元末明初，日本正處在南北朝分裂時期，封建諸侯割據，互相攻伐。在戰爭中失敗了的封建主，就組織武士、商人、浪人到中國沿海地區進行武裝走私和搶掠騷擾，歷史上稱爲“倭寇”。明初，國力強盛，重視海防設置，倭寇未能釀成大患。
正統以後，隨着明朝政治的腐敗，海防鬆弛，倭寇禍害越來越嚴重。嘉靖年間，倭患尤甚。其原因一是明世宗昏庸腐朽以及嚴嵩的奸貪狠毒，庇護、縱容通倭官吏，打擊、陷害抗倭將領。二是嘉靖年間，由於商品經濟的進一步發展，對外貿易相當發達。沿海一帶私人經營的海上貿易也十分活躍。
這些海商大賈、浙閩大姓爲了牟取暴利，不顧朝廷的海禁命令，和“番舶夷商”相互販賣貨物，他們成羣分黨，形成海上武裝走私集團，有的甚至亡命海外，勾結日本各島的倭寇，於沿海劫掠。這些海盜商人如王直、徐海等，與倭寇勾結，使得倭患愈演愈烈。
倭寇的滔天罪行，給中國人民造成了嚴重的災難。被激憤的中國人民紛紛組織起來，進行抗倭的自衛鬥爭。嘉靖三十四年(1555年)五月，由漢、壯、苗、瑤等族人民組成的抗倭軍隊，在明愛國將領張經領導下，於王江涇(今浙江嘉興北)大破倭寇，斬敵2000。這是抗倭戰爭以來最大的一次勝利，被稱爲“自有倭患來，此爲戰功第一”。嘉靖三十七年(1558年)，倭寇攻掠福建長樂，時城崩二十餘丈，居民自動列柵抵禦，“少壯守陣，老稚婦女運磚石”，迫使倭寇敗退。次年，倭寇劫掠福建福安等地，遭到當地畲族人民的奮起抗擊。
嘉靖四十二年(1563年)，敗走福建的倭寇，竄犯臺灣雞籠(基隆)一帶，被高山族人民趕走。而民族英雄戚繼光率領“戚家軍”，與其他明軍配合，多次打敗倭寇，最終取得了抗倭戰爭的最後勝利。
嘉靖三十四年(1555年)秋天，戚繼光從山東調到浙江御倭前線，任浙江都司金書。次年被推薦爲參將，鎮守寧波、紹興、台州三府，不久又改守台州、金華、嚴州三府。這些地區是倭寇時常出沒、遭受倭患最嚴重的地方。戚繼光到任後，針對“衛所軍不習戰”的弱點，多次上書請求招募新軍。
經過幾個月的嚴密組織和艱苦訓練，他建立起一支以義烏農民和礦夫爲主的3000新軍，並創造了“鴛鴦陣”的戰術，用以訓練士兵。這支軍隊英勇善戰，屢立戰功，被譽爲“戚家軍”。
嘉靖四十年(1561年)，倭寇50餘艘船2000餘人聚集於寧波、紹興海面伺機入侵。戚繼光立即督舟師出巡海上。倭寇遂離開臺州防區騷擾奉化、寧海，以吸引明軍，而後乘機進犯臺州。戚繼光將軍隊一部守台州，一部守海門，自率主力赴寧海。倭寇偵知戚軍主力去寧海，台州空虛，遂分兵三路分別進攻台州桃渚、新河、沂頭。戚繼光佈署兵力，與敵人展開了台州大戰。
台州大戰，由新河、花街、上峯嶺、藤嶺和長沙之戰組成。
四月二十四日，倭寇大肆搶掠新河城外各地。城內精壯士兵大都出徵，留守者人心惶惶。戚繼光夫人挺身而出，發動婦女守城，迫使倭寇不敢貿然逼近。二十五日，在寧海的戚繼光令胡守仁、樓楠二部馳援新河。二十六日，倭寇逼進新河城下。這時，援軍趕到，雙方展開激戰。入夜，戚軍打敗倭寇，殘倭從鐵嶺方向逃走。次日，乘勝追擊，將殘倭打得落花流水。此戰殺敵約200人，保住了新河。
戚繼光擊敗寧海之倭後，聽說進犯桃渚之敵焚舟南流，改進精進寺。他認爲敵人這樣做，是想乘虛侵犯臺州府城，於是揮師南下，決定急行軍先敵到達府城。二十七日中午，雙方於離城僅1公里的花街展開激戰。戚軍前鋒以火器進攻，殺死敵人前鋒頭目，並連斬7倭。敵人主力大敗退逃。戚軍即分兵兩路猛追，將一股敵人沉於江水中，另一股被殲滅於新橋。只一頓午飯的工夫就結束了戰鬥，共殺敵300餘，奪回被擄民衆5000餘。
四月二十五日，泊於健跳沂頭海面的倭寇，二十八日登陸，五月一日進至台州府城東北的大田鎮，妄圖劫掠府城。戚繼光率1500餘人在大田嶺設伏，與倭寇對峙。敵人聞有備，於初三日沿間道逃至大田，欲竄犯仙居，劫掠處州(今浙江麗水)。大田至仙居必經上峯山，山南是一狹長谷地，便於伏擊敵人。戚繼光先敵人到達上峯嶺，令每人執松枝一束隱蔽身體，嚴陣待敵。五月四日，倭寇列10公里長隊向仙居方向行進。五日經上峯嶺南側，遠望嶺上滿山叢鬆，未見有兵，毫無戒備。待倭寇進入伏擊圈，鳥銃齊發，戚軍列一頭兩翼一尾陣，居高臨下，勇猛衝殺。倭寇措手不及，倉皇應戰，當即有數百人繳械投降。餘倭被迫退至白水洋朱家大院，被戚軍圍攻，全部被殲。這次戰鬥，戚家軍以少勝多，共斬殺300餘人，繳獲兵器近1500件，奪回被擄民衆1000餘。六日，戚軍凱旋台州府城。
