由大司馬領導主持“尚書事”並不正規，領錄尚書事也不是官銜，以人事代制度更非長遠之計。於是，東漢光武帝劉秀便乾脆建立尚書檯，也叫臺閣。從此，尚書不再是宮廷祕書或臨時事務，而是正式的國家機關。尚書事(事務)變成尚書檯(機構)以後，一國兩府就成了制度。但，一個國家，兩個政府，可怎麼辦公呢?也很簡單：宰相保留官職，政務交給臺閣。換句話說，三公的相府徒有其名形同虛設，尚書的臺閣纔是真正的樞機。因此，到曹魏黃初三年(222)，尚書檯便移出宮外，正兒八經地成爲了中央政府。到西晉或劉宋，它又變成了尚書省。
尚書檯爲什麼能改名爲尚書省?因爲臺和閣都是皇家建築，只不過臺在禁省之內，閣在宮城之中，所以臺閣又 又叫臺省。改臺爲省，不過是換了稱呼而已。中書省的來歷也差不多。漢武帝讓尚書越權去管朝政，原來由尚書所做收發保管文件的工作，只好派給別人，這就是中書。但是，領導主持“尚書事”的大司馬成爲實際上的宰相之後，權傾朝野，炙手可熱，皇帝又受不了。因此，漢宣帝劉詢便效法他曾祖父武帝的辦法，用中書去取代尚書，把大司馬架空。這當然是擔任大司馬的外戚不能接受的。
所以到成帝建始四年(前29)，他們又把權力奪回尚書檯。到曹魏時期，由於尚書檯移到宮外，宮內不能沒有祕書處，身邊不能沒有自己人，魏文帝曹丕便將祕書令改稱爲中書令，把官署設在宮中，叫“中書監”，晉以後叫“中書省”。結果怎麼樣呢?一如前例。宮禁之中的中書省，逐漸取代宮禁之外的尚書省成爲決策機關，時人謂之“鳳凰池”。一個官員，如果由中書令變成尚書令，是要被視爲明升暗降的。中書省成了事實上的宰相府，當然又不行，門下省便冒了出來。門下省的前身是侍中寺，曾與東寺和西寺合稱“禁中三寺”，東漢末年改稱侍中省，曹魏時與散騎省併爲“禁中二省”。
