尊攘派由於薩、長兩藩實行攘夷，聲勢大振。長州藩策動各藩志士浪人聯繫皇室公卿，迫使朝廷親征外夷，壓制反對者。於是朝廷於公元1863年8月13日宣佈孝明天皇將到奈良參拜神武天皇陵召開軍事會議後祈禱攘夷。但孝明天皇仍傾向公武合體派。他表示：“權力下移，終至顛覆治國之基，聯深憂之。”公元1863年8月，他和上層公卿串通幕府和薩摩、會津的藩士，發動了“8月18日政變”，尊攘派毫無準備，措手不及。長州藩的久扳玄瑞、桂小五郎(木戶孝允)和土佐藩的土方允元等，偕同三條實美等開明派公卿7人逃出京都，退往長州。尊攘派勢力被清除出京都。
各藩尊攘派武士豪農紛紛起義，但因沒有取得廣大民衆支持，被幕府鎮壓。公元1863年12月，天皇任命公武合體派大名一橋慶喜、鬆平慶永、鬆平容保、山內容堂、伊達忠誠、島津久光爲參預，組成參預會議，共議國策，公武合體派控制了中央政局。政變後，各藩的尊攘運動也遭挫折。土佐藩士武市瑞山等被前藩主山內容堂逮捕入獄，並在公元1863年5月令其切腹(見上節)。土佐勤王黨的其他人員阪本龍馬和中岡慎太郎被迫逃離本藩。長州藩保守派捲土重來，控制了藩政，公元1863年底，下令限制“諸隊”人數，禁止農兵隊訓練。聚集在長州的藩內外尊攘派急於扭轉頹勢，公元1864年6月，久留米神官出身的真木和泉及久阪玄瑞不顧高杉晉作等人反對，帶兵前往京都。同年7月19日進攻宮廷，在右蛤御門(皇宮西門)被鬆平容保(幕府京都守護)指揮的會津、薩摩兩藩兵擊敗，真木及久阪自殺(“禁衛門之變”)。至此，尊攘運動事實上已經終結，中央和各藩的政局表面上都受公武合體派控制。
由於“禁門之變;，長州藩和尊控派被視爲叛逆。公元1864年7月，天皇下令由幕府征伐長州藩。幕府糾集中國、四國、九州的35藩兵力，準備粉碎反幕勢力的基地。英國殖民主義者決定利用這一機會對公元1863年5月長州炮擊外船的行動實行報復，克服尊攘派阻撓對日貿易的難局，並奪取新的權益。英國於公元1864年8月5日聯合美、法、荷艦隊，以戰艦17艘、炮288門、兵5000餘，大舉進攻關門海峽。奇兵隊和人民英勇抗戰，但藩政府喪失鬥志，四國艦隊僅3天就功陷下關(“下關戰爭”)。8月13日長州藩被迫接受和議：1、優待並供應通航海峽的外國船隻;2、不準修復和新建海峽炮臺;3、賠嘗聯軍戰費和未燒下關市區的代價300萬美元，但應由發出攘夷命令的幕府負擔。下關戰爭的結果，迫使日本對外政策從攘夷轉向開國。
下關戰爭後，圍繞對幕府征討長州藩應持方針的問題，長州藩保守派上級武士與尊攘派的鬥爭激化，保守派主張向朝廷、幕府“恭順謝罪”，而憑藉“奇兵隊”等“諸隊”(新軍)力量的高杉晉作、井上馨、伊藤博文等則力主“武備恭順”，即表面順從幕府，如幕府想處罰長州藩，則準備抗戰。同年9月末的藩政會議上，“武備恭順”主張漸佔上風。但這時幕府和長州藩保守派勢力擡頭，保守派見勢不妙，便訴諸恐怖行動，以刺客襲擊井上馨，負重傷後監禁了他。高杉晉作與伊藤博文被迫逃往筑前。當11月幕府徵長軍逼近長州時，藩政府命令“禁門之變”的責任者3名家老自殺。藩主毛利敬親請求寬大處分，幕府命毛利父子：1.呈交親筆謝罪狀;2.破毀山口城堡;3.將三條實美等公卿送交筑前藩。毛利敬親都接受了。其他各藩尊攘派在反動勢力下都被鎮壓，或死或逃，幕府第一次徵長戰爭便告結束。二、長州藩轉向倒幕開國
