臺灣之事和歷史一致，唯獨受韋小寶提拔以及幫忙代管臺灣一段是小說劇情。施琅在歷史上的評價十分兩極化，從國家統一角度他有大功，而從民族角度來講則是漢奸。書中借韋小寶之口連損帶諷，把他的氣焰打消了不少，去了臺灣之後又把董國太的塑像推倒，換上陳永華的，算是小寶爲師父最後出了兩口惡氣吧。
天地會是清朝真實存在過的組織，又名洪門。但民間說法不一，康熙、雍正、乾隆甚至咸豐年間才成立的都有，不過如今研究者大多認爲成立於康熙十三年。天地會「五祖」有的說是南少林僧人，有的說是抗清將領。「萬雲龍」有人說是鄭成功，也有人說是乾隆年間某人化名。大部分傳說中都有陳近南其人的存在，許多人認爲陳近南即陳永華的化名，用於在內地組織抗清復明。
本書中所採用的故事背景中，陳近南任總舵主，萬雲龍即是國姓爺鄭成功，而傳說「五祖」中的馬超興、蔡德忠、方大洪等人，也被拿來當了香主。但看天地會這個發展規模，肯定不是康熙十三年才成立的，因爲鰲拜被扳倒是康熙八年的事，所以天地會可能早在順治年間就有了。
與韋小寶有過一段露水姻緣的羅剎長公主、風流美豔的蘇菲亞，其實就是俄羅斯歷史上發動宮廷政變的索菲婭攝政女王，也是著名的彼得大帝的姐姐。當然，歷史上的公主完全談不上漂亮，而是滿臉橫肉、兇狠狡詐，她用不着韋小寶拿中國的政變史來教育，自己就會挑唆火槍營士兵譁變，在皇宮中大肆屠殺，這才當上了攝政女王。日後與清朝簽訂《尼布楚條約》時，從種種貪婪狡猾的伎倆中也可見一斑。
