1204年4月，十字軍攻入君士坦丁堡，拜占庭皇帝阿列克修斯五世(濃眉-穆茲菲烏斯)出逃;拉斯卡利斯家族的君士坦丁被部分守軍推舉爲皇帝，但君士坦丁無力組織抵抗，和他的兄弟塞奧多利(前皇帝阿列克修斯三世的女婿)分路出逃到了比塞尼亞的尼西亞城。
按照分贓協議，十字軍和威尼斯瓜分了拜佔廷帝國，但建都於君士坦丁堡的拉丁帝國(“羅馬尼亞”帝國)實力並不強大、無力控制全部前拜占庭領土，在伊庇魯斯、特拉布鬆和尼西亞先後建立了拜佔廷流亡政權。其實，特拉布鬆帝國(由前皇帝安德羅尼克斯一世的孫子們建立)在君士坦丁堡第二次陷落(1204年4月)前幾周就已經自立。尼西亞帝國由於距離拉丁帝國最近，佔據了光復帝國的最有利位置。
拉丁帝國開始分兵“接收”拜佔廷帝國的土地，1204-1205年皇帝鮑德溫一世的弟弟佛蘭德斯的亨利在小亞細亞半島西北部的Poimanenon(伯曼農)、Prusa(普魯薩或布爾薩)以及Adramyttium(今天土耳其的埃德雷米特)先後打敗拉斯卡利斯兄弟，在最後一戰中(1205年3月19日)，君士坦丁·拉斯卡利斯戰敗失蹤。但之後不久的1205年4月14日，保加利亞沙皇卡洛揚在亞得里亞堡戰役中打敗拉丁帝國軍隊，俘獲了鮑德溫皇帝，亨利只得趕回君士坦丁堡(1206年亨利正式接替哥哥，加冕爲拉丁帝國第二任皇帝)。塞奧多利得以趁機擊敗特拉布鬆帝國以及其它獨立勢力(包括非拉鐵非城周圍地區的塞奧多利·曼卡法斯、大門德雷斯河流域的Manuel Maurozomes等)，鞏固了尼西亞政權在安納托利亞西北部的地盤。1206年，塞奧多利稱帝並邀請流亡的君士坦丁堡牧首John X Kamateros前往尼西亞，但牧首於1206年四五月間去世，未能去尼西亞給他加冕;塞奧多利另立Michael IV Autoreianos爲牧首，後者在1208年三月爲他正式加冕。
在原拜占庭帝國疆域內，拜占庭流亡政權、拉丁帝國、保加利亞王國和科尼亞的魯姆蘇丹國(塞爾柱人)頻繁對戰，當然也根據形勢變化不時停戰、結盟和解盟。1211年，在大門德雷斯河上的安條克戰役中,塞奧多利擊敗妄圖支持阿列克修斯三世重新奪權的塞爾柱軍隊(據說戰役的勝負最後取決於塞奧多利與塞爾柱蘇丹的對決，皇帝親手擊殺凱庫斯老一世Kaykhusraw I)。但是，這一戰役的慘重傷亡使得尼西亞人在RhyndacusRiver敗於拉丁帝國，並在隨後的南菲宏(Nymphaeum)條約(注：1214年尼西亞和拉丁帝國的和約)喪失了大部分密細亞(Mysia)地區和馬爾馬拉海岸。1212年，隨着特拉布鬆帝國大衛·科穆寧的死亡，尼西亞帝國吞併大衛在帕弗拉戈尼亞(Paphlagonia)的土地，得以補償損失給拉丁帝國的土地。
尼西亞皇帝塞奧多利一世的第一位皇后安娜·科穆寧·安吉麗娜1212年去世;1214年他續娶第二位皇后亞美尼亞公主菲麗帕，但兩人的婚姻於1216年解除(儘管他們育有一位皇子君士坦丁)。1216年，拉丁皇帝佛蘭德斯的亨利駕崩無嗣，其皇位歸於妹夫庫爾特耐的彼得(二世)，但彼得在趕赴君士坦丁堡的途中，被伊庇魯斯統治者塞奧多利·科穆寧·杜卡斯(Theodore Komnenos Doukas)俘獲;拉丁帝國由鮑德溫和亨利的妹妹約蘭達女皇(彼得的妻子，Yolanda of Flanders)攝政，這時拉丁帝國謀求與尼西亞帝國的聯盟，於是1219年，塞奧多利·拉斯卡利斯迎娶約蘭達的女兒庫爾特耐的瑪麗亞，同一年塞奧多利一世也和威尼斯締合。1221年11月年塞奧多利一世駕崩，帝國由其女婿約翰三世·瓦塔基斯John III Ducas Vatatzes繼承。
(1219年，拉丁女皇約蘭達駕崩，由兒子庫爾特耐的羅伯特繼位(1219-1228年在位)，1228年羅伯特駕崩，其幼弟鮑德溫二世繼位，鮑德溫二世當時年僅11歲，瑪麗亞曾攝政拉丁帝國八個月。)