“8月18日政變”和以後一系列事件證實了久阪玄瑞在1862年的預言——“諸侯不足恃，公家不足侍”，使尊攘派認識到，依賴保守庸愚的天皇攘夷是不行的。尤其在同殖民主義者直接交鋒後，更瞭解到不根本推翻腐朽的幕藩體制，擺脫封建束縛，發展先進科學技術，建立富強的近代民族國家，決不能克服民族危機，只有倒幕纔是挽救日本的先決條件。以後，尊授派以中國在鴉片戰爭後，因積弱而被列強宰割作爲教訓，決定奮起自強。自強首先要振興工商業，實行開國，擴大對外貿易，以集中政治軍事資金。支持尊攘派的西南豪農富商在開港後企圖發展獨立自主的經濟，也要求放棄盲目排外政策。在此以前，尊攘派爲攘夷而尊王。攘夷是中心口號。到了此時，根本戰略應由攘夷轉爲倒幕，併爲倒幕而要求開國，於是放棄了攘夷論。就這樣，尊攘派變成了倒幕派、這是幕末政治鬥爭形勢的第二次轉變。
隨着人民反封建鬥爭的高漲，倒幕派下級武士在包括地主富商等階層的革新勢力中樹立了更堅實的領導權。他們已不再僅僅依靠“草莽崛起”，而致力於依託西南各藩的“割據富強”，壯大倒幕實力。
倒幕濃首先控制了長州藩，和上層豪農商結成同盟，通過他們，動員羣衆，組織到人民武裝(諸隊)中來。公元1864年12月，高杉晉作等潛返下關，指揮伊藤博文等率領的諸隊，發動了奪取藩保守派權力的內戰。瀨戶內海沿岸的豪農商支持新軍的鬥爭，抵制保守派解散諸隊的命令。小郡農兵隊創建者豪商秋本新藏鼓勵高杉晉作和兼重讓藏說：“假若你們的部下不能取勝，新藏就發動農民起義，來恢復國家(指藩)，無論出現任何事情，請兼重先生都不必顧及。”象這樣的草莽志士(豪農商、村長、教師、僧侶、神官等)在各地發揮了很大的宣傳動員作用。他們犧牲一切，爲愛國倒幕組織各種民兵隊，參加到新軍裏來。慶應元年(公元1865沒)2月，倒幕派獲勝，重掌長州藩權力。
高杉晉作和木戶孝允進行“割據富強”的改革。他們錄用農村醫生出身精通西方軍事的大村益次郎(公元1824年—公元1869年)改革軍制：一律更換新兵器;解散舊式軍隊，編成近代步炮兵，大名和藩士的家臣兵卒都脫籍參加;解除主從關係，更吸收農商出身青年，受新式軍事訓練;“奇兵隊”等則作爲新軍基幹，全部納入藩政府控制下。另一方面，藩廳爲防範羣衆，又組織以“世祿之士”爲中心的“干城隊”，並禁止組織新的農兵隊，顯示倒幕派武士的侷限性。在改革軍制的同時，從公元1865年10月起，藩政府新建了造船、冶鐵、煉油等藩營手工業工場。早在公元1864年下關戰爭失敗後，長州輿論已傾向“開國”。實行軍事改革和增強軍備，需要大量輸入西洋武器，於是擴大商品經濟和對外貿易。長州和一些外商不顧幕府禁令，進行下關至上海的祕密貿易。在此期間，長州藩與英國逐漸接近。長州藩的“慶應改革”，形式上仍象過去的藩政改革，但實際上已包含了否定幕藩體制原則，積蓄倒幕的物質力量，預示以後明治政府採取的方向。
