多年來因統計上的困難，一直沒有確切的數字。1945年9月，英國隨軍記者博比·傑克遜認爲人數達到5萬。同月11日，《星洲日報·總彙報》引用日本佔領馬來亞時期出版的《彼南日報》提供的數字，說“新加坡檢舉不良分子7萬餘人”。
日本歷史學家永三郎在他的《太平洋戰爭》一書中，引用了1942年出版的《朝日東亞年報》提供的資料，也說新加坡被甄別出的華僑有7萬名。1946年5月，英殖民政府市民諮詢局進行初步的登記，只查出2721名遇難者。在1947年3月10日開審的檢證案戰犯法庭上，控方只能根據登記所得，指控日軍屠殺了五千以上的華人。但諮詢局及華人團體都認爲不止上述數目，由於“全家遭難或被難者原屬單身，或大人遇難只餘童稚，均無從填報，或認爲無甚用處，不欲填報”，實際遇害人數要比登記數目大得多。
柔佛州蘇丹醫生班德拉博士在遞交給遠東軍事法庭的書面證詞中就斷言：“我相信，在新加坡除去軍人外，有15萬以上的亞洲人被日本警察祕密處死或拷打致死”。另一方面，日本侵略者則極力壓低殺人數目，掩蓋罪行。當時負責檢證而被指控的警備司令官河村三郎，供證他所負責的市區內只有四五千人被殺，而其他五位被告不是堅持說不知道，就是矢口否認曾經大規模殺害過華人。
1983年，日本新版中學歷史教材經日本政府審查後，將“檢證”被害人數由兩萬人改爲六千人，這跟某些日本右翼分子極力壓低南京大屠殺遇害人數的做法如出一轍。然而，無論侵略者怎樣掩蓋真相，事實是永遠改變不了的。1942年出版的日本《朝日東亞年報》早就提到過，當年在新加坡共有七萬人被檢舉;根據歷史學家的考證，因“檢證”遇難的華人應超過二萬五千名;而新加坡華人也一直都相信，被“檢證”殺害的華人當在四五萬名之間。無論數字的多寡，都不能減免日軍大規模屠殺城市平民的深重罪孽。