五月十五日，戚家軍又取得了藤嶺戰鬥的勝利。五月二十日，消滅了竄犯寧海以北團前、團後佔據長沙之倭寇。從四月下旬開始，戚家軍以少敵衆，在一個多月的時間裏連續取得了新河、花街、上峯嶺、藤嶺、長沙等戰鬥的勝利，消滅倭寇數千人，使侵犯臺州的倭寇遭到毀滅性的打擊。次年，倭寇竄犯寧波、溫州，戚家軍和其他明軍配合，全殲倭賊，此後，倭寇未再大規模進犯臺州地區，浙江的倭患基本平息。
浙江倭患平息後，倭寇紛紛南下騷擾福建，福建成爲倭患中心。嘉靖四十一年
(1562年)七月，戚繼光被派往福建剿倭。
戚繼光入閩碰到的第一個倭巢是橫嶼，這是福建寧德縣城東北海中的一個小島，島上倭寇有數千人，盤據數年，明軍無可奈何。戚繼光決心攻拔這一據點。他讓士兵每人拿一束草，隨進隨用草填泥，士兵擺成鴛鴦陣，戚親自擊鼓，士兵在戰鼓聲中踏草前進。上岸後，兵士奮勇當先，與倭寇展開激戰。後續部隊也涉過泥灘，雙方夾擊，亂了敵倭的陣勢，很快佔領了倭巢，並將其焚燬。此戰生擒倭寇近36人，斬300餘，解救被擄男女800餘人，取得了入閩抗倭的第一次勝利。
橫嶼之戰後，戚家軍在寧德稍作休整，便向福清挺進，相繼攻拔福清境內的數個倭穴。八月二十九日抵達福清城，九月二日於牛田(今福清東南)大敗倭寇，大部殲滅，救出被擄男女900餘人;九月十三日，乘機奇襲盤踞林墩的倭賊，殲滅倭寇4000餘人，救出被擄男女2100多人，消滅了興化(今莆田)一帶的倭賊。十月間，戚家軍班師回浙江，從事休整和補充兵員，以俟再戰。
戚繼光回浙後，倭寇又大肆劫掠福建沿海。嘉靖四十一年底攻陷興化府城，在城中燒殺姦淫掠奪，無惡不作，盤踞兩個多月才棄空城退出，經岐頭攻陷平海衛(今莆田縣平海)，以此爲巢，四出騷擾。福建再次面臨倭患的威脅。明朝調新任福建總兵俞大猷和先期援閩的廣東總兵劉顯與戚繼光一道抗擊閩倭。
嘉靖四十二年(1563年)四月，戚繼光抵達福建，立即察看倭巢地形。在攻擊平海衛倭寇的戰鬥中，戚家軍爲中軍，擔任正面進攻，俞大猷爲右軍，劉顯爲左軍，從兩翼配合攻擊。二十一日，戚家軍以胡守仁部爲前導分兵三路，以火器打亂了倭賊前鋒騎兵，乘勢發動猛攻，俞、劉二部從兩翼投入戰鬥。倭寇三面受敵，狼狽竄回老巢。三路明軍乘勝追擊，將敵人圍困於巢中，並借風火攻，蕩平了倭巢。此戰只用了四五個小時，殲倭2000多人，解救被擄男女3000多人，明軍收復興化城。
平海衛之戰後，戚繼光又率部消滅了原侵擾政和、壽寧的倭寇。嘉靖四十三年
(1564年)，又相繼大敗倭寇於仙遊城下、同安王倉坪和漳浦蔡不嶺，斬獲頗多。餘倭逃往廣東。至此，福建倭患基本平定。
嘉靖四十四年(1565年)，戚繼光與俞大猷配合，殲滅了廣東的倭寇。至此，明東南沿海抗倭之戰取得了最後勝利。
倭寇的侵掠騷擾，給東南沿海地區的人民生活和社會經濟造成了極大的破壞。平定倭患，使人們能安居樂業，發展生產。在平定倭亂的過程中，明朝政府的一些官員認識到，“海禁”既不能限制私人海上貿易，也不能防止倭寇。反而驅使沿海居民走上武裝走私的道路，與倭寇內外勾結，爲害頗大。嘉靖末年，比較有遠見的官僚，紛紛建議政府解除海禁，發展海上貿易。到明穆宗隆慶時，明政府開始取消“海禁”，准許對外通商。這無疑順應了社會經濟發展的趨勢，促進了正常的海上貿易和東南沿海商品經濟的發展。
抗倭戰爭的勝利，與廣大人民羣衆的支持和其他抗倭將領的配合是密不可分的。戚繼光率領戚家軍實現了他的“封侯非我意，但願海波平”的滅倭志向。在剿倭戰爭中，戚繼光身先士卒，與士兵同甘共苦;嚴格要求士兵，不準擾害百姓，做到兵民相體;在戰略戰術上，攻其無備，出其不意，進攻重集中兵力打殲滅戰，防禦重積極主動而不是機械地死守，在防禦中伺機反攻。創造了獨樹一幟的“鴛鴦陣”，發揮集體互助、長短兵器結合的機動、靈活、嚴密的作戰力量，有效地打擊敵人。這是戚家軍屢敗倭寇的重要原因，也是戚繼光和戚家軍留給後人的一份寶貴財富。
