楊鍾健院士一生的科研領域幾乎涵蓋了從魚到人的全部古脊椎動物學，重點是對中國古哺乳動物和古爬行動物化石及中、新生代地層的研究，同時對地質學的其他學科、生物學及考古學等多有涉獵。傑出的科學成就使他在國內外享有盛譽，我國古生物學的一座豐碑。
“回顧中國恐龍研究歷史，我們無法相信，如果沒有楊老的貢獻，如果沒有楊老早期搭建的框架，我們可能都沒有機會做這樣的研究工作。”中科院古脊椎所著名恐龍專家徐星說，中國是世界上命名恐龍最多的國家，有將近十種恐龍都是直接或間接用楊老的名字命名的，包括近年來命名的“楊氏鍾健龍”，這些都是中國恐龍研究者對楊老尊重和感激的表現。
中科院古脊椎所徐星研究員是目前世界上最爲活躍的恐龍研究專家，他將中國恐龍研究分爲四個階段，這四個階段都跟楊鍾健有直接或間接的關係，其中第二個時期可稱作“楊鍾健時期”，因爲我國的恐龍研究在上世紀三四十年代幾乎是由楊鍾健一個人承擔起來的。
1938年楊鍾健在雲南祿豐領導發掘工作，採集到大批恐龍及原始哺乳類化石，楊鍾健與同行覈對了化石出土地點和層位，確認了祿豐紅層的時代，這批化石最後運到了位於重慶北碚的抗戰時期中國地質調查所總部，進行修理研究。1939年，楊鍾健率先披露了祿豐盆地的發現。
1941年楊鍾健再次記述了祿豐縣城西北沙灣發現的恐龍骨骼化石，命名爲”許氏祿豐龍”，並於同年在北碚裝架展出。
許氏祿豐龍是一種早期的原始恐龍，個體不大，但頗具進化意義，它是我國第一具裝架展示的恐龍骨架，不僅各大塊骨骼均有保存，就連尾巴末端的小尾椎骨也完整，裝起架來，栩栩如生。
抗戰勝利後，祿豐採集的化石也隨遷到了南京，目前這批化石大多保存在南京地質博物館，那具聞名於世的祿豐龍骨架的正型標本，楊鍾健從重慶運到南京，又從南京帶到北京，現存在中科院古脊椎所古動物館中。
在徐星看來，楊鍾健從上世紀三十年代到六十年代一直主持我國的恐龍研究，他的研究區域覆蓋全中國，涉及恐龍主要門類，重要發現除祿豐龍、馬門溪龍外，還有中國龍和青島龍等。
“是楊老搭建起了中國恐龍研究的框架，培養了中國的第二代恐龍研究學者。”徐星說。
楊鍾健是第一位涉獵多領域的專家
楊鍾健在古脊椎動物學中最早接觸的是小哺乳動物，他研究的是中國北方的齧齒類化石，並以此在1927年獲得博士學位，一篇博士論文更是揭開了中國學者研究中國脊椎動物化石的歷史篇章，從而在中國創立了這一嶄新的學科。
楊鍾健在古兩棲、爬行動物領域的研究同樣卓有成效，其中對卞氏獸研究的重要性更爲突出。
卞氏獸是爬行動物向哺乳動物過渡階段的代表。卞氏獸標本最初是楊鍾健的同事卞美年於1938年在祿豐採集的，故而得名。這類化石，此前南非、歐洲曾有過報道，均被歸入哺乳動物。不過，他們的標本遠不如祿豐的完好，只是一些破碎的牙牀，而祿豐標本不僅有頭骨和下頜，還有部分頭後骨骼。
抗日戰爭時期，楊鍾健在西南曾對這些標本作過初步研究，認爲可與南非的對比，也可歸入哺乳類。楊鍾健的研究發現發表後，引起國外有關專家的興趣，並展開了對它的系統分類問題的探討。
卞氏獸既具有哺乳動物的特徵，如牙齒已分化爲門齒、大齒和頰齒，並具頰齒齒尖等;也還保留有原始的、爬行動物的特徵，如下頜除有增大了的齒骨外，還有爬行動物骨骼的殘餘。究竟卞氏獸及其近親是原始的哺乳動物，抑或是進步的爬行動物?也就是說，爬行動物與哺乳動物的分界線應該劃在哪裏?這是當時考古界面臨的一個重要理論問題。爲此，楊鍾健在1944年出國考察時，隨身帶着卞氏獸標本，在國外作進一步的修理和研究。最後，楊鍾健確認卞氏獸應是爬行動物，是一種接近哺乳動物的爬行動物。這樣，此前已歸哺乳動物的南非和歐洲的種類，也統統被歸到爬行動物中去了，從而推遲了哺乳動物在地球上的最初出現時間。這是古生物學上的一次重大的分類改變，也是楊鍾健對古脊椎動物學的又一重要貢獻。珍貴的卞氏獸標本也因此名揚四海，被各國編入了教科書。
中科院古脊椎所劉俊研究員說，楊鍾健院士是我國第一位涉足古兩棲、爬行動物多個領域研究的專家，是這個領域當之無愧的開拓者以及奠基人。
自然博物館離不了博學的楊鍾健
楊鍾健同時也是一位知識淵博得令今人難以置信的學者。
除學術研究外，楊鍾健的語言能力也非同尋常，除了英語、德語之外，還熟悉拉丁語與希臘語。
楊鍾健還是一位作家、詩人和社會活動家。他發表過四本遊記和散文集，還寫了兩千多首詩詞。這些詩詞雖然大都沒有發表，但在他的親友和學生中傳誦。1976年，在他79歲時，還以“八十不老”爲題，寫了“年近八旬心尚丹，欲與同輩共登攀”的詩句勉勵自己。
楊鍾健的書稿《剖面的剖面》中有這樣一段文字：“相比我們年輕一代，到野外多是直奔化石地點，很少過問四周，這樣是愈做愈窄，知識面狹窄又限制了思維的開拓，就會制約我們研究的深度和廣度，對比前輩我們不應當反躬自問嗎?”
曾受楊鍾健親自指點的中科院院士吳新智曾朗讀過這段文字。他說，楊老的研究領域是相當廣泛的，當前的年輕學者們應該繼承楊老的這種精神，在研究領域收窄的同時，不斷放大自己的研究視野。爲了古生物學未來的長足發展，他希望用這段話、用楊老的這種精神與所有年輕古生物學者共勉。
楊鍾健不僅是我國古脊椎動物事業的開創者，同時也是我國自然博物館事業的拓荒者和熱心推動者，他曾參與了北京自然博物館的籌建工作，並且從1959年北京自然博物館成立起，一直擔任館長職務。矗立在北京和其他省市的自然博物館裏的由他描述和命名的青島龍、馬門溪龍等巨大骨架，是對他的古脊椎動物學貢獻的永久紀念物。他在有生之年有一個重大的心願，那就是建立國家級的自然與歷史博物館。
