爲解決“朱元璋後”的遺留問題，建文帝與方孝儒、齊泰、黃子澄等人推行了一系列改革被稱爲“建文改制”。然而，在建文削藩時卻遭致大禍，燕王朱棣奪下皇權，建文帝下落不明。
建文改制具體措施
更定官制
一、完善中樞文職化——以品行佳優的文臣循吏充實大明中樞機構，完善其文職化建文帝以文臣學士作爲主要仕進對象，大開科舉，從而使相當提高了建文朝廷的整體文化素質，或稱爲“秀才朝廷”。除此之外，建文帝還特別看重朝廷中樞主要官僚的個人品質與政治實踐經驗。挑選擁有豐富的地方治理經驗、政績突出、品行良好的封疆大吏擔任六部尚書和侍郎(相當於國家部長與副部長)。其中較爲出名的有云南右布政使陳迪提爲禮部尚書 、浙江左布政使王純提爲戶部尚書 。更爲重要的是建文朝的司法、監察機構主管領導或清正廉明或忠貞剛烈，對於整治官場風氣與糾正冤假錯案都十分有益的。
二、提高文臣地位、精減地方官制——以提高文臣學士政治待遇爲中心的官制改革建文帝的官制改革體現出儒家仁義禮樂化民的治國理念，這實際上是對朱元璋的“專意右武”政策性錯誤的矯正。洪武時期，朱元璋分掌天下的六部定爲正二品，將中央軍都督府的左右都督定爲正一品，這顯然是與文武並稱是相悖的，更可笑的是培養文官的國子監祭酒(校長)定爲正四品，而皇帝管理軍馬的太僕寺卿卻定爲從三品。由此可見建文帝的改制是必不可少的。這裏就不贅述具體改革了。總之，大批亢官亢員的淘汰，減輕了人民的負擔，也有利於社會經濟的發展。後世史學家朱鷺說：“然在後世，民殘於多牧，祿縻於亢員，重以中官出使，道路繹騷，則汰官，省邑二事，固亦有足採者。未可謂建文時政，畢竟非也“
寬政減刑
一、寬和政治——創造比較寬鬆的政治氛圍
大明初期三十多年內洪武政治是恐怖而又伴隨着血腥的，而在朱允炆主政時期，其貫徹的總的精神就是“改嚴爲寬”，建文帝改變了朱元璋萬機皆親斷的做法，將許多國家政務委派給手下大臣，放權下去，尊重他們的人格與地位;改變了朱元璋設置六科給事中監察百官，自己乾綱獨斷的做法，而是將六科給事中改爲左右拾遺，不監察百官而是專門給皇帝提意見，規諫皇帝，虛心納諫，寬和對待大臣，注重禮教德化，確實一位寬厚、眼光遠大的帝王。
二、寬減刑罰——糾正冤假錯案，改輕刑典
建文帝在皇太孫時期就已參與到大明司法案件的審理當中，並且參考禮經和歷朝刑法，修改大明律數處，繼位後，除了改輕刑典，寬刑疏法外，還展開對洪武年間的大量冤假錯案的平反工作，這些做法對於緩和社會矛盾與穩定大明帝國的統治起到了極大的促進作用。
寬免賦稅
由於朱元璋早年當過和尚，所以比較熟悉佛教教義。中晚年的朱元璋恐懼因果報應，因此青睞佛教，導致大量寺院佛道廣佔田地，不向政府納稅，加重了人民負擔;大明初期不知爲何，朱元璋獨重江南賦稅，財稅政策厚此薄彼。
建文帝繼位後，禁止私自出家爲僧尼，限制佛道勢力的發展，建文三年規定：“天下寺院道觀，每僧道一人各存田五畝，免其租稅，以供香火，餘者入官，均給平民” ，建文帝一上臺，就下詔要求江南賦稅與其餘地方相同，並且不必像洪武年間一樣不得在戶部爲官，而是一視同仁，即使是朱棣在北方已經攪得雞飛狗跳，建文帝依然堅定推行政策。
理想與現實
自從登基起，建文帝就不斷下詔，實施新政，去除朱棣的刻意醜化，客觀理性的看建文帝，他確實是少有的好皇帝，但歷史是無情的，“建文新政”最終是失敗了，失敗的原因有兩個方面：外部原因就是朱棣“靖難”造反的成功，打斷了“建文新政”的進程;
內部原因有至少四點：一、太過理想化，建文帝的“寬仁”是太過於理想化的寬，是無原則的寬，是典型的迂腐書呆子氣;二、“建文新政”操之過急，求成太切。新政本就侵犯了大明朝許多官僚的利益，又與削藩同時進行，一下子激化了中央與藩王的矛盾，使朝廷陷入了內外交困的局面;三、用人不合適，選擇時機不對，誠然，方孝孺，齊泰等是”智囊“，但他們的雖有滿腔熱血，卻缺乏政務的實際經驗，統御與領導能力不足，他們的經驗來自於歷史，卻完全不懂政界的兇險與人性的醜惡，終於產出惡果。四、“建文新政”的復古色彩太濃，最明顯的是，建文帝爲了想改變貧富不均的局面，竟採納方孝孺不合時宜的建議，恢復兩千年前西周時的井田制。
改革出現問題是很正常的，但偏偏出在削藩時，終於讓朱棣抓到把柄，以“變更祖制”爲由起兵造反，發動了“靖難之役”
建文改制的結果如何
建文改制一方面對武官的利益多有觸動，故在改革時多少受到了勳臣們的阻礙;另一方面其成果因爲靖難之變而大打折扣。由於明惠帝與方孝儒專心於託古改制的不急之務，在削藩方面沒有馬上針對燕王朱棣，促使朱棣發現危機，並且以“更改祖制”爲由發起靖難之變;戰爭開始後惠帝又一再在軍事上犯錯，使得政府軍節節敗退，最終戰敗。朱棣攻入南京之後稱帝，即明成祖。明成祖爲了證明自己的皇位合法性，以抹除篡位的污點，將建文年間改變的制度幾乎全部恢復爲洪武舊制;並且革除建文年號，將建文四年的記事改沿用洪武年號記錄。此外還將錢糧、兵馬以外所有榜文奏書盡數燒燬。
